由于报名从军人数太多，经过择优选用，原本计划征召一万人组建秦军的孙传庭，将人数扩至一万五千人左右，虽然原先的罗世芳积功升至了游击，但游击将军的权限无法统带这么多士卒，所以崇祯将远在山东的周遇吉紧急调派到陕西，担任了新组建的秦军副总兵，掌管全军，崇祯还是要把重要的武装掌握在自己手中，历史上的周遇吉已经用实际行动证明了自己的忠义，这支队伍交到他手里，崇祯还是很放心的，并且周遇吉能力出众，不怕带不好队伍。
主将有了，但新军缺乏大量的基层武官，千总、把总，队正这种一线军官，还是需要实战经验丰富的老兵来担当为好，军队的指挥是一门很繁杂的技能，金鼓旗号、队列排序、临战应变等，都必须有应变能力出众，沉稳冷静的将官来指挥。
为了弥补这些空缺，孙传庭向洪承畴发信求援，洪承畴抽调左良玉部下百余人前往孙传庭处，担任新军的基层将官，崇祯从兵部和锦衣卫中挑选数人，来到秦军担任军纪官，用以监督军队日常和作战时的纪律，并对战果和战功进行核查，以免有将领贪墨士卒的功劳，这是从没有过的新生事物。
很多军队中以前有太监监军，但太监自认出自宫中，代表的是皇帝，来到军务中那就该是超然的存在，军中上至总兵，下至士卒都得听自己的，所以基本上都骄横无比，打骂将领士卒，乱改军令，干涉主将指挥的事时有发生，所有将领都对此非常不满，但敢怒不敢言，这也是造成明军士卒士气懈怠的一个原因之一。
自今年年初开始，崇祯相继召回部分监军太监，此事虽然受到军将们的欢迎和支持，但也引起很多朝臣的质疑，太监监军虽然有种种弊端，但最大的好处就是，这些兵头们不敢有其他心思，因为太监可以随时给皇帝上奏本，汇报军队和将领们的异常举动，没了监军，握有兵权的将领是否会有别样心思，对朝廷的指令是否阳奉阴违，就很难说的清了。
崇祯当然清楚此间的利弊，之所以召回监军太监，就是防止历史上太监高起潜率数万人马，在距离几十里的地方，坐看宣大总督卢象升被清军重兵包围并杀害的情景出现。
兵部遣人监察军纪，是作为朝廷的代表，而锦衣卫派员则是代表皇帝，并且崇祯下令，兵部和锦衣卫人员只管军纪，并记录日常和作战时将官士卒的表现，无权插手主将的临阵指挥，这样就避免了外行领导内行，使得主将更加专注于作战指挥。
孙传庭对安插监军一事毫无疑义，他认为这本就是应有之意，作为文官，他十分反感有些将领杀良冒功，对朝廷指令置若罔闻之事，大明的官军就应该属于皇帝，况且不是太监，而是兵部和皇帝亲军同时监察，这更显出对朝廷和文官的重视。