随即一声弓弦声响起，一只利箭从人群中朝孙传庭射来，孙传庭来不及闪避，身侧的一名护卫迅速举盾遮蔽，蹦的一声响，箭矢撞到铁盾上后滑落在地，随即前排众人纷纷从怀中掏出短刃呐喊着冲向孙传庭，看到有人箭射巡抚，并且有人冲向大门处，人群顿时混乱起来，有人想跟着前冲，有人想逃向一边，各种喊声叫声喧嚣而起，分在在四周的标营马队中有人朝天射出一只响箭，罗世芳立刻催动坐骑开始带队往里冲杀，刘辅国心中一喜，面上带着惊慌之色喊道：“保护巡抚大人！”喊罢，上前便要拽住孙传庭胳臂往官署里拖，数名护卫迅速上前将其隔开，把孙传庭护在当中，其余护卫抽刀与蜂拥而上的卫所将官的家丁拼杀起来；孙传庭身边的护卫都是挑选的精锐之士，个个身材高大，手握长刀，身披重甲，卫所家丁平日根本不操练，加上都没有上过战阵，只凭着一股血勇之气拼命向前，一名标营护卫手中长刀匹链般斩下，冲在前面的一名家丁从肩膀处被斜劈成两截，鲜血四溅，另一名护卫长刀一挥，一名家丁头颅高高飞起，脖腔里的鲜血喷泉般激射而出，一名手持阔大短斧的护卫横着一斩，将一名家丁拦腰砍成两半，腹腔里花花绿绿的场子流淌出来，让人闻之欲呕的腥臭味四散开来，其余的护卫刀砍斧劈，眨眼间众人眼前一空，所有冲在前面的家丁被斩杀殆尽；孙传庭面不改色的看着眼前，血肉飞溅的场面并未使之动容，刘辅国等人看到如此惨烈的厮杀场景，胸腹之间被飘散的血腥味催迫，个个低头弯腰开始吐了起来，有的吓得双腿发软，瘫坐于地，小便失禁。
罗世芳直冲向孙传庭所立之处，长枪横扫，战马所到之处人群不是被马踏便是被枪扫飞，余者见状四散逃离，惊叫声惨嚎声响彻全场，片刻之间便杀到了官署门前，他看到孙传庭被护卫护在当中，安然无恙，心里顿时松了一口气，这时马队都已杀穿人群聚集过来，这次标营加上随身护卫孙传庭的重甲护卫，一共来了两百人，其余的留在西安防止有人趁机作乱，本来按罗世芳的意思，一百人就足够了，他根本瞧不起这些连土匪都不如的卫所兵丁，最后为了保险起见，还是多来了一百骑，罗世芳下令聚集过来的骑兵将逃离的卫所之人驱赶过来，周围看热闹的军户早就跑的没影了，剩下的都被马队像赶羊一眼赶过来跪了下来。
孙传庭见大局已定，遂笑吟吟的看向刘辅国，开口道：“刘指挥使，听说你在官署里为本官准备了一份厚礼，咱们进去瞧瞧如何？”
刘辅国等人吐的昏天黑地，早就没了力气，个个脸上没有一点血色，听到孙传庭的话，刘辅国已然明白，自己所有一切都落入人家的算计当中，他脑中一片空白，眼神空洞，整个人瞬间苍老许多。
官署大门内走出一人，正是程千里，他身上溅满鲜血，手中软剑上犹自滴着血水，看到孙传庭后，程千里倒握软剑，向孙传庭拱手施礼道：“报大人知，里面作乱之贼已全部擒杀，后事如何，还请大人示下”
程千里毕竟是皇帝身边之人，不能失礼，孙传庭微微拱手还了半礼，开口道：“有劳程百户，不知京师来的弟兄伤亡如何？”
程千里笑道：“多谢大人相问，弟兄们只有几个受了轻伤，我等自带伤药，敷上几天就无恙了”
孙传庭点头表示知晓，转身看向已被捆绑起来的刘辅国等人，摇了摇头，叹道：“自作孽不可活！真应了那句古话，人为财死鸟为食亡，本官对尔等也算是仁至义尽了，今日落到如此下场，尔等可谓是咎由自取，来人，全部押解回去，等候朝廷发落！”
经过查点，被标营和程千里等人斩杀的共有两百余人，受伤的三百有余，剩余的五百余人在标营的看管下清理现场，尸体装上牛车拉到荒郊野外挖坑填埋，重伤垂死的补刀一起埋掉，伤势较轻者在清理完后和那五百余人一起押解回西安，孙传庭已先行一步回了署衙，留下五十名标营官军维持卫所秩序。
回到署衙之后，孙传庭立刻给崇祯及朝廷上疏奏明此事原委，并且召集布政使等各衙门主官通报了事情的起因及结果，朱永佑等人对孙传庭整顿卫所之事早有所知，只是都不看好他，觉得他上任时间太短，脚跟尚未站稳，就拿众所周知的顽疾动刀，有点小人得志之意，过于狂妄自大；但因为陕西大部分高官与卫所并无牵连之故，所以众人只是冷眼旁观，等着看孙传庭的笑话；众人万万没有想到，卫所诸人居然敢聚众闹事，这已经可以说是犯上作乱了，更没想到孙传庭如此心狠手辣，屠刀高举，杀伤如此之重，朱永佑等人暗自心惊之下，对孙传庭的畏惧之心陡增，但对于圣上和朝廷对此事有何反应，众人想法不一，多数人心里觉得孙传庭对朝廷官员下手太过狠辣，恐怕圣上以及阁老重臣们会心中不喜。
