有山东原有官吏弹劾周显抢夺王田，分给灾民，用以收揽民心，有造反的企图。弹劾他不向朝廷禀告，直接任命亲信之人担任各州府官吏。
有军中密信报告，周显给士卒提饷，把朝廷之军变成他的私军。
最后一封奏折是周显所写，他状告骆养性收受刘泽清贿赂。故意拖延放他派去奇袭刘泽清的军队离开天津城，并索要贿赂。后又擅自离开吴桥阵地，导致德州叛军大部逃脱，请求朝廷重惩。
这里面虚虚实实，真假难辨。而崇祯帝又属于那种疑心极重的人，这些奏折他看了不知道多少遍，但始终不知道该如何处理此事。他本来十分信任周显，但那些弹劾他的奏折却不得不让他感到犹疑。特别是将朝廷之军变成了他自己私军这条，直接触了崇祯帝的逆鳞。本来周显这次一下子拿出这么多银子，让他十分满意。但看了看眼前的这些奏折，他又开始变得犹豫起来。
疑人不用，用人不疑，这从来不是崇祯帝的风格。疑人不用，用人还疑，这才是他一贯的作风。
崇祯帝也就此事询问过自己的几个亲信大臣，但他们的意见也不统一。有的义正言辞大骂周显，提议直接将他召回京师直接圈禁起来；有的提议给予其信任，让他继续带兵平叛；还有的提议派人前去山东，夺其军权，只给他谋划之权，不给他统御之权。
崇祯帝又将诸位大臣的建议重新规整了一遍，最终决议还是听从魏藻德的建议，分化其权。他向王承恩道：“研磨，朕要下旨。”
第一道圣旨，崇祯帝发给吏部。下旨提升魏藻德为礼部左侍郎，入阁为文渊阁大学士，御前听用。
第二道圣旨，崇祯帝发给兵部。任命黄蜚为右都督，独立统领在辽南的所有士卒，不必再受周显指挥。
第三道圣旨，崇祯帝依旧发给吏部。令户部即事中吴甘来担任青州知府，御史王章担任济南知府，內恃太监李虹担任监军，前往山东赴任。
第四道圣旨，崇祯帝发给山东诸王。德王从叛，罚银十万两。但因响应官军收复济南，保留其爵位。衡王从叛，免除其爵位，贬为庶民，圈禁于济南。由其子继承爵位，前往青州就藩。鲁王朱以派叛逆称帝，但怜其最后能幡然悔悟，以庶民葬之，鲁王爵位由其弟朱以海正式接任。其他诸郡王，各有处罚。
第五道圣旨，崇祯帝发给了骆养性。不追究其过往罪过，令他屯兵天津，时时监视山东周显的动向。
最后一道圣旨，崇祯发给周显。盛赞他的平叛之功，让其继续努力，剿灭残敌。但同时也下了死命令，让其务必在三个月内清扫刘泽清之乱，并攻占济宁。然后出兵河南，增援孙传庭。而李虹担任监军，具有直接指挥诸将的权力。
等写完这六道圣旨，天已大亮，崇祯帝长长的舒了一口气。向王承恩道：“去发旨吧！”