而迎孟子进孔庙，倒孔等举动也在朝内引起了轩然大波。崇祯帝压下了那些奏折，但给骆养性不少钱饷，让之招兵买马。骆养性陈兵对岸，不断挑衅。而白翥在李虹的走动下，也默许他那么做，将放置在吴桥的兵卒撤回了德州。
而周显则以刘泽清进攻平原为由，将德州的一营调到了陵县，只给白翥留下了他新组建的新营。
白翥知晓周显恼怒他的做法，知道自己无法和周显相敌，没做坚持便给那一营放了行。而武志英因为周显重用，不愿白翥和周显翻脸，特意去了德州一趟。回来之后，他说白翥无意与周显为敌，只是朝廷逼迫，他只能那样。
周显也不逼迫太紧，继续为之提供军需粮草，将德州变成了自军和骆养性所率大军的一个中间缓冲区。他并不惧骆养性，只是不想与他背后的朝廷翻脸。而李虹虽为监军，但在山东根本没人理他，别说指挥全军，连他身边的人都是周显给他配属的。
崇祯帝不断下旨给黄蜚，让他尽早控制在辽南的大军。但他忘了，辽南明军所占取的地方多为山地丘陵，根本养活不了那么多人。军需辎重都由周显提供，在这种情况下，他怎么可能脱离周显单独统军。
到这个时候，崇祯帝终于明白，周显已经完全不受他控制了。好的一点是，周显对他所任命的官员全部接纳，山东巡抚、青州知府、济南知府都是他亲自下令任命的。文官体系，依旧掌握在他的手中。
崇祯帝性急而猜忌心重，在周显如此明目张胆的情况下，他暴怒异常。但又怕逼反周显，再来一次刘泽清之乱。表面上，他不断宽慰周显，而实际上，却不断试探周显并限制他的权力。例如，他私下传信给周显，说想要提升周显为兵部尚书。
要当兵部尚书就要返回京师，哪有在地方担任兵部尚书的官吏。毫无疑问，周显以自己资历尚浅，能力不足，直接拒绝了崇祯帝。但他仍旧不死心，为此还从江西调回了杨廷麟，妄图他以师生之情劝说周显。
而且，崇祯帝还令山东巡抚高名衡、登莱巡抚曾化龙掣肘周显，威逼他屈从。并派出锦衣卫不断分化、拉拢他手下的将领，妄图削弱周显对全军的控制力。对于这些，周显要么装作视而不见，要么略施惩戒。但对于军权，他不但没有放松分毫，反而加强了控制。
这种情况一直持续到孙可望扶朱聿键登基称帝，这明显触了崇祯帝的逆鳞。在手边亲信的劝说下，他暂时放松了对周显的打击，令他立即出兵，攻打孙可望，拿下朱聿键。
崇祯帝有意借孙可望削弱周显的实力，在奏折中不断强化立即出兵，而且还定下了攻破孙可望的时间。目的很明显，一旦周显失利，他便可以以此为由，向周显追罪。