两年之后，他不顾联盟内的诸多反对声音，悍然动用庞大的太空战堡，喷火龙军团、快龙军团、水母军团、古代三大军团……开始强行收服神兽之旅。
先是最后的一只三圣鸟：急冻鸟、其后深海守护神兽洛奇亚、世界起源守护神兽梦幻。再其后，他将爪牙伸向成都地区，先后收服炎帝、雷公、水君、通过燃烧园朱市的凤王巢穴玲玲塔，引来愤怒的凤王，收服之。
拥有了三圣鸟、洛奇亚，胡飞便在三圣岛设立军备重镇。然后通过三圣鸟影响天气，洛奇亚影响洋流，操控整个地球的天气气候。一边利用气象变幻，打击成都、丰缘、神奥地区的经济，另一边动用关东联盟、火箭队的力量进行或明或暗的渗透。
此外，采集洛奇亚身上的银光之羽、凤王身上的彩虹之羽，构造出能够捕捉时间转移神兽雪拉比的gs时间精灵球。于月圆之夜，在桐树林的小庙附近，收服了森林守护神兽雪拉比。
利用雪拉比，胡飞回到过去完成了柳伯的心愿之后，这位冰天王实力的老人却摘下了冰魔面具，归隐山田去了。
又是一年之后，阿露福遗迹之中。
阿露福遗迹，是从古代保存至今的，拥有1500年历史的宝贵遗迹。在这里面生存着不是神兽的神兽，过去一直是一个谜，被叫做象征神奇宝贝。
没有错，它的学名便是未知图腾。
胡飞一身风衣，银色面罩，如枪杆一般笔直如松地站在遗迹的大厅之中。
“这些墙壁上的如文字一般的记号，其实就是有生命的未知图腾了。”胡飞环顾四周，缓缓张开双臂。体内的武神魂默默运转，令精神石板散发出幽兰色的光辉。深邃的蓝光透过胡飞的身子，扑洒在整个空荡幽古的遗迹墙壁上。
片刻之后，墙壁上一个个的宛如文字一般的，黑色图腾活跃起来。跳出墙壁，悬浮在胡飞的身边，组成一个个玄奥繁复的文章图案。
“这是？！”胡飞一惊。他的意念通过精神石板，散发到成百上千的未知图腾身上，居然被无限地增强，再增强。散出地球，穿过这一片的宇宙，然后武神魂剧烈地消耗起来，神念扩展至无限远，穿越了空间屏障。将这个神奇宝贝世界的空间构架一览到底。
真实的神奇宝贝世界，有五大球状空间组成，世界体系相当的简单。
创世神拉斯尤斯占据主要的棕红球形空间。正在沉睡。
时间之神迪亚鲁加居住在深蓝球形空间之中，空间之神帕鲁奇亚占据粉红球形空间。且共同管理着现实世界
冥王龙主持着墨绿色的反转半球形世界。它是唯一生活，也是能生活在反转世界的神奇宝贝。反转世界的出现是为了支撑现实世界，在现实世界受到的污染会分摊到反转世界，以保持现实世界的平衡，污染物在反转世界会表现为有毒的黑云。
至于人类这居住在相对最小的湛蓝色的球状空间之中，即现实世界。在这个空间中的宇宙以星球的形式存在着，其中的一颗星球——地球上生活着无数只的神奇宝贝。