1937年9月，他调任关东军参谋次长，当时的关东军参谋长是东条英机，两人不和。
后来东条升任陆军次长，没有推荐石原当关东军参谋总长，而是推荐他的亲信矶谷廉介接任。
后来石原还是整天提出各种奇思妙想，矶谷都不同意，终于暴脾气上来，不辞而别，直接回日本。
军队不是说辞职就辞职，况且还是少将，不辞而别跟临阵脱逃一样严重。
君子报仇十年不晚，东条英机与几个心腹商量后，想以“违反军纪，临阵逃脱”的罪名处分石原莞尔。
但石原的老搭档板垣征四郎已经担任陆军大臣，为了保护石原，借口他身体不好，安排进了医院。
1939年8月，石原莞尔晋升为中将，重新启用为驻守京都的第十六师团长。
十六师团常驻京都，没有驻外打仗，石原也就无所事事，再加上日本已经脱离了他的战略方向，他对政治和军事心灰意冷。
1941年，石原莞尔转为预备役，正式结束军人生涯。
讽刺的是，石原莞尔退役前，他的大名只在陆军内部有人知道，退役后，声名反而在全国范围鹊起。
为因为日本目前在太平洋的战争并不顺利，于是战前一直标榜不与美国开战的石原，逐步成为日本的神话。
此后几日，日本的少壮派军官再次来到石原家中，均没有得到石原的召见。
这也是为什么冈村宁次收到解职的命令之后，派遣军总部领参谋长田边盛武暂时主持工作的原因。
“石原前辈为什么不见咱们？难道石原前辈认为大日本帝国已经没有希望了吗？”
“诸位，军部已经等不及了，石原前辈无视军部的命令，既然如此，我等也不必再遵守晚辈的礼仪！”
此话一出，当即引起了在场的少壮派军官的附和。
石原赋闲在家之后，家中并无警卫，随着这些少壮派军官的破门而入。
“什么人？八嘎呀路，放开我！”
将近六十岁的石原莞尔被一群侄子辈的年轻人堂而皇之的抬出来住处，家中之人没有一个敢出来阻止的，只能眼睁睁看着石原莞尔被塞到一辆小汽车内。
三十年河东三十年河西，此时，石原莞尔才真正体验到被以下克上的感觉。
但凡日军高官去赴任都是风风光光的，只有是石原莞尔是被一群少壮派军官押着到了北平。
北平，华北派遣军司令部。
田边盛武还没有一脸愕然的看着眼前的石原莞尔：“石原君，我应该去机场接你的，欢迎仪式都准备好了！”
石原莞尔一瞪眼，身边的几个少壮派军官倒是顺从的出了屋子。
“田边君，冈村君真的已经......”
“虽然尚未有确凿的证据，但是这些过去，一点没有手刀岗村将军的消息，基本可以确认冈村将军遭遇不测！”
“嗯，可以啊，冈村君是皇军中难得与我理念相合的同仁，这是大日本帝国的损失，军部那些目光短浅的家伙，竟然将冈村军解职，否则也不会发生此事！”石原莞尔显然非常不满，冷哼一声说道。
“华北战局糜烂，我等的确有不可推卸之责，愧对天皇陛下，只求石原君您能带领皇军走出困境！”
石原莞尔闻言嗤之以鼻：“我本是不想上任的，因为这场战争持续不了多久，在完全消化支那之前，惹上美国人，败局已定，我又能做些什么呢？”
“不过大本营在我来之前，已经确定了增兵计划，六个警备师团正在组建之中，其中有两个师团会调配到华北！”
听闻此言，田边盛武不由得大喜：“如此一来，或许能恢复到大扫荡之前的局面！”
“你可不要高兴的太早，新编的警备师团无论是武器装备亦或是兵源素质，都无法与之前的师团相提并论！”石原莞尔当即浇了一盆冷水下来。
在陆军中央关于1942年1月末兵备的设想中，指出要根据“1942年度时局兵备纲要方案”，随着南方作战的进展，有计划地在南方，中国，朝鲜以及满洲新设置警备师团，逐步整顿野战师团。
按此计划，中国派遣军要以六个独立混成旅团为基础改编成六个师团。
抗战时期日军师团编制，普遍是四单位制和三单位制。
而此次日军改编出六个警备师团，为是两旅团制，每个旅团下辖四个独立步兵大队。
每个大队兵员定额均为1233名（四个步兵中队，一个机关枪中队，一个步兵炮中队），另外配置工兵队，通讯队，辎重队，野战医院及病马厂。
第59师团（代号“衣”）是以独立混成第五旅团为基干，补充三个后备大队以及第59师团的工兵队，通信队，辎重队，野战医院和病马厂等。
第69师团（代号“胜”）是以独立混成第十六旅团为基干，补充三个后备大队，以及第69师团直属的工兵队，通信队，辎重队，野战医院，病马厂等。
两个师团的编制定额，兵员各为11982名，其中各旅团兵员定额为5096名，独立步兵大队为1274名。
另有十个补充大队，分别补充到华北派遣军各部。
八路军在华北一系列大动作之后，对于日军的反应早有猜测。
一者从调遣关东军入关，但是事实上，关东军的任务主要是防备远东地区的老大哥，并且已经陆续有精锐师团补充到南方军的作战序列，无法在南下支援华北。
另一者，则是从国内继续补充新兵，但是随着战争的扩大化，日本国内兵源枯竭，兵员素质普遍下降，根本无法回到40年之前的局面。