四十多天内，他一直考察整个水道，港口，舰队，编制舰队人员，接见各种军官和士兵，同时想着怎么稳固防守波多黎各，同时派遣刚刚两艘的侦察舰队去侦察周围，对周围的情况有所了解，同时不断接受情报，来自巴拿马的电报，对于本土或者其他舰队的情报，他是接不到的，他属于中下层军官。
他只能来自上级的一级辅助舰队的指导，来自主力舰队新建立的辅助舰队，三支一级辅助舰队，一支在科隆港对岸，一支在科隆港，一支在委内瑞拉的马卡波湾，主力舰队驻扎在科隆港扣，另外运河通航以后，主力舰队有一部分在大巴拿马城，大巴拿马城也有一支舰队，不过是先前组建的二级辅助舰队，和他舰队性质一样。
属于驻扎在科隆港口的一级辅助舰队的下属的一支二级辅助舰队。
四名中尉，九名少尉，三名军士长，二十名军士，这是他暂时的军官搭配，自从舰队建成以后，一个星期以后，他就带着舰队出海进行磨合训练，轮流驻守两个岛屿上进行后勤补给，驻守训练。
张思远很有收破烂的想法，在又修好几艘商船以后，他派包子去打捞那些被打沉的战舰，一艘一艘的拖回去，然后大块大块的拆解，给那些岛上的俘虏找点事情做，三万多的俘虏，清理两座被炸坏的岛屿港口，修筑防御工事，修理道路，这些事情，用了大约一个月时间都完成了，除了那些重伤的俘虏有的死掉两千人以外，其他的俘虏基本上痊愈了。
这就给他们找点事情做，不能让他们闲着，于是出海打捞沉船，回来拆解，就是成了俘虏们的工作，加上原先港口里面的沉船，清理水道，俘虏们忙的不可开交，虽然锻炼了他们的身体，可也让他们没有时间思考，思考那些逃跑或者对抗的事情。
不过三万多俘虏对于两座弹丸大小的小岛还是太大了，在请示了上级的一级辅助舰队的上尉以后，他命令包子率领他自己的三级辅助舰队，加上两艘驱逐舰，以及这边的商船，运送了一万八千多俘虏去南美，交给罗左负责看守和使用那些俘虏。
包子走了以后，侦察舰队负责起圣胡安的驻守工作，然后主力舰队的一艘驱逐舰被派去驻守，舰长担任指挥官，压阵圣胡安。
至此，张思远自身的舰队实力已经基本上定型了，并且恢复了原先驻守这里的上尉带领的舰队的八成实力，张思远对于接下来的驻守十分有信心，但他并不是担心自己的驻守任务不能平安完成，他想着的是，如何才能建立更高的功业，因为现在新秦国同英国人的战斗形势依然不是和明朗。