大概所有的天才科学家，都心怀一种对知识的几乎病态的求索，山本正夫心中的道德天平很快便倾斜了。
渐渐形成了一支以他为首的研究队伍，主要从事对神秘病毒的破解工作，探索它对生物基因改造方面的可能性。
他的团队主要研究那些人类意外感染者，并用动物从事相关实验，不过，他多少也默认了另外一些人用活人做实验的情况，对于他们所提供的研究数据也欣然接受。
在日本本土的大量实验，最终还是被归于失败。
从病毒改造利用方面来看，效果非常不理想，对于病毒感染后出现何等变异，仍旧无法控制。
99%以上的实验对象会出现巨人化现象，对于巨人化的感染者，已经可以成功延长他们的存活寿命——可以延长到五年四个月，问题在于他们的智力。
所有巨人化的感染者，智力会严重降低，从军事角度来讲，连训练成普通士兵的可能性都没有，毫无实战价值。
——不过，日本军部方面并没有放弃的打算，至少他们研究出的一些细菌武器、病毒武器，战争价值十分可观。
日本侵略者占领东北后，这个秘密而又十分危险的机构，便从日本本土，转移到了中国东北地区，全称日本关东军驻满洲第731防疫给水部队，对外宣称加茂部队，石井绝密机关。在中国一般称之为731部队。
最初这个单位设在哈尔滨市平房区新疆大街，后来扩展到辽宁、内蒙古、河北等多地，随着机构扩大和研究人员的大量增加，为了保密起见，这个组织愈发的军事化，除了加派大量特务参与外，对于原来许多保留学术职称的研究人员，也开始编制军阶，完全军事化管理。
二战后期，关于731给水部队的情报才陆续曝光，给水部队利用中国平民、联军战俘进行生物武器、化学武器实验的惨绝人寰的行径，引起了全世界舆论的轩然大波。
在中国期间，山本正夫同至少三位研究人员任职“特别参谋”，指导总部及各处分支机构的研究工作。
根据山本正夫的记忆碎片，卫青云等人又发现了731部队设在河北、辽宁、内蒙古的总共五处实验基地，规模极其庞大，是日本侵略中国，践踏中国主权，违背国际公约，用活人进行冻伤、细菌感染、毒气实验的重要罪证。
此时，第二次世界大战已经进入白热化阶段，而山本正夫作为曾经留学欧美掌握多门外语的“重要学者”，再次发挥其专长，多次到德国、意大利、匈牙利、罗马尼亚等法西斯国家交流学习，再次启用了多个间谍身份。
直到那个时候，山本正夫仍未结婚，甚至连恋爱都没有过，从大三开始被征召进入秘密研究机构，除了几次被监视下的游学外，他的人生一大半都处在一座封闭的生物与病毒，细菌与尸体的囚笼之中。
每一个初次接触到他的人，都可以轻易做出判断——他是一个残缺不全的人。
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