而九黎战败之后，轩辕氏也并没有选择赶尽杀绝，而是对九黎一族宽大处理，让其返回了九黎族地，休养生息，九黎族人感念轩辕氏的仁德，自此臣服于轩辕氏，如此，轩辕氏才算是彻底地平定了人族内的战乱，声望大涨。
而那些原本在观望的人族首领见此，也纷纷前往陈都朝见轩辕氏，表达自己的投效之意，虽说轩辕氏对人族还是没有什么可敬可叹的贡献，但他有圣人支持，阐教辅佐，又击败了蚩尤，自然没有人敢再挑衅轩辕氏，轩辕氏的人族共主之位也算是彻底坐稳了。
自此，人族进入了轩辕氏的时代。
平定战乱之后，轩辕氏便开始大规模地在人族推行自己的政策，首先便是划分疆域，结束人族不明地理、不分疆域的时代，按照轩辕氏的政策，八家为一井，三井为一邻，三邻为一朋，三朋为一里，五里为一邑，十邑为都，十都为一师，十师为州，总有九州。
九州是为冀、豫、雍、扬、兖、徐、梁、青、荆，重定国都，以冀州为九州之中心，是为国都，设官司职，置左右大监，监于万国，设三公、三少、四辅、四史、六相、九德，共一百二十个官位管理国家，人族一下子变得井然有序起来。
与此同时，轩辕氏还大开教化，鼓励麾下的臣子和民众积极参与到改善人族生活的改革当中，制礼兴乐，发明各种器具用物，方便日用，还有大臣曹胡发明了上衣，伯余造了下衣，於则做了鞋子，百姓们从此不再穿兽皮树皮。
不仅如此，轩辕氏还效仿树叶漂于水上之理发明了舟船，又根据转蓬的道理发明了车辅，便利了交通。黄雍父发明了舂，轩辕接着又令人制作了釜甑，使得百姓可以蒸饭烹粥，以后又造屋室，筑城邑，使百姓不再巢居穴处。
除此之外，在政治、用人、农业、时令、交通等诸多方面都进行完善与改革，使得人族的生活变得越来越好，也让轩辕氏在人族之中的声望越来越高，那些原本迫于轩辕氏威势而臣服的人族首领也渐渐地真正认可了轩辕氏人族共主的地位。
在不断完善人族制度、改善人族生活的过程中，为了更好地了解人族之中的改变以及尚且存在的问题，轩辕氏便开始巡游天下，遍游所有的人族部落，而广成子、燃灯等阐教弟子自然欣然跟随，一路上传播阐教教义，使得阐教在人族迅速兴盛起来。
而在巡游天下的同时，轩辕氏也向广成子等人询问修道养生之法，从而著下了《阴符经》、《黄帝太乙八门入式诀》、《黄帝太一八门入式秘诀》、《黄帝太乙八门逆顺生死诀》等书，以全人族仙道传承，自此，轩辕氏也几近功德圆满之境，证道在即。