郑芝龙所拥有的船队是最大的一支走私船队，同时他还负责维持南洋的秩序。凡是商船，只要悬挂起郑家的旗帜，不管是西方人，还是海盗都不敢再抢劫这些船只。而那些不愿悬挂郑家旗帜的，很多都会被海盗或者西方的船只打劫。而那些海盗中的很多本就是郑芝龙所蓄养的，目的就是迫使那些出海的商船挂上他郑家的旗帜。
当然，这些旗帜不是免费让人悬挂的，每趟所得由郑家抽取一到两成的利润。靠着自己走私和从走私的人那里收取钱财，郑芝龙以福建为起点，南洋为终点，包含台湾、日本等地在内，建立了一个属于独自己郑家的庞大商业帝国。
因而，当周显准许登莱的商船前来南洋之时，等于在挑战他长久制定的秩序。他派出海盗抢夺了这些船只，并杀害了上面的一些船员。因为同为福建人，且不愿与之撕破脸皮。曾化龙派人和郑芝龙协商，让他归还还活着的官员并缉拿海盗。
郑芝龙虽然为海盗出身，但为人精明，对于这些官场的礼貌性交往早已熟稔。他放回了一些船员，并言说海盗已清，却继续握着其他船员作为谈判的筹码。
曾化龙是传统的大明官吏，为人兢兢业业，面对痞子般的郑芝龙，他毫无办法。
但大量商船出海，为之进行担保的却是当时的严字营水师。在黄蜚的默许下，韩括从水师中挑出一些船，同样也扮作海盗，专门抢劫悬挂有郑家旗帜，前往日本的商船。南洋距离福建近，是郑芝龙的家门口。但登莱出海便是东海，是严字营所能掌控的范围。
南洋国家众多，且有来自西方的船队，贸易的总量不是一个日本能比的。但登莱的船商刚起步，真正愿意前往南洋的少之又少。而郑芝龙和日本间的贸易经营多年，早就形成了很大的规模。这样持续下去，损失较大的肯定是郑芝龙。
而且在黄蜚准备收复永宁监城时，韩括率船队前往皮岛，和林庆业进攻丹东一线，以策应黄蜚。在返程中，韩括俘获了一支五艘海船组成的商船队，而领队的是郑芝龙的从子郑彩。
周显最初并不知道，直到郑芝龙之弟郑鸿逵前来登莱，想要讨回郑彩时，周显才知道自己手中握有一个这么大的筹码。郑彩是郑芝龙的从子，在郑氏集团中，他是一个独特的存在。他虽然只是粗通文墨，但对数字有独特的敏锐度。从郑芝龙刚刚崛起之时，他便一直掌管着郑氏的财政大权，是郑芝龙的财神爷。
商船航运路线的设计，各种货物的购置比例，以及与哪些国家进行何种的贸易，这些都是由他一人掌控的。失去了郑彩，郑芝龙的商业帝国虽然依旧可以运转。但长期下去，必然会受到很大的影响。