黎于182年6月返回马尼拉成立一个非暴力诉求的改革团体菲律宾联盟igafiia后不久，便遭到殖民政府的逮捕而被流放至棉兰佬，菲律宾联盟的运作也因此而几乎名存实亡。事实上，在宣传运动后期，人数较多的菲华昧斯地族群，反西班牙殖民统治的情绪已逐渐升高，导致原先参与的克里欧优的不满，而渐渐分道扬镳。自此整个运动的走向渐渐迈向独立的道路，而一个矢志以推翻西班牙人殖民统治为目的的团体卡地普南kati，亦在主张温和改革的黎遭政府逮捕时正式成立。西班牙殖民政府流放黎的命令，无疑是替改革主义者敲响了丧钟，而替革命分子吹起了冲锋号角，一场宗主国与殖民地之间波涛汹涌的动乱即将到来。
四、独立战争的源头――卡地普南的革命道路
卡地普南的创始人安德列斯博尼法西欧andresbonif，出身贫困，他靠着自学接触到欧洲的新思潮，而渐渐对西班牙人统治菲律宾的现况不满，开始积极地参与许多改革派的聚会，后来在菲律宾联盟成立时，也加入此一改革团体。
当黎被捕流放后，博尼法西欧与他的朋友成立了卡地普南，秘密吸收成员并在各地设立分会，誓言以武力推翻西班牙人的殖民统治。186年正当他们积极筹画起事，并开始利用各种管道取得军火的同时，革命的行动计画却遭人泄露给殖民政府，博尼法西欧等人因而被迫仓促起事，菲岛反西的武装革命运动，自此如火如荼的展开。
显然，博尼法西欧并不是一个具有军事才能的领导者，他所领导的卡地普南部队，在数次与政府军交锋中惨遭重大伤亡。但是甲米地卡地普南的一个分会，却在具有军事才能的艾米利欧阿吉纳尔多doeiio领导下取得了不错的战果。自此阿吉纳尔多很快地在组织内取得众望，并在内部的一次重要选举中，取代博尼法西欧的领导地位成为革命政府的总统。不服选举结果的博尼法西欧忿而另组新革命政府。此举却引起阿吉纳尔多等人的不满而下令将其逮捕并进行审判，以企图推翻革命政府为由将他判处死刑，但随后又恐引起众怒而改判为无期徒刑并予以流放。只是，深恐此举将留下无穷后患的阿吉纳尔多，之后又在流放途中派人将博尼法西欧予以秘密地枪决。
这件谋杀事件使得神圣的菲律宾民族革命，自此成为一场虚名而沦为丑陋人性的权力斗争。这位领导菲律宾革命的卡地普南之父，并未在战场上死于他誓言推翻的残暴西班牙人之手，却惨遭自己的菲律宾同胞暨昔日同志秘密枪决。博尼法西欧的死，并未使得阿吉纳尔多所领导的独立政府，从此战胜西班牙人，相反的殖民政府在大批援军抵菲后，更加紧对阿吉纳尔多等人进行围剿。
18年5月，面对西班牙优势的火力，阿吉纳尔多等人被迫放弃原有的根据地甲米地，于8月初突破西班牙人的重重包围逃到布拉干bu的破石洞byak－na－bato山区。自此西班牙与菲律宾独立分子的战事，除了少数的零星战斗外，双方陷入对峙的僵局中。新到任不久的总督里维拉fernandorioderivera开始与独立分子进行接触，试图以和平的方式解决问题。而在双方进行媾和协商的同时，阿吉纳尔多与同伴则于11月1日通过他们所制定的一部临时宪法，之后并宣布菲律宾共和国成立，由阿吉纳尔多担任总统一职，史称该共和国为破石洞共和国。
12月阿吉纳尔多与总督里维拉之间的谈判终于定案，双方签订破石洞协议，西班牙政府同意支付一笔款项给阿吉纳尔多等人供其流亡海外之用，同时宣布对缴械的革命军予以大赦。同月2日阿吉纳尔多等人离开菲岛抵达香港，在收到一笔西班牙政府40万披的支票后，发电给破石洞的革命军令其降下菲律宾共和国的国旗，至此结束这一场历时一年多的起事。虽然，偏远地区仍偶有零星的动乱，但整个西属菲律宾群岛大体上暂时拥有表面上的和平与宁静，一直到美西战争爆发前夕。
五、菲律宾第一共和国的成立
188年4月25日美国国会正式通过决议向西班牙宣战，在香港待命的杜威与美方亚洲舰队，接获消息后立即航往菲律宾的马尼拉湾，并迅速地一举摧毁实力差距悬殊的西班牙舰队。但是，由于美方舰队缺乏足够陆上兵员对菲律宾群岛进行登陆占领，同时，倾向于帮助西班牙的德国，也以护侨为名派遣了舰队航抵马尼拉湾。
实力与美舰队不相上下的德国舰队在无形中牵制了美方舰队的行动，而害怕惨遭德西两国夹击的杜威遂不敢贸然行动，仅仅是对马尼拉湾进行海上封锁以等待美国土援军的到来。而早在美西之间因缅因号事件关系陷入紧张时，美国深知其亚洲舰队兵力不足以对菲岛进行占领，于是积极地与在香港的菲律宾独立运动海外流亡领袖阿吉纳尔多联系，并诱以同意菲律宾独立来换取他们合作共同对抗西班牙，几经犹豫的阿吉纳尔多终于同意合作而搭乘美方的军舰回到菲律宾，投入驱逐西班牙殖民政权的军事行动。
