命令一下，大家知道“大西皇帝”军令严明，纷纷整理行李，带上家人仆从，“诸生远近争赴”，住进了大慈寺。
进去之后，就不许出门，关押起来，一如囚犯。
一个月之后，各地报告，生员已经齐聚。
于是，张献忠采取行动了。
“考”了三天，除了十几名年龄幼小的、张献忠看着喜欢想留为己用的孩子之外，剩下的一万七千人，全被张献忠下令杀了。
其次消灭的是“僧道、医卜、阴阳诸流，及百工技艺人”，这些人是流民中的精英人物。
没有人比张献忠更熟悉农民运动的规律，他知道，农民们是一堆干透了的柴火，而这些有知识、见多识广、爱动脑筋的人就是一个个危险的火种。
历次起事都是由于这些不安分的人振臂一呼，广大愚民才起而响应。
此等人亦应作为不安定分子，除之而后快。所以，张献忠亦采取欺骗手法，“托言斋醮，或考试，或兴大工之类，至则皆死”。
仅在成都城一地，他就杀死和尚两千多人。
然而，杀了这些火种，却没起多大作用。各地再起义的烈火越烧越旺。
这些四川人，简直是杀了一百，站起一千，前仆后继，与他张献忠为难。
一旦那些从穷山大野里杀出来的叛乱武装攻向城市，城里的居民就迫不及待地里应外合，群起攻杀守城的张献忠军，欢迎那些“再起义”的队伍。
张献忠征战十余年，从未见过这样的百姓。在其他各处，百姓对他都是俯首帖耳，战战兢兢，唯蜀人“忘恩负义”。
他不解地问部下：“朕得蜀二年，蜀民恩之不附，威之不畏，屡抚屡叛，将若之何？”他忘了，他以前攻破一地，最长不过数月。而今他在四川据守时间如此之长，措施如此之烈，百姓们除了造反，已经没有任何活下去的希望。
张献忠分析各地情报，各地城池失守，城里人民做内应通风报信起了关键作用。
这样一想，他觉得成都城内处处都是危险。从这个城市人民的表情上，张献忠早已读出了他们内心的怨恨。
他越想越怕，干脆从成都城里搬了出来，住到了当初蜀王在城外的别墅“中园”里。
丞相汪兆龄摸透了张献忠的心事，给张献忠进言说道：“蜀人不知道感恩陛下，也不害怕陛下的威风。这是他们负了陛下，而不是陛下负了他们。既然如此，那不如将他们全部杀死，这样天下就能安定下来了。”
张献忠深以为然。
恰值大西次年（公元1645年）四月，大西军在前线连连失利，齐军节节进川东，川南又逐渐为南明军队攻占。张献忠决定，剿灭各地城市人口，以彻底消除内应。
大齐复兴元年五月（公元1645年）二十二，张献忠打算剿洗全城居民。
他事先安排好一个探子大张旗鼓地跑进城来汇报，说敌军大队将到，须当操练兵马，以作御敌之计。
第二天，张献忠动员人马，做出将赴战场的姿态。他先召集各营军官，在高度保密的情况下开了一个会，传达了“剿洗全城，不留一人”的命令，命令说“成都百姓已暗通敌人，勾引大队入川，故当剿灭此城居民。尔等各宜秘密准备，不得遗漏军情”云云。
众军官会后回营，预备明日大屠之事。
这时，除了大西官员家属外，城内居民都已被挨家挨户搜出，驱赶到成都南门及东门外，开始屠杀。
开始屠杀不久，张献忠亲自率马队来到南门外沙坝桥边，亲自观看屠杀场景。
老百姓一见张献忠到来，“皆跪伏地下，齐声悲哭求赦云：‘大王万岁！大王是我等之王，我等是你百姓，我等未犯国法，何故杀无辜百姓？我等无军器，乃是守法良民，乞大王救命，赦我众无辜小民’”。
张献忠丝毫不为所动，反而破口大骂四川人忘恩负义，私通敌人，自寻死路。“随即纵马跃入人丛，任马乱跳乱踢，并高声狂吼：‘该杀该死之反叛。’遂令军士急速动刑。”
于是数万士兵齐动手，被杀之人越来越多，呼号之声越来越稀。最后，举目四望，只见成都城外的土地完全被尸体覆盖，“息静无声”，“逐处皆尸，河为之塞，不能行船。锦绣蓉城顿成旷野，无人居住。一片荒凉惨象，非笔舌所能形容”
关于张献忠屠戮成都，史书上记载了一个细节：张屠成都时，天阴欲雨，雷声大作。
张献忠“怒指天曰：‘尔放我下界杀人，今又以雷吓我耶？’用炮还击之”