孙传庭的奏疏快马送达京师，数日后圣旨下来了，刘辅国、孙作旺以谋乱罪斩首，家产充公，全家发配琼州；其余从发俱以从罪论处，家产充公，全家发往辽东效力；孙传庭沉稳担当，勇于任事，擢升为左副都御史衔，望该员持续奋进，进一步打开局面，为早日平定陕西再立新功，撤销西安前卫和左卫，所有人丁田亩划归相邻府县治下，此案其余有功人员由陕西巡抚酌情酬功。至此，卫所之案尘埃落定。
几日后，刘辅国、孙作旺在闹市区被明正典刑后，斩首弃市，其家眷由按察使司派人解往琼州；杨明盛父女被送到抚衙，孙传庭亲自出面款待，对其献计送信的义举大加赞赏，杨明盛展露出来的才华也让孙传庭有了惜才之心，遂极力挽留杨明盛留在抚衙为朝廷效力；庄元洲等人也是希望他留下，闲暇之余孙传庭可以对他们的学业进行指点，几个人只见也可以互相切磋，争取能在下一科高中，杨明盛自是痛快的答应，众人皆大欢喜。
查抄家产一事由李国良的陕西千户所经手，毕竟这是锦衣卫的长项，抚衙只是派出若干书办协助登记在册，对于查抄人员的一些小动作视若无睹，这也算一种潜规则了，这是孙传庭特意交代过的，他也明白水至清无鱼的道理，朝廷吃肉，下面办事的人总要喝点汤才好。锦衣卫从刘辅国家中藏银的地窖里起获了数个大小不一的银冬瓜，大的有几百斤重，小的也有数十斤，还有几十箱的银锭和几箱金砖，共计白银二十余万两，盖因这几年持续大旱，粮食价格飞涨到二两银子一石，刘辅国十几万亩的田地所产粮食，大多转换成了银子，其家中以及在西安的粮行存粮并不多，只余几千石而已；孙作旺与刘辅国的捞钱门路基本相同，其家中抄没的银子也有十几万两，粮食数千石，在西安的商铺若干，拿到清单的孙传庭开怀不已，仰天大笑，庄元洲、杨明盛等人也是喜动颜色，这次抄没家产以及上次罗世芳剿灭整齐王所得，共计白银近五十万两，还有圣上给孙传庭的十万两，六十万两银子足够未来数年之用，终于有了在陕西大干一场的资本了。
接下来孙传庭以巡抚衙门名义下达命令，庄元洲、杨明盛、崔世生、谢仁星等人为首，动员各衙门里的书办吏员分别下到三卫，开始清理田地，分派口分田，并大规模募兵；穷困已极的军户们拿到了抚衙发给的每户十亩的地契，虽然都不认得上面的字，但看到大红的官府印章，还有自家当家的按上的通红的手印，所有人都仿佛做梦一般，醒过神来后，喜极而泣跪下磕头的占了绝大多数，每户人家都将地契珍而重之的藏到家中最隐秘的地方；好事还不算完，巡抚大人还定下章程，所有租种公田的军户，佃租全部为十四，比起原先刘辅国们的十七佃租来说，这又是一项极大的善政，如果是拿一户四口人来计算。十亩的口分田一年主杂粮在十石左右，也就是现在的一千五百斤，因为缺乏足够油水，所以饭量都很大，这些粮食看着不少，其实也只够一家人的温饱而已，但比起原先没有口分田，租种的佃租高达十七，一年一家人也难得吃几顿饱饭的日子来讲，已经是天堂般的生活了；现在吃饱之余，如果多租种公田，还能有更多的粮食到手，这让每家每户每人都沸腾起来，多收入意味着家中有儿子的就可以攒钱娶个婆姨了，就意味着将来有了余钱就可以把下雨漏水的房子翻盖一下了，就意味着逢年过节可以给家里衣不蔽体的女娃扯几尺花布做一间新衣裳了，就意味着去赶集的时候，可以用几个铜钱，给跟自己受了一辈子苦的孩他娘买一只粗陋的簪子了，原先的奢望现在已变得触手可及，接过三卫的公田确认的当天就被佃租一空，很多人自发在家中为孙传庭立了生祠，孙青天的大名瞬间传遍了西安周边；这些善政的接过直接导致了募兵的顺利进行，等到崇祯派来的皇庄庄头带领的打井队赶到时，经过精挑细选，孙传庭已经募兵一万，他经营陕西之路终于迈出了坚实的一步。