后来万元吉多次苦劝，他却愈加坚决，决然派出将军茂选和覃思岱出关，分兵把守隘口。但这两员将领彼此不和，覃思岱上进谗言杀了茂选，并兼并了他的部队。但茂选此人在军中威信甚高，手下士卒对其十分忠心。在张献忠围攻隘口之时，趁机作乱。农民军趁势猛攻，覃思岱被杀，隘口尽失。
农民军集中兵力，再攻夔门。好在夔门雄峻，再加上官军及时布防，才导致这个天下第一雄关没有轻易失去。
而杨嗣昌在得到万元吉来信之后，便知晓事情有变，连忙派出贺人龙所率的陕兵和张应元所率的湖北兵先行前往蜀地。官军援兵到达之后，积极收复失地。张献忠率部后撤，一路退到大昌城之外，与罗汝才会和。改变以往战术，不再集中兵力与官军硬拼。而是以一部人马与官军对峙，而另外的则分成若干小队不断沿山间小路四处出击，以小胜求大胜。
贺人龙所率人马先行前往蜀地，所携军粮不足，而在四川又得不到补充。最终引发军中哗变，向西而逃。而张应元所率的湖北兵在夔州附近也吃了败仗，无法在提供有效支援。官军兵力愈显不足，处处显出劣势。
邵捷春此时才意识到事情的严重性，上书杨嗣昌请求他速速入川。但他不知兵事，又在关键时刻犯了一个致命的错误，以为大昌前方水浅地平，凭借手中兵力难以与农民军持久。便退到水寨观音岩，而又没有调拨重兵把守。而是沿夜叉岩、三黄岭、磨子岩等地一路共设下近二十所寨子，每个寨子都各派了三四百人把守。
万元吉等人认为这样兵力分散，力量薄弱，相互之间也无法支援。而且关隘驻军都驻扎在关隘之内，无法探知贼兵动向，请求他重新部署。但邵捷春却固执其见，不愿做出改变。
后来，女将秦良玉得知邵捷春如此部署，心中亦是大惊。向绵州知州陆逊指出这样不争山夺险，一味消极防守的弊端。陆逊这才紧急上书邵捷春请求改变，看到自己倚重的大将也是如此看法。邵捷春这才开始考虑，亲自移营到大昌城中，欲做出一些调整。而此时，已经是九月末了。
周显虽万元吉入蜀近两个月时间，一直紧随他左右，护持着他的安全。但实际上，大部分时间都是待在后方，根本没任何危险可言。天天听着万元吉对邵捷春的种种抱怨，而形势也一步步的严峻了起来。
这次邵捷春移营大昌，而万元吉也随之屯兵巫山，周显也如愿来到了前线。虽然当前态势不容乐观，但至少万元吉有了指挥一部人马的权利。一切似乎都向着好的方向发展。