再说伏羲扳倒了神农，对自己的这个妹妹却也不甚喜爱。他暗中叮嘱派遣下来，帮助人类打败蚩尤的五灵神。五灵神便开始扰乱人间。女娲神自然不忍心自己创造出来的种族，被大肆屠戮。便亲自出手对付五灵神，再将五灵神逼进开天辟地以来，便生成的五大灵珠之中。
伏羲有八卦神术，造成神族败落的假象。人类也对神的积怨已久，终于爆发起义，天帝(伏羲)终于有了借口，开始下令压制，却遭到人类顽强抵抗，天帝恼怒，下令女娲毁灭人类，重新创造敬神的新人类。
女娲的本体身为圣人岂会不知，只是当初自己的确是丰润了伏羲的气运机缘，欠下他这份因果，如今却是不好出手。
因此女娲的分身只得抗命不从，并下凡来维护人类。天帝开除女娲的神籍，派神将毁灭大地，大部分人类遭到杀戮，女娲率领人类对抗神界，补天地，阻洪水，挽救了残存人类的命运。
但是天帝的目的已经达到了。他下令所有神族回到天界，封闭天界之门，下令神不得任意到人界，从此人神二界完全隔绝。不久女娲力竭死去，只是她的血脉后代一直留在人间，世代守护人类。尽力保存着属于她的这份信仰之源。
此后，东方神系之中亦有大能陆续发现了这个世界。只是由于被伏羲抢得了先机，不好出手。只有少数几位，传播下了道统，接受着香火的供奉。
世界变化，沧海桑田。人类有智慧之助，兴盛起来，发展出封建文明。到了夏朝之时，由于神界地气异变，神树爆长万丈，根系如垂天之云，深入盘古之心，盘古之心辐聚周边土石，逐渐扩大，形成悬空之山，是为“蜀山”。
到了这个世界的春秋末期，蜀山被一些方士发现，开始有修仙之人在这里结庐修炼，但此时并没有形成一定的宗派，各人的修炼方式也各不相同，全凭自悟。其间有少数人成仙，多为“尸解”，偶然的成分很高。
后来魔界魔尊重楼与神将飞蓬在新仙界决斗，后来神界派兵捉拿二将，飞蓬因分心被打败，而其佩剑被击落到蜀山。有一人名叫李新通，持飞蓬遗落之佩剑（镇妖剑）开辟蜀山，进入过地脉接受天帝指引，并以270昼夜炼制九转金丹，是仙剑派立派之祖。其成仙后，历代掌门接任时可通过“天地视听”与之沟通。
到了东汉时期，蜀山修仙人数空前繁荣，不仅有仙剑派，更有其他宗门。而后到了南朝时期，梁武帝信奉佛教，招集无数高僧、法师上蜀山修建佛塔。蜀山将佛塔改建，引发皇帝震怒，率兵攻打。蜀山奋力抗争，损失惨重。仙剑派因法术高强在此役中立下大功，因此统合其余诸小派，这才形成了“蜀山仙剑派”，简称“蜀山派”。
而后，在神界的帮助下，梁武帝之佛塔改建成锁妖塔。蜀山剑仙自此基本上以蜀山仙剑派为主流，修炼方式注重内功和剑术，修仙求积德而不求升仙，积极入世斩妖。同时，也不排斥其他门派的修炼方式，积极搜集和保存各类修仙方法。
而这个世界形成至此，终由伏羲的分身掌控大部。本身被称之为仙剑奇侠传的世界。和轩辕剑、古剑奇谭、诛仙、蜀山剑侠传，合称为东方神系五剑世界！
……
时光荏苒，到如今，蜀山派已然是第26代掌门人。兴旺蜀山剑派的重担，也转交给了剑圣独孤宇云。
这一夜，已经步入老年，头发、胡子一片雪白的独孤宇云，漫步在蜀山之上。夜色如水，清风拂面。几多感慨，化作一腔自问，在心头缭绕。
“蜀山剑派，交到我的手上。虽然兢兢业业，但是依旧不甚有多大起色。我究竟还应该如何做，才对得起列祖列宗的期望。上天呐，上天，何以教我？”
剑圣刚刚接任掌门人的时候，蜀山刚刚经历过姜清事件，已经大幅度地衰弱下去。平心而论，剑圣正直严谨，嫉恶如仇，却不适合担任中兴之主。守成当然绰绰有余，不在话下了。