周显在得知韩勇留在辽东腹地之后，下令升其为游击将军，刘麻子为守备，让人将文书、印信送到他们的所在地。并令人告知韩勇，在其控制的范围内，武将游击之下可以由其任命，文官之下县令可以随意任命，大明朝廷予以全部认同。也就是说，周显给了他充分的自由任命权。
按照最初的约定，凡是前往辽东的明军。官职就地提升一级，高奇被任命为副将的文书传向京师，而吉木被立即提升为参将。战死者得到双倍的抚恤，留在辽东伤兵的亲属亦是如此。而最后留下断后的明卒无论生死都得到了三倍的抚恤。
直到后来数月，仍有一些明卒越过重重障碍，逃回明境，这就是后话了。
沈廷扬提行的通过海运运送粮草的提议得到了成效，第一批粮食十万石运抵登莱。其中一半留下为克辽军，剩下的一半被运往京师。虽然不多，但大部分百姓看到有粮食到达，又不再积极屯粮，买粮。京师的粮价迅速下降，物价得到了一定量的稳定。
后来，崇祯帝答应了沈廷扬开放天津为经商口岸的提议。郑芝龙知道之后，当即派出海船五十艘，帮助朝廷转运粮食到京师，运粮的数量得到了极大的提高。第二批，共转运了近七十万石粮食到达。其中一部分仍然送往京师，剩下的则被送往宁远，为吴三桂等将的军粮。
但是不久之后，崇祯开放天津为经商口岸的举措为众臣所知，他们纷纷站出来反对。崇祯皇帝顶不住这样的压力，只得下令暂缓施行。并且按照众臣的提议，下令严令斥责郑芝龙私藏海船，要求其继续襄助朝廷转运粮食。
而郑芝龙得到消息后，感觉自己被朝廷耍了。虽然没有直接下令收回海船，但是却令手下放慢行船速度，并暗自将有些粮船运往副将。而报给朝廷的奏折却言说，那些粮船被海浪打翻，沉入海底，并且要朝廷为沉没的船只和船员做赔偿。
而朝廷重臣看到郑芝龙的奏折，竟然直接信了，纷纷上书言说海运风险太大，不可实施，还要求追责沈廷扬。
而此刻的沈廷扬则带着几十艘可以出海的船只来来回回，不断转运，尽力多的将停留在苏州、南京的粮草一点点的向北运。但船只不够，而郑芝龙又完全不配合。到凉风袭起，海运变的愈加困难，只得停运之时，也运了不到三分之一的粮食。
京师的粮价则下降了一段时间后，又迅速上涨。越来越多的困苦百姓因买不起粮食而被活活饿死，在山西、河北都出现了抢夺粮库的灾民。唐通率部来回奔波，平息叛乱，但却越平越多。无数灾民拥进京师，沿街乞讨。饿死的人随处可见，得不到及时清理，引发了瘟疫，日死上千人。
崇祯帝在此时也真的急了，去书孙传庭，让其立即出关攻击李自成。去信周显，让其立即行动，尽快击败刘泽清。西击李自成，南克孙可望，将运河重新掌握在大明手中。