被异虫复活的凯瑞甘托梦给雷诺，所以雷诺带着指挥舰休伯利安号来到了虫群的母星查尔，试图搜寻凯瑞甘的下落。然而，当雷诺一行人找到凯瑞甘时，凯瑞甘已被异虫的基因专家阿巴瑟改造成了刀锋女王。刀锋女王凯瑞甘找到雷诺，告诉他自己喜欢现在的形态，让他离开查尔。在查尔游荡的雷诺，遇到了前来刺杀异虫脑虫的星灵高阶圣堂武士塔萨达尔和黑暗圣堂武士泽拉图，并且跟他们并肩作战。塔萨达尔通过了泽拉图的暗影疾行试炼，掌握了黑暗的虚空灵能，成为首个同时掌握净化灵能和虚空灵能的星灵。在刺杀脑虫的过程中，黑暗圣堂武士泽拉图成功击杀了脑虫，但神智与主宰有了短暂的接触，主宰从泽拉图脑中得到了星灵母星艾尔的位置。经过一番努力，主宰打开了虫洞，成功入侵艾尔，而凯瑞甘留在查尔上，继续虫群的发展和扫荡异端。
主宰入侵查尔后，星灵奋起反击，在圣堂武士芬尼克斯的率领下，星灵部队击杀了脑虫，但就在杀死脑虫的一瞬间脑虫便在他们面前复活了。愤怒的星灵最高议会便打算找提供信息的塔萨达尔算账，在奥达瑞斯的率领下，一支舰队前往查尔逮捕“叛变”的圣堂武士塔萨达尔。在关键时刻，执行官塞兰迪斯违背了最高议会的命令，带领塔萨达尔、泽拉图和雷诺撤离了查尔。星灵最高议会下令逮捕塔萨达尔，于是塔萨达尔率领部队与最高议会开战。在激战正酣之时，塔萨达尔不忍心看到同胞相残，于是选择了投降。最高议会将塔萨达尔囚禁于静滞牢笼中，芬尼克斯和雷诺带着部队击败了最高议会，从静滞牢笼中救出了塔萨达尔。由于只有黑暗圣堂武士的虚空灵能才能斩杀脑虫，于是在泽拉图的带领下，众人击杀了两只入侵艾尔的脑虫，成功分散了主宰的注意力，然后塔萨达尔和雷诺分别带着自己的部队向主宰开战。星灵部队成功削弱了主宰的防御力量，但死伤惨重。在关键时刻，塔萨达融合了自己的净化与虚空灵能，成为了强大的暮光执政官，驾驶着航母星梭号撞向主宰，与主宰同归于尽。
残存的星灵们在泽拉图的带领下，逃往黑暗圣堂武士的家园萨古拉斯，在撤离艾尔的时候，芬尼克斯和雷诺为了掩护大部队撤离，留在艾尔与异虫交战，而新执政官阿塔尼斯带着星灵幸存者前往萨古拉斯，并在萨古拉斯定居。异虫跟着艾尔的幸存者进入了撒古拉斯，为了消灭进入萨古拉斯的异虫，黑暗圣堂武士的族长拉莎加尔决定寻找乌拉基和卡利斯两块分别蕴含着圣堂武士和黑暗圣堂武士能量的水晶来启动位于萨古拉斯上的萨尔那加神庙。这时，刀锋女王凯瑞甘出现了，表示萨古拉斯上的异虫并不听命于她的控制，而是听命于一个新的主宰，为了消灭异端，凯瑞甘表示愿意帮助星灵得到两块水晶。凯瑞甘渗入人类基地，而星灵则深入虫群，分别取到了两块水晶。就在星灵舰队班师回朝的时候，拉莎加尔传来消息称以奥达瑞斯为首的一部分不愿意与黑暗圣堂武士为伍的星灵发起了叛乱。泽拉图迫于形式，镇压了叛乱的星灵，就在奥达瑞斯要说出什么的时候，凯瑞甘突然出现并击杀了奥达瑞斯，然后在泽拉图的训斥中离开了萨古拉斯。最终，星灵们启动了位于萨古拉斯上的萨尔那加神庙，巨大的冲击波将整个星球上的异虫全部消灭干净。至此，星灵们在萨古拉斯正式定居下来。
来自遥远的地球远征军ued联军花了一些时间了解了科普鲁星区人类、异虫与星灵三族力量的优劣后，决定出手打破沉默，打算出动军事力量接管该星区。在远古萨尔那加变形者萨米尔·杜兰的帮助下，ued工程师闯入帝国星港，成功窃取了泰伦帝国的舰队，并且与闻讯前来支援的舰队交火，最终打败了前来支援的泰伦舰队。在塔桑尼斯星球，ued联军击败了处于星球上的异虫，并且掩护杜兰进入射电中心取得了蒙斯克安放的灵能发射器。
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