张献忠控制区内的各地城民剿灭净尽，他又从郊区强迫村民们入城。毕竟，城里还需要有人为军队服务。
虽然花了如许兵力人力来剿城迁人，四川各地也不见平定。在齐军、南明军、各地再起义军的攻势下，张献忠屡战屡败，接连几个月没有打过一个胜仗。
张献忠挺不住了，他无比怀念当日的流寇生涯。
放弃四川，到他处重新开始，念头越来越强烈。
然而，又不甘心这样走，因为实在是太恨四川人了。
好，你们不是反对我吗？把你们都消灭了，变成一片赤土。
张献忠决定屠蜀，理由是“自我得之，自我灭之，无使他人得”。在撤离四川前尽量把四川人杀光，留给敌人一个空壳。
这是古往今来最宏伟的屠杀计划，执行得也相当坚决。
仅川中各县，就有十四万多人死在屠刀之下。
作为一项军事命令，当然要有验功标准。那就是手掌。
每官兵回营以所剁手掌验功，掌一双准一功。凡有军官衙门所在，手掌如山积。而成都城内人掌，则更几于假山之万叠千峰矣。
人已经杀得差不多了，张献忠开始撤退。穷途末路之人，比以往任何时候都卷恋家乡。
他对部下说：“弃蜀出秦，一得长安，则是中原首领自我而据，且关中为我故乡，诸将兵多系秦人。自来强兵战马皆产于秦，要图大事，还是陕西。”
然而，这时又遇到了供应问题。人口消灭净尽，自然粮食就越来越难找。数十万军队，没吃没喝，如何行军？
张献忠想到了屠杀自己的部下。当然，要杀必先杀那些掳来的四川人，他们虽然被征入伍，心却不附，经常有人开小差。
张献忠要杀自己人，包括以下三种人：
其一系四川人，有在四川入伍者，有系四川人而在他省入伍者。
其二系他省人而在他省入伍者，有系他省人而在四川入伍者。
其三系明朝官兵投降过来者，有系阵前俘获者，又有系各地方上的土匪入伙的，俱当尽诛。
其中尤其是四川义军，张献忠认为都是些“剽悍亡命，叵测不轨之徒”，故“恨入骨髓”，必欲除之而后快。
屠杀的办法与杀士子时类似。
先谎称要从士兵中挑出精干者，成立水师营。
因此命令部队在张献忠等军官面前列队而过，过去者生，被‘挑中’者即待死。
先在江边建造了一个木栅城，挑出来的数万军人都关进城内，开杀之时，先用枪炮向内轰攻，死伤大半，然后方挥兵入内砍杀。
结果在军中共杀“男妇二十万有奇”，占全军半数，张献忠在自己军中制造的屠杀恐怖，使得幸存者恐为张献忠所屠，大批逃奔“摇黄十三家”起义军。
张献忠还认为，随营妇女是自己行军作战的累赘，在杀过自己士兵以后，把屠刀探向军中妇女。
复兴元年六月，张献忠离开成都时，首先将自己的三百嫔妃杀掉二百八十名，只留了二十名侍候自己。并命令：
“各营所有妇女，齐集一处，由兵围绕，献忠另选兵人一队为刀斧手。号令一声，乱砍乱杀，叫冤哭惨之声，展动天地。妇女尸身堆积如山，血流成河。”
还有史料记载，由于缺乏军粮，张军曾经把这些死亡者的尸体“剐之割之，制成腌肉，以充军粮”。
收拾干净之后，张献忠率部启程。
开国时的一千多文官，此时被杀剩二十五名，忠心耿耿地跟在身边。士兵人数亦只剩三分之一。张献忠犹满腔豪气。可惜行至西充凤凰山，遭遇齐军。
他随即骑马出营，未穿盔甲，亦未携长枪，除短矛外，别无他队，同小军七八名，并太监一人，奔出营外，探听齐军虚实。至一小岗上，正探看之际，突然一箭飞来，正中献忠肩下，由左旁射入，直透其心，顿时满地鲜血长流，献忠在血中乱滚，痛极而亡。
其时，张献忠方四十一岁。
张献忠亡，大西军群龙无首。在齐军的勐烈攻击之下，更是节节败退。
至大齐元年年底，四川境内的大西军残兵基本上都被肃清。
张献忠义子，手下大将孙可望等人投降齐军。
而李定国则誓死不详，最终战死。
经历一年左右时间，张献忠建立的大西政权彻底覆灭，四川落入了大齐的掌控之中。
得知了张献忠的死讯，四川各地百姓喜极而泣，嚎啕大哭，庆幸自己的劫难终于过去。
随着大顺政权和大西政权的先后覆灭，大齐皇帝沉墨的社稷版图中就剩下了最后的一大块—南明占据的长江以南的广阔地域。