早在第一位佛系负责人被暗杀后，没过多久他们便开始了活人实验。一些无亲无故的死刑犯、流浪汉，被秘密带到实验基地，成为实验的对象。
因为尝试抽取病毒样本进行活体实验，又有五名研究人员感染身亡，那份病毒样本成了不可靠近的禁忌之物。
军方负责人自然不会甘心，迫于无奈，研究人员只得尝试去提取一些感染者的身体组织，移植到活人实验对象身上，这种方法成功率很低，每一百人次实验，才会有一名实验对象被感染。
这种病毒的传播方式实在匪夷所思。山本正夫想了想，随即陷入了深深的道德与伦理的旋涡之中，几乎有两个月的时间他无法正常思考和工作，把一种尚属未知，且会引起人基因突破的病毒，用于活体实验，无论从哪个角度看，都是极其错误的。
他甚至后悔把那些设备带回来，不知不觉自己竟成了帮凶。
山本正夫的退缩，对于整个项目的推进几乎没什么影响，军方早就笼络了大批的毫无道德和伦理可言的科研人员，只要把那些先进设备给他们，由他们继续从事活人实验即可。
这个时期的山本正夫显得异常焦虑、矛盾，不过他这种焦虑和矛盾主要是自己折磨自己，并没有引发他与军方负责人之间的争执，更多的表现为一种消极怠工罢了。
对于山本正夫的消极，军方的表现也出乎意料的宽容，起初他们采取了放任自流的策略，听凭山本正夫沉浸在自我怀疑和消极的情绪中，缓过一段时间，又开始给他“投喂”一些症状奇特的病例样本、研究报告，山本正夫很吃这一套，他很容易被那些稀奇古怪的病例、症状奇特的病体样本吸引。
等到时机成熟，他们又派出了几名老军医对他加以引导——
唔，山本君呀，年纪轻轻不该这么消极啊，我们这些老朽，没有力量和精力去争执什么，你可不能放弃啊。
是啊，说起来，那些人的实验我们也实在看不过去，可不能由着他们这样干下去啊。
那些家伙总是说什么，纯粹的科学是没有道德和伦理可言的，话是有几分道理，可在一些方法和过程中，也是应该有所注意才对。
说到底，还是科学家自身的道德问题，无关科学本身。
嗯，有道理，而且军部高层也有一部分人，他们对这个神秘的病毒也是怀有建设性的态度的，他们希望从对人类有益的角度入手来研究它，破解它。
是这样的，而且，山本君还有你之前的导师，不也是如此认为的吗？如果能够驯服这种病毒就好了，发挥它对人类有益的一面，强健我们的体魄，提升我们的智力，不只是对于大和民族，对于整个人类，都是一次了不起的创举啊。山本君，这将会迎来人类的再一次进化啊。
哈哈，是啊，是啊，先生这话说的，我们都有些飘飘然了，如果真是那样，我们该算是什么呢？
是伊邪纳岐，伊邪那美那样的大神吧？哈哈哈哈。