这还了得，朝臣们亦惊慌，自有大臣上疏，劝皇上赶紧收手不要设立西厂了，天怒人怨啊，内阁大学士商辂与万安、刘诩、刘吉联合上奏道：“汪直、韦瑛十二罪说：汪直、韦瑛之辈专刑杀，擅作威福，肆虐善良，以致士大夫不安其职，商贾不安于途，庶民不安于业。”
朱见深见到奏文反而大怒，命司礼监太监怀恩、覃昌、黄高至内阁，传旨质问商辂等人，追究主使上奏本的人。
商辂是个直脾气，又有文人的“一根筋”，说这是大家要为国除害，指出朝臣不论职位高低，有罪都应请准圣旨，才能逮捕审问，而汪直却擅自逮问三品以上京官并抄没家产，大同、宣府均为边关重镇，守官不能一刻空缺，汪直擅自逮捕留守大臣，还经常更换皇帝身边的近侍，所以如果不去汪直，天下就不能安稳。正因为天怒之，触发了陕西宁夏卫发生地动，还不说明其罪么。
其后兵部尚书项忠亦倡九卿联合上奏弹劾汪直，自从汪直掌权，士大夫不安心于他们的职守，商人不安心于经商，老百姓不安心于生产，如不赶快除去，天下安危就不可知了。朱见深一看不好了，犯众怒了迫不得已，只得撤了西厂，宣布汪直罪行，令其仍归御马监，调韦瑛至边卫，西厂诸旗校调回锦衣卫，天下大悦。
西厂虽然撤了，可汪直仍然为朱见深所宠任，伺机对朱见深说，商辂等弹劾的奏疏是司礼监太监黄赐、陈祖生出的主意，随即朱见深因此把黄赐、陈祖生外放到南京司香。可见朱见深是多么地昏庸无能了。事情从二月设立西厂起，到现在五月罢西厂，短短只存在三个月，可这场风波表面上看起来是文官战胜了“皇权”，不想西厂虽罢，汪直受重用如故，朱见深仍密令其出外敕事。
事情到了这一步，可能大家以为也因告一段落了，不想适有南京监察御史戴缙九年秩满，但未得到升迁，于是便极力讨好皇上和汪直。
既然皇上很怕天灾异象，那就假借天有灾异上疏说：近年以来灾异不断，敕谕廷臣修省，未闻大臣进何贤，退何不肖，亦未闻群臣祛何稗政，效何嘉猷。
意思是说，今年来的灾异全是朝中大臣不思进取，也没有对朝廷有什么贡献，也没有治国的好规划。
独有太监汪直缉捕奸恶，惩治贪赃，允协公论，足以警服众人，伏望陛下推诚任人，使宿弊尽革，则天意可回。朱见深大喜，遂于六月十五日诏复设西厂，既然大家不喜欢汪直，那么朕就换锦衣卫副千户吴绶为镇抚。
朱见深为何如此痴迷西厂，因为总觉得自身不安全，没法啊，这是从小受到的惊吓造成的，由于幼年遭受重变，因此精神压力过大，还落下了口吃的毛病。刚刚罢设西厂不到一个月又复立，朱见深就是想不明白，“朕任用一个太监，怎么竟危及到天下，是谁主使的这个奏折？把这些人查办。章子俊看着抵报也是一脸无奈，哀叹道：“大明成化起，国力将会直线下降了。”以前读大学时，网路上看到的许多文章，把朱见深说成了一个很有主见的守成皇帝，对待爱情独爱比自己大的万贵妃，大赞知人善用，平反了于谦等大臣的冤案，启用了许多贤明的大臣，使得社会经济开始复苏，为后世打下了坚实的基础。我呸！
虽然西厂换成了吴绶为镇抚，可是汪直操纵着，吴绶曾从项忠征讨荆襄流民起义，因罪被劾，此时得志了，遂怀报复之心，而项忠曾倡九卿弹劾汪直，吴绶又是汪直之心腹，遂迫使项忠不得以治病为名请求回家。项忠未及动身，吴绶又指令东厂负责侦事的官校诬奏项忠，又指使给事中郭镗、御史冯贯等揭发项忠违法，并由此牵连到项忠之子项经、太监黄赐、兴宁伯李震、彰武伯杨信等。
朱见深命三法司、锦衣卫会审，项忠力辩反驳均无济于事，被革官为民，黄赐、李震等亦获罪。左都御史李宾也因得罪汪直而被夺职。大学士商辂自知处境维艰，遂请求致仕，朱见深很爽快地许之。从此，其他朝臣更不敢与汪直抗争。如此也动辄获罪，而与汪直相勾结的王越却官升兵部尚书兼左都御史，陈钺为右副都御史巡抚辽东。
这一场臣权对抗皇权的斗争随着商辂的辞官致仕落下帷幕。