一场闹剧散后，王恕看着没意思了，就扪生出致仕了，起因是邱浚进入内阁，同王恕不和。太医院判刘文泰，过去常进出邱浚家以求升官，被王恕阻止，所以就非常怨恨王恕。
王恕居住乡里时，曾经嘱托人作传，刻板印行。邱浚说王恕沽取直名毁谤皇帝，如果皇帝知道后王恕的罪一定不会小。
刘文泰于是自己写了奏章，攻击王恕在传记中把自己比作伊尹、周公，对于留在宫中的奏疏，一律说是皇帝不批复，用这种办法来公开显示先帝拒绝劝谏，没有做人臣的礼仪。王恕认为奏章出自邱浚的指使，反驳说：“刘文泰本是个无赖小人，这一定是有老于写作并多阴谋的人主使他这样作。”皇帝把刘文泰投入锦衣卫监狱，审讯他得到实情，于是请求逮捕邱浚、王恕对证。
皇帝收到上疏，心里不高兴。王恕从容不迫地论述没有丝毫回避。先后应对诏书陈述政事二十一次，建议三十九次，都是极力阻止权力幸臣。当时天下人倾心仰慕他，碰到朝廷上议事情有不同意见，一定会说：“王公为什么不说话呢？”又会说：“王公的奏疏就要到了。”随后，王恕的奏疏果然到了。当时流传民谣说：“两京十二部，独有一王恕。”文华殿中书舍人杜昌等人以攀附权贵晋级，御医王玉自陈要求升官，王恕都极力规劝阻止。
在章子俊的眼中，王恕就是一位做学问的教授，也是一位儒家的卫道士，在为官之道上，谈不上能臣贤臣，为官四十多年中，在推荐的用人之道上，保持了一份公心，所引荐的耿裕、彭韶、何乔新等人，都是一时的名臣。这也是章子俊在这样一个时代中，能安稳地度过来的原因，从成化末年起直到目前的弘治年，众多正直的官员充满朝廷，官事和士农工商四民的常业得以治理，特别是近些年来，朝廷对商业的繁荣没有采取剥夺政策，称为极盛，不排除是王恕的功劳。也是许多有点真本事的人上位有关。可能还有章子俊的个人因数在，因为有许多的商事中，跟平安伯牵涉的官员实在是太多太多了，如果贸然采取一些限制的话，必将有损当前的商业繁荣，牵涉到大批的官员，动摇大明基业。
就目前的六部人员一看便知，王恕 叶淇 耿裕 马文升 彭韶 贾俊，王恕退位后，将有倪岳为礼部尚书、白昂为刑部尚书，耿裕接替王恕为吏部尚书、叶淇为户部尚书、马文升跟贾俊不变动，马文升为兵部尚书、贾俊为工部尚书。
自弘治起，王恕官拜吏部尚书，起先朱佑樘需要老臣来稳定朝局，过后这几年，朱佑樘心里越来越不喜欢王恕，大家想想整天有一位资格极老的人，在眼前晃来晃去，时不时地给你说道，君王之道，要为明君等，动不动就上言十二条，三十六条等，朱佑樘还喜欢王恕吗？自己给自己作传，就是自己给自己唱赞歌，所以就各打三十大板，于是贬刘文泰为御医，责备王恕沽名钓誉，焚毁王恕所刻印版，对邱浚不予追究。王恕第二次上疏请求分辨道理，皇帝没有听从，王恕于是竭力请求辞职。一般大臣致士，朝廷会加封许多的虚职，用来养老，也表示朝廷对臣下的肯定及所作出的贡献。而朱佑樘听任王恕乘驿车回乡，不赐于允许其退休的诏令，每月的廪食、每年的隶仆亦减少很多。
另一个主要因数是因为受彭韶致仕的影响，彭韶弘治三年（1490）改吏部同官，与尚书王恕甄人才，仕路为清。弘治四年代何乔新为刑部尚书，居部三年，秉节无私，与王恕、何乔新称“三大老”，而为贵戚、近习所忌。某一日彭韶对王恕说道，吾辈老朽矣，不要像刘吉那样招人嫌弃，皇上不喜时还懒着了，何不趁此荣光地回老家不香吗？但凡做官做到像王恕这样，这一生中七上八下好几回，也就想的比较豁达，一听彭韶说的有理啊，跟着就致仕了。
王恕致仕的消息传出后，昔日在南京的多位好友跟着也致仕，都察院右副都御史总督南京粮储的刘瑀、南京左都御史黄绂等跟着致仕。