弄明白了人类防御计划第二阶段可能造成的后果，就连黑崎美树也有些按捺不住：“连我都想狠狠揍一顿人类了~！”
美国，数码vt公司。
托马愤怒地给了彩羽尼奥一拳：“你这样做会杀死多少数码兽，你知道吗？”
“我不知道，这也不是我做的~”彩羽尼奥揉着脸上的拳印针锋相对：“这是山木满雄做的，是日本的政府行为，与我何干？”
“你以为我会信吗？”托马脸色冷然，“你报复不了暴君天使兽x，所以就要报复整个数码世界是吗！”
“随你怎么想~”彩羽尼奥转身推开门：“我不在乎！”
可恶~！托马一拳砸在桌子上。
“托马……”伽奥伽兽闪身出现在托马身后。
“伽奥伽兽，我们离开吧……”
托马与彩羽尼奥的合作是建立在让人类的生活与生存变得更加美好的基础之上，是为了让人类与数码兽在未来能够和谐相处。所以他接受了数码兽杂合技术，开发数码兽培育机，举办阳极驯兽师大赛，制订人类防御计划……
但现在，事情开始偏离他的初衷，彩羽尼奥也变得偏激独断。会造成这种误解，完全是因为托马并不知道彩羽尼奥最大的秘密——穿越平行空间！因为无法登上最巅峰而产生毁灭一切的报复心理，这是一个被打落尘埃的天之骄子的歇斯底里！
托马和伽奥伽兽离开了，失去阿卡迪兽的彩羽尼奥不承认自己的失败，最后的自尊让他没有对托马出手。公司里，藤本秀人看着托马离开，心中彷徨不定，他感觉这间公司越来越不能给他以温暖的感觉了。
“丽，我该怎么办？”藤本秀人喃喃自语，他觉得自己或许应该去欧洲寻找彩羽丽。
人类防御计划第二阶段，其实质是在地球外围的数字空间构造名为“网络世界”的防御圈。深入数码世界的十三台网路大炮不间断地对数码世界进行扫荡。其战略意义在于：进攻就是最好的防御！
解除网络进化的暴君天使兽x·混沌形态失去了几乎所有的活动能力，这种情况下，保留数码兽形态只剩下威慑作用。
网路大炮击穿虚拟层天空带来了一个彩羽尼奥意想不到的问题——极少数数码兽会通过网络大炮被卷入网络世界，继而获得进入人类世界的机会！为了修复网络大炮给数码世界造成的创伤，奈奈美强迫美树原诺伦与黑日女神进行组合，成为暴君国度的主机级人工智能。这样她就有能力对虚拟层的天空进行修复。用伊芙限制美树原诺伦，也能防止她获得力量后背叛暴君国度。
即便如此，单纯的天空仍然防不住网络大炮，紫色光柱依然在数码世界的大地上横行，但其威力已经削弱到了极点。起码，被外围扫中不再会有致命的危险。究竟是网路大炮的威力更强，还是天空的防御力更高，就是双方不断升级的过程。
最终在多尔芬与卡罗等一批科学家的研究下，在顽固兽的指导下，他们找到了一种将陆峰的精神从暴君天使兽x·混沌形态中剥离出来的方法。这就像当初濒临死亡的木村辉一一样，是纯粹的精神化身，但其进步之处在于，这个精神化身即使进入人类世界，也能借助物质离子化形成特异蛋白来构建身体。也就是所陆峰进入人类世界后所使用的身体本质上与数码兽所只用的身体是一样，是人形数码兽，而非完全的人类。
之所以要这么做，是因为陆峰判断数码宝贝第三部的剧情很可能要开始了——挂在天上的那个绿色球体和紫色光柱实在是太显眼了！陆峰不能确定第三部的故事被扭曲到了什么程度，但大致上肯定是符合动画剧情的。他不愿借其他人之手去关注松田启人的成长，穿越的事情更是秘密中的秘密。更何况，陆峰记得很清楚，之后的网络管理局会有一个“歼灭计划”，其与这次的网路大炮会有什么关系也很难说——山木满雄所获得技术与对数码兽的了解远远超过动画中，区区朱雀兽能否阻止他真的很难说……
平野小学，是大阪教育大学的附属小学，松田启人就在这里就读五年级。因为东京变成第三东京市，原先的淀桥小学自然不存在了。不过班主任浅沼奈美仍然是松田启人的老师，原来的校长黑泽清二成了平野小学的副校长。盐田博和、北川健太、加藤树莉也都一一就位，这就是所谓的剧情惯性吧。
对了，还有李建良和牧野留姬。因为牧野留美子的名气，找到牧野留姬的住址很简单。倒是李镇宇一家迟迟没有消息，让陆峰纠结了好一会儿。
咚咚咚咚~~~·
放学的钟声响起。
陆峰和武之内素娜找到松田启人的时候，基尔兽已经孵化出来。松田启人在中心公园里找了一个僻静的桥洞作为基尔兽的栖身之所。自从有了基尔兽，松田启人放学后都是最快一个出学校，再也不和盐田博和他们玩数码宝贝卡牌了。
话说这种数码宝贝斗牌游戏还是陆峰参与设计的。初中的时候，一个高富不帅的同学曾话费一个小时来教陆峰玩数码宝贝卡牌，可惜他实在是朽木不可雕，宁愿去玩游戏王，不过基本规则还是记得的。