锦衣卫千户高文采去拜访了周显，意思说的很明了，以后他奉皇命常驻济南。周显也没太给他客气，把他直接推给了高名衡，并派了几个人给他。说是协助，但监视的意味更大。
从莱州又运来了两千燧发枪和三十尊虎尊炮，周显利用这些物资对火枪队进行了扩编。最终形成了一支拥兵五千，配属四千燧发枪，四十尊虎尊炮，五门佛朗机炮的火器营。周显为之命名为神火营，交给原本是他亲兵统领的章怀统御。
境内无战事，练兵成了重中之重。除了勇字营保留了三个千人队的老卒外，周显将其他的老卒新兵全部进行混合重编。这样虽然使整体的战力在短期内有所缩减，但却是短时间内提升战力最有效办法。
在枣庄，官府探明了几座煤矿，周显选定了最易开采的一座。然后从莱州调来了几十个工匠，又在当地招募了一些铁匠，建成了一座新的厂房。只不过和莱州那边不同的是，这边只生产刀枪弓箭，工艺上要简易很多。
在芙蓉岛船厂，在西方工匠的参与下，第一艘当今世界最先进的三桅帆船终于造了出来。最重要的是，大明工匠通过这次实际的造船经历基本上掌握了三桅帆船的制作方法，再也不用完全依靠葡萄牙人。
周显之前迁了近千士卒到刘公岛，后来又增派了五百士卒上岛。在岛上修建了一座堡垒性质的小城，城上设下了炮台，开辟了港口，靠着打鱼和屯田，岛上士卒基本上可以达到自给自足。在决议让葡萄牙人帮助训练水卒后，周显又命人在岛上建了水师学堂，调用了一些旧船用作训练。而韩括挑选了一些水师将领到刘公岛，一切训练都在有条不紊的进行中。或许再有数月，第一批学员便可完全出师，再由他们推广到全军的水师。
与此同时，中葡远洋海贸公司也正式成立，这里面的利益涉及周显、葡萄牙人和郑芝龙三方面。但在周显出了大头资金的前提下，他们也没有太大的意见。周显只提了一个条件，就是载运货物的船只不能在南洋贩运，要直抵欧洲。
这主要有两方面的考虑。
一个是不与近海百姓争利。无论是胶州，还是苏浙一带，都有大量靠海运走私而过活的百姓。胶州的这部分百姓被周显团结在一起，形成了靠着近海船运，性质已经等同于公司的运营模式。而占据舟山之后，韩括也可实行对苏浙一带走私民的管制。对这些人进行征税，是周显海贸的主要利益来源。他们的那些船只航程近，载量小，到达南洋已是极限。周显在保障他们权益的同时，也是为了维护自己所得。
第二个，周显迫切想要得到从大明到欧洲的海图。就海运方面，葡萄牙人已经领先大明很多。周显在随船的人中，派了专门绘制海图的。一旦今后掌握了从大明到欧洲的海图以路线，将来就不必完全依靠葡萄牙人。毕竟，什么人有都比不上自己有。
对于这点，郑芝龙十分乐意，毕竟在福建，他有自己的走私船队，这样也符合他的利益。葡萄牙人虽然不满，但在这个公司中，他们的话语权最弱，最后也只能勉强同意。
周显本来打算从山东迁五万之民入舟山，但无论他怎么宣传鼓动，愿意前去的依旧不多。两三个月内，也只有不到万人报名。而江北的情况则要好上很多，毕竟舟山离他们的家乡并不算远，有大约两万余百姓乘船前往。
韩括从这些人中挑选青壮，编入水师，不断出兵攻灭周边海盗。不仅得到了抢劫的大部分财富，还俘虏了不少人。高奇觉得这些人熟水性，懂驾船，便从中选了数百人和他手下的那部分士卒一期前往琉球。这样下来，琉球的明人就达近四千人。
鹿儿岛藩在琉球经营几十年，在当地，他们的实力和影响力还是远大于大明。马绍愉虽然获取了琉球王尚贤的全力支持，但琉球毕竟距离日本太近。两者剑拔弩张，日本随时可能增兵。在这种情况下，马绍愉每天过的提心吊胆的。看到高奇到来，他第一时间把德之岛交给了高奇，然后带了一些人去了南洋。