但是实际原因不是他支持日心说，而是因为他的泛神论、多神论等令宗教恼火的宗教思想，在那个时候这些思想是不被容许的。
事实上，直到1609年伽利略使用天文望远镜发现了一些不利于旧有的亚里士多德宇宙论和托勒密体系从而反过来可以支持日心说的新的天文现象后，日心说才开始引起人们的关注。
这些天文现象主要是指：月球坑坑洼洼并非像古希腊人想象的那般完美，太阳存在黑子，从而天界或“月上界”并非不变，木卫体系的发现直接说明了地球不是唯一中心，金星完整相变的发现也暴露了托勒密体系的错误。
然而，由于哥白尼的日心说所得的数据和托勒密体系的数据都不能与观测数据相吻合，日心说此时仍不具优势。直至开普勒以椭圆轨道取代圆形轨道修正了日心说之后，日心说才于地心说的竞争中才取得了真正的胜利。
简单地说，“地心说”就是以地球为宇宙的中心，“日心说”是以太阳为宇宙的中心。
介绍完以后，闻人通今总结说：“目前来看，这两个关于宇宙的观点，都是从天体物理角度描述这个宇宙的，在科学界和大众观点中，可以这样说，日心说已经被普遍接受，地心说则被彻底摈弃；这就是现状，但是今天我们看到了造物主的宣称和他的做工，如何理解和看待这个问题，我觉得需要重新思考。”
闻人博古说：“大体情况我同意小弟的介绍，但是我从宗教争论而不是科学研究的角度有一些不同的看法，要和大家说一说，看看有没有参考价值，尤其是对小弟刚才的提议，对这些已经存在的观点、看似已经确定不移的观点，是不是值得重新商榷。”
百里良骝和大家全都点头，等待他发言。
闻人博古又沉吟了片刻，才缓缓地说：“以我看，这个争论，不是物理上的、宇宙观上的谁是中心，而是造物主的造物目的到底是什么，也就是说，造物主如此创造、如此安排，他的重点在什么地方；这个关键搞不清楚，永远也没有正确的答案！比如说，以动与不动为标准，诚然可以把太阳当作中心，当作被围绕的目标，从而认定日心说为正确的答案，但是宇宙当中，比太阳大的星球比比皆是，还有银河系，那么是不是就可以变日心说为银河中心说呢？即使变成银河中心说，以后就不会有更大的系统？宇宙无垠，即使到了今天，谁能说清楚它的边界在哪里？如果不知道的话，又怎能断定哪里是中心？我们认为是中心的地方，也许不过是一个边角旮旯呢！所以，如果以物理为标准，这种说法都是相对而言有理，而不是绝对的答案，故此，我认为，把注意力放在物理中心上，本身就是错误的方向，都不能正确地回答问题。”
保罗三世道：“听你的意思，地心说、日心说都是错的？”
闻人博古断然道：“你说得不错，二者都是错的，因为他们都是方向不对。”
百里良骝问道：“既然二者都错，依你，应该什么是中心呢？”
麦柯也问道：“这个很有意思！用什么为标准来确定呢？”
“我的答案是，正确的答案是‘地心说’，但是重点不是物理上的中心点；确定的标准并非是动与静，而是造物主的旨意！”
百里良骝、保罗三世、麦柯、孔毓良、闻人博古异口同声说：“愿闻其详！”