但摊子一时铺的太大，发展太快，兵力不足的问题也显现了出来。看着李定国与周显交战多次，而所得不多，孙可望便有意让李定国停止与周显纠缠，抽调兵力前往淮南。
但李定国显然不认同这点，他觉得徐州地势平坦，易攻难守。如若不重视周显，等其实力增强之后，必然与江南的官军南北夹击。胜时或无问题，但一旦战败，后果将不堪设想。隆武朝新起，首先考虑的应是稳固四边，以立于不败之地，而不是急剧扩张。但在孙可望的不断来信下，李定国最后还是退让了。他把自己手下的万余精兵交给白文选，让他领着他们前去淮南，只留下了一些弱卒和所有的骑卒。
李定国手下骑卒虽强，但靠他的这点兵力，也难以在鲁南再有什么大的成就。李定国撤兵回郯城，临沂这边的战事也暂时告歇。
随着隆武军进军淮南，在镇江前线的十几万官军也陷入了分裂。兵部尚书史可法在得到崇祯帝的旨意后，坚持进军扬州，此举得到了朱大典、郑鸿逵等将领的支持。但马士英、刘良佐却不愿出兵进攻防守严密的扬州城。他们借着隆武军肆虐淮南的由头，在史可法不知情的情况下就率部沿江西上，进军安庆，只为保存实力。而方安国、牟文绶等将也各有心思，甚至还有人私下与隆武新朝联系。
马士英、刘良佐的离开将官军的矛盾赤裸裸的暴露在众士卒眼前，内部不稳，军心士气极其低落。但这种情况下，史可法最终还是决议出兵。他派人联系在江北的陈子龙，驻扎在崇明岛的韩括，让他们配合进攻。还派人到山东通知周显，约定日期，让他从北出兵，两相夹击隆武军。
这一切计划的都很好，但实施的过程却惨不忍睹。还未开战，他们何时进军便已被被刘文秀所知。史可法虽然忠心任事，却不通军事，更不知如何协调诸军。近十万大军就像饺子一般被赶下江，蜂拥而上强攻扬州。刘文秀用装满稻草的小船，引燃后冲向官军船队，烧了正在进攻的官军的后路。
官军因此大乱，刘文秀全线出击，官军大败。数万士卒战死或者淹死，仅游击将军以上战死者就有十几位。要不是隆武军缺少船只，或许就可以直接拿下镇江，兵临南京了。
后不久，总兵方国安暗地归降隆武帝，引刘文秀进攻镇江。幸而朱大典及时调兵平叛，击败方国安，才守住了城池。
方国安逃去扬州，隆武帝正担心孙可望势大，难以控制。看到方国安来投，心中大喜，立即任命他为左都督。此举虽引得孙可望的不满，但他也不想和隆武帝闹翻，等于默认了他对方国安的招揽。