寺院以兴福寺，东大寺等南都七大寺为首，最昌盛时候，寺院尼兵被称为奈良法师，举足轻重。
如今的南都六宗早不如昔日。法相宗甚至带着兴福寺投靠高野山真言宗，寻求庇护。
其二，是禅宗三派。
三派中以临济宗最昌盛，长期担任幕府的尼官制度之领袖，为教派谋取了许多好处。
镰仓幕府时期，幕府建立了镰仓五山。室町幕府时期，足利将军仿造镰仓五山，在山城国建立京都五山，视为禅宗兴旺的标志。
只是现如今，禅宗三派也大不如前，少有涉及俗世纠纷。
其三，就是日本佛教中，参与世俗最深的平安两宗。
平安两宗是在天皇朝廷的平安时期进入日本的佛教两宗，指的是天台宗与真言宗。
天台宗本山在比叡山延历寺，当年昌盛时候的山法师与南都六宗的奈良法师并称，是佛教武装力量的代表。
之后天台宗出了两个圣人，其一是日莲，创立日莲法华宗。其二是法然，创立日本净土宗。
天台宗尊法华经，教义受唐代佛教影响，佛法高深，晦涩难懂。
之后宋代佛教的平民化思想泛滥，影响了新一代的天台宗尼姑，这才出现了日莲与法然。
她们的思想都是用简单明了的佛理教化信徒，让佛教得以大规模的传播，而不是少数上层贵族的游戏。
天台宗也被称为法华宗，可日莲宗后来居上，引起本山畏惧。天台宗竟然借机屠戮日莲宗本院，导致日莲宗衰败。
从此，日莲宗称自己为法华宗，而天台宗也无颜再自称法华宗了。
法然一脉的净土宗却是早有鸟瞰，远离京都，在关东平原拓展了自己的信仰，成为日本宋代佛教影响的主要流派。
法然的一名弟子亲鸾，比净土宗走得更加极端，创立净土真宗，也就是一向宗。
亲鸾被净土宗排斥出关东，又在京都被佛教诸派诋毁。最后，她被流放去了北陆道，使得北陆道成为一向宗影响力最大的地方。
一向宗，日莲宗，净土宗，三宗皆是在镰仓时代吸取宋代佛教，走平民化路线的佛教宗派，人数众多，根基扎实。
特别是一向宗，在八代法主建立坊官制度后，组织力是佛教各派中最强的，堪称尼姑大名。
原本势力强盛的日莲宗，被天台宗灭了本院，再也压不过同样走底层路线的一向宗。只能退入商町在商人工匠中传播，苟延残喘。
而远走关东镰仓的净土宗，却是一家独大，渐渐成了关东第一宗派。
天台宗分出这三宗后，元气大伤。但宗派底子厚，与幕府交好，走亲善武家的上层路线。
平安二宗的另一支，真言宗。
虽然已经分裂成和歌山与高野山新旧两派，但旧派也吸收了南都的法相宗，控制了兴福寺为首的奈良古地。
平安二宗以及分支诸宗，深入参与世俗斗争，影响力越来越强。而南都六宗与禅宗三派越发式微，渐渐成了低调的吉祥物。
如今天下，九州，西国，四国等地，南蛮教的势力增长极快。
在近幾，一向宗盘踞石山，抵御南蛮教。南都被真言宗把持，对京都幕府最有影响力的是天台宗。