阿吉纳尔多此次所领导的革命行动进行相当顺利，大约在数周的时间内，除了西班牙人倾全力重兵据守的马尼拉城外，整个吕宋岛几乎皆落入革命军的手中，而其它的岛屿也陆续脱离西班牙的统治。而遭德国舰队在旁牵制的美军则在马尼拉湾内，坐观西班牙与菲律宾独立分子之间厮斗，以收渔翁之利。5月31日在独立分子的猛攻下，西班牙在菲律宾群岛最重要的军港及军事重镇甲米地终于易手。6月12日阿吉纳尔多正式在该地发表菲律宾独立宣言，同时首次升起由其夫人所设计的菲律宾国旗。而正当菲律宾独立分子将西班牙人围困在马尼拉城内，满心欢喜地幻想着即将到来的独立美梦时，事实上，美、西双方已在华盛顿商谈停战的协议，悄悄地替菲律宾人民的未来命运做出决定。
美、西在华盛顿商谈停战协议时，已决定在双方签订正式和约之前，由美方占有马尼拉城。另一方面，此停战协议的内容因海底电缆被切断而无法传至马尼拉，但美、西两军，其实早已就如何处理西班牙人占有的马尼拉城达成秘密协议，即双方皆同意绝不让菲军进入马尼拉城。西班牙守军在美方发动进攻后，稍作抵抗后顺势将马尼拉城交由美军管理，然后由美军布防以阻止菲军进入。8月13日，不知情的菲军在冲锋号响起后与美军一同进攻西班牙人困守的马尼拉城，美军在6死44伤的惨烈牺牲后顺利地进入了马尼拉城，在另一边发动攻击的菲军，则被英勇的西班牙守军顽强地阻隔在马尼拉城外。当阿吉纳尔多及其菲律宾同胞在西班牙人举起白旗投降后，意图进入马尼拉城分享菲美同盟胜利成果时，却被他们的盟友美军阻挡在马尼拉城外，不得其门而入。被出卖的独立梦在美军接手马尼拉城后，菲律宾共和国部队遭到以优势火力为后盾的美军拒绝入城，形成双方隔着马尼拉城城墙对峙的情势。而一直相信美国会主持正义的阿吉纳尔多，则极力安抚被阻隔在马尼拉城外忿忿不平的菲律宾人民，他们在阿吉纳尔多的劝阻下方未对美军采取军事行动，却也因此丧失趁美军未有足够兵力向马尼拉以外地区扩展时，倾全力将美军逐出菲律宾的先机。
另一方面，占有马尼拉的正义美国人却正在等待更多的援军与大炮自美国土运抵菲律宾，以便一举歼灭菲军。于此同时，天真的阿吉纳尔多仍希望透过外交途径寻求国际奥援来解决此一困局，只是这些外交努力，都只是徒增新共和国的屈辱与感伤而已。因为，早在美西战争爆发的同时，对菲律宾垂涎已久的列强早已了解美国据有菲律宾的野心，他们各怀鬼胎根不可能会帮助新独立的菲律宾共和国，反而是在一旁摩拳擦掌等着如何与美国商谈瓜分菲律宾群岛的利益。188年月间美国与西班牙的代表在巴黎展开正式的谈判，12月10日双方缔结和约，在美方支付西班牙2000万美金补偿西班牙在菲岛上的公共建设支出后取得菲岛主权。另外，一些原隶属于西属菲律宾管辖的南太平洋岛屿如加洛林那caroas及帛琉aos等群岛，则由德国购得，虽未取得原西属菲律宾任何殖民地的英国，也在别的地方得到补偿，因此各方列强基上皆同意巴黎和约中美、西两国的菲律宾交易。此时，阿吉纳尔多仍认为，只要美国国会不批准巴黎和约，以和平的方式解决问题仍存有一线希望。但另一方面，他亦识破美国人的真面目，开始加紧进行宪法的修订工作，并于18年1月21日正式颁布菲律宾共和国宪法，两天后他当选为菲律宾共和国的首任总统，并开始征召菲律宾人入伍服役积极展开备战工作。
事实上，在美国国内仍有不少人士对占有菲律宾持反对意见，巴黎和约想要在18年2月6日国会表决上获得三分之二的同意票，并非一件容易的事。于是，美军鹰派的人士便开始筹画一项阴谋，希望挑起事端以制造冲突，促使不明就里的美国国会通过巴黎和约。2月4日当晚美军有计画地枪杀了菲律宾士兵，菲律宾垣愤而开火还击，而美军则趁势向毫无准备的菲军发动全面攻击，美国媒体更借机扭曲事情真相以煽动美国人仇菲的情绪，导致局势大变，美国国会以一票之差通过占有菲律宾的巴黎和约。自此，美军的侵略行动取得美国国内法律的支持，而此一以正义为名出师的雄师，瞬间变成了入侵他国的不义之师。菲美战争爆发后，美军迅速向吕宋岛马尼拉市的周围地区发动攻势；另一方面已在中部比萨扬群岛待命的美国海军舰队，则同时对重要的港口如怡朗、宿雾等城市展开攻击。在兵员素质及装备上占尽优势的美军，短期间内便取得丰硕的战果，将菲律宾军队逐出重要城镇退往山区。虽然菲律宾军队的顽强抵抗，曾使战事陷入对峙的局面，但在美国政府大量向菲岛增兵，同时采取怀柔恩威并施的方式后，菲军的士气很快地瓦解，向美军投降的人与日俱增。最后，随着阿吉纳尔多的被捕以及他宣誓对美国政府效忠后，菲律宾共和国至此成为过往云烟，菲岛再一次沦为强权的殖民地。
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