五万余人被分为二十队，每队不到三千人，由一百兵丁看守，在工部吏目的指挥下展开作业。
陈奇瑜自知不懂此间事物，所以将此事全权交于了工部郎中董藩。在吩咐下陈奇之督办清淤所需粮食之后，他便带人开始四处巡查走访，力求短时间内对漕运一事有所了解，到时好给皇帝上本，陈说其中利弊，以便使自己在皇帝眼中的良好形象再加几分。
这些俘虏绝大部分是农户出身，都是因田亩绝收才加入流贼队伍，所求无非是能吃顿饱饭，甚至吃不饱也行，总比等在家中饿死要强。但其中也有不少本性凶残之辈，奸淫掳掠的恶事没少干。
陈奇瑜在率部押送俘虏前往淮安的途中，对六万余人进行了一次甄别行动，目的就是为了震慑住他们。
其实按他的本意，这伙流贼直接杀了埋掉肥田就成，活着也是浪费粮食。但崇祯在给他的谕旨中告诫他，此举是为了攻心，给别处流贼留下投诚的想头，陈奇瑜虽然颇不以为然，但还是遵照执行。
他下令把这群俘虏分成数十营，扎好营栅隔离开饿上三天。之后令官军将白面蒸饼摆在营门处，对俘虏们宣告：凡有检举揭发他人罪行者便可以出营领取饭食，朝廷会给他们安排活路，每日还管两顿饭。罪行包括破城之后抢夺百姓家产、杀伤人命、奸**女、杀伤官员、官军，对朝廷有愤恨之言者等等，这些人将会被带往矿山挖矿。
大部分饿了三天的流贼们心中早已绝望，以为不知道何时就会被官军屠杀，突然听说可以吃上白生生的面饼，并且还能有活干有饭吃后，几乎所有人都躁动起来。不就是检举或者被检举吗，又不会死人，只不过是干的活不一样而已。
在持刀拿枪的官军严密看管下，流贼们每十人一组出营，来到书吏的桌前，将被检举者的姓名年龄籍贯外号，以及所犯罪行讲清，官军将被检举者喊出后带到一边的营盘看押，检举者则会去另外营盘就食。
经过在数个时辰的忙碌，被检举出来者多达五千余人，其中不乏乡党亲戚之间的相互揭发。
眼睛都已饿绿了的人看到饭食之后，世代相传的亲亲之情都抛在脑后，所有的一切都不如吃上一顿饱饭重要。何况朝廷已经说了，送去挖矿，以赎其罪，既然你确实干过伤天害理的事，就别怪俺把你招出来了。
陈奇瑜背负双手冷冷的看着眼前的一切。这些愚民给朝廷造成了如此大的麻烦，给大明带来了巨大的伤害，多少无辜百姓直接或间接死于他们的手中。车厢峡之役自己的妇人之仁，带来的是丢官去职，身陷囹圄，那种耻辱都是拜眼前这些刁民所赐！
当所谓的恶人和好人分别归营后，陈奇瑜转身回了大帐。
五千多被检举出来的流贼，在营栅内或蹲或躺，或几个相熟之人凑在一起闲话，小声议论着要被带往何处。
突然一阵隆隆的脚步声传来，五百名官军弓手列队而来，在流贼们或惊诧或绝望的目光注视下，迅速分开后在营栅外站好，弯弓搭箭后透过栅栏之间的空隙对准营内的流贼。随着一声威严的喝令，弓手们将手中箭只射了出去。
在每人射了七八轮后，弓手们力竭后停止射击，流贼的营内已是遍地的尸体和伤者，五千余人的完好无损的只剩千人左右，这些人边大声嚎叫着边四处躲避，有的想爬上营栅翻出，被一些尚有余力弓手们射翻下去。整个营地内血流成河，哀呼惨号声不绝于耳，其他附近营内的流贼们俱是脸色青白不已，很多人吓得失声痛哭。
紧接着营门被打开，五百名全身甲具的刀盾手和五百名长枪手列队入场，一刻钟之后，场内再无站着的流贼，刀盾手开始翻检躺倒的流贼，挨个进行补刀，最后弓手进场，将射出去的箭只收回。
陈奇瑜命当地县府送来锄头铁锹，在官军的监看下，被挑选出来的流贼们在一片荒地挖了数十个大坑，将死掉的贼人们填埋掉。
多少年过去了，当地人很少敢独自从这片地方走，据说夜里时常有惨叫声发出。
事发当天，一封流贼战俘聚众，妄图抢夺官军兵器暴乱，结果被官军奋力弹压，最后杀死流贼数千人，官军无人伤亡的捷报被送往了京城而去。