最初的时候，三军还能合力攻城。但等到损失逐渐加大，而何腾蛟供应粮草不继，左良玉手下兵卒又军纪败坏四处劫掠良民等诸多事情发生后，两者之间的矛盾愈加严重。到后来，除了秦良玉部还在全力攻城外，左良玉和何腾蛟两部彼此忌疑，在内斗上花费的气力远大于御敌。
数月之战，即使在襄阳城中粮草紧缺，不断有人饿死的情况下，依旧不能破城。而当左良玉听闻武昌被马士英和刘良佐占据之后，顿时大怒，撤兵返回武昌。而左良玉手下兵力基本上占了三者总兵力的半数以上，他撤兵之后，便再也无法对襄阳形成合围之势。何腾蛟和秦良玉无法应对，只得暂时退守荆州，再行募兵。
孙传庭知道自身兵力少于闯军，在李自成率三倍之敌杀来之时。他主要采取了守势，令大部人马紧守各处要隘，逐步抗击，抓住机会就主动出击，不断消耗闯军的兵力和锐气。而曹变蛟率精骑游猎在外，袭取各处，以作牵制之用，使李自成不能将全军压上。
李自成心忧襄阳闯军，求战心切。而孙传庭恰好利用这一点，连战皆胜。也幸亏攻取南阳之时，明军得到了一大批粮草，才能支持至今。但随着襄阳解围，李自成倒不那么急切了。反而是满虏再次入关，崇祯帝无兵可调，不断下令孙传庭尽快与闯军决战。而实际上，南阳的粮草也的确支撑不了多久了。
各处明军放弃外围，汇聚向南阳周边，一场大战一触即发。
这期间，还发生了一些看似很小，但意义却十分重大的事情，大部分和隆武帝有关。
在拿下安庆之后，隆武帝朱聿键返回凤阳，祭拜朱家祖先。他借着满清再次入关这件事情，给崇祯皇帝写了一封信，并传阅四方。信中言说满虏肆虐，百姓罹难。为了天下苍生，他提出和朝廷暂时罢兵，并愿意增援一万士卒助崇祯皇帝将清军驱逐出关。
实际上，朱聿键占据江淮，而且还受孙可望挟制。他想要率兵北上，要么经由山东，要么通过河南。但两地，一个在周显控制之下，另一个在闯军掌控之下。无论哪一方，都不可能准许他北上。而他刚占据整个江淮，根基未稳，正需要时间来稳固和消化新占之地。他暂时已没有实力再行扩张，而朝廷派出人马反击才是他最担心之事，目前两者罢兵才是最符合他利益的。
其实，在隆武军占据安庆后不久，黄得功第一时间便率部进驻枞阳，拦截了隆武军前往南京的水路。而驻节九江的江西都督袁继咸在杨廷麟的劝说下，在各府紧急征兵两万，进驻怀宁，和黄得功形成了对安庆隆武军的夹击之势。
也就是说，这封信写的大义凛然，似乎处处为天下人考虑。但实际上，都是些无用的废话，背后所蕴含的都是利益。但这样的信，却最得天下士人的心，而普通老百姓也因为痛恨满虏而交相称赞隆武帝。