这些小规模机构直接向高级议会报告，并作为主要的官僚机构。截止至2552年星盟解体时，共有五个理事会：
协调理事会——负责合约和民事立法
行为和教义理事会——负责宗教事务
苍穹理事会——负责公正和法治
大师理事会——负责监督十一税和打理博爱之城
约束和实质理事会——负责监督勘探和科学
【部委】
负责执行理事会颁布的法令和法规，而在司法实践中，每个部委都是独立的机构。各部被指定管理具体的世俗或宗教活动，但各个部委之间重叠的势力范围经常导致彼此之间发生竞争和内讧。
讽刺的是，这反而巩固了主教们的权力，截止至星盟解体时，星盟已有数百个部委，其中一些部委的存在目的只是为了让野心勃勃的高级议员们保持忙碌。
【集会】
由多个部委临时组建的工作组，以调解问题或解决高级议会确定的具体问题。其中包括贸易冲突、税收问题、朝圣者运动和新殖民地的建立。
【秘密议会】
高级议员们聚集在一起，共同商讨帝国的宏伟设想，并作为专家围绕星盟政府进行更广泛的讨论。但几个世纪以来，随着主教权力的逐渐增长，该机构的权力被降低到仅为顾问角色。