在官军这样的强势攻击下，城头闯军开始感到恐惧和害怕。近十日的强攻也已经差不多耗尽了他们的兵力和精神，在气势上逐渐被官军压制。面对蜂拥而上的官军，他们开始惊慌失措，逐渐有零散个人向城下逃去。但仍有闯军士卒在苦苦支持，尽力抵挡官军。
直到天空翻出鱼肚白，官军终于彻底清除了东面城墙上的所有闯军，并打开城门放官军主力入城。无数官军汇在一起，犹如一条条长龙，带着怒气杀入城中，顺着各个街巷向前冲杀。闯军开始崩溃，有些被杀死在城头，有些被杀死在巷内，到处可见战死者的尸首。而剩余的人打开其他三门，夺命而逃。
最终，明军占据了其他三面城墙，并关闭四门。他们张贴告示，安抚百姓，等到差不多正午时分，城中才完全恢复了平静。
巨野城下，听完士卒的回报，李岩半晌没有言语，眉宇间有稍许的失落。过了好半天，他开口问道：“贺将军现在如何？”
士卒回禀道：“贺将军受了重伤，被兄弟们从济宁西门护送出城，现在已到定陶。我军损失惨重，安全撤出的不过近千步骑。官军占据济宁之后并没有发兵追击，反而有一部人马向这边而来。贺将军派属下前来，让李公子早做准备。”
李岩微微点头，“我知道了，你下去歇息吧！”
李化鲸低声问道：“将军，我们还要继续攻打巨野吗？”李岩到后，李化鲸不敢再偷奸耍滑，全力攻打巨野。但明军死战不退，顽强防守，他死伤数千士卒也没有拿下。此刻听到济宁城破，他反而松了一口气。
李岩叹了一口气道：“没必要了，他们会自动退去的。安葬死者，救治伤者，让兄弟们好好吃一顿饱食。多派人监视城中官军的动静，他们撤出巨野之时，便是我军追击之时。”说完，也不待李化鲸反应过来，李岩便转身向后营方向走去。
当日夜间三更，巨野守军放弃城池，小袁营残部先撤，骑兵营殿后。全军从南门出，快速向济宁方向撤去。
李岩得到消息后，令大军入城，亲率数千步卒前去追击。两军在路上不时交战，官军骑兵营死伤惨重。等被济宁援兵接住，近千骑卒仅剩不到二百。而且，闯军骑兵还突入回撤的官军步阵，大量杀伤官军。
等行到嘉祥之时，从济宁来的官军接住。两军大战一番，各有死伤。等到天色大明，李岩看再难讨得便宜，便带着伤兵、俘虏撤往巨野。
但即使如此，最开始防守巨野的近六千士卒只剩下两千余人，损失不可谓之不重。但此战也奠定了今后数月山东的战局。