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什么什么门就是指这个细菌的大类，然后大类里面又可以细分再细分，一直细到某个细菌科，我们直接从“科”这个单位开始讲起。
同一科的成员相对都比较相似，长得差不多，吃的差不多，交的朋友都差不多，常备技能也差不多。到了科的时候，每个成员都终于有全名了，各个的名号都很炫酷，比如单形拟杆菌（bacteroidesuniformis），或者嗜酸乳杆菌（lactobacillusacidophilus），或者幽门螺杆菌（helicobacterpylori）。细菌王国真的巨大无比！
要是想在人类的肠道里面找某种单个细菌的话，肯定每次都找不到它，但是能发现个什么新品种，要不就是在意想不到的地方找到了它。
就像每次想去买什么东西，买回家的却是另外一样，结果不经意在哪个小店里又找到了它。美国几个研究人员2011年的时候出于好玩（无聊？）研究了一下肚脐里的菌群。
在一位被研究对象的肚脐里他们居然找到了一种只有日本近海才有的细菌，搞笑的是这位被研究对象却从来没去过亚洲。全球一体化的结果不仅是人人都在吃麦当劳，看样子还波及了我们的肚脐。每天有成千亿上万亿的细菌蹭着免费飞机环游世界。
每个人都拥有完全属于自己的细菌菌群，就跟指纹差不多。
比如说给走失的小狗做个细菌基因鉴别，基本上应该就能找到它的主人。同样地，检测电脑键盘上的细菌基因，也可以找到电脑的主人，当然电脑是不会自己随便乱跑的。所有我们接触过的东西，都带有我们的“微生物指纹”，每个人都有那么一两个特别的细菌收藏，只有他有而别人没有。
肠道里的菌群就更是如此了。那医生怎么才能知道肠道里面的这些特别收藏到底是好还是坏？好问题！答案就是不知道。那换个问题：“肠道菌群对于健康有什么样的影响？”如果医生告诉你：“嗯，这个，您体内有一种很特别的只有亚洲才有的细菌，这么滑稽的细菌我还是头一次看见……”你是不是很想打他？为了避免这样尴尬的状况，科学家们才需要先认清各细菌种类的基本模型，然后从里面总结学习。
当科学家面对肠道里上千种不同的细菌科的时候，棘手的问题又来了：如果只是把每个细菌的大类研究一下，这样够吗？还是说要把有名号的细菌一个个研究一遍？
大肠杆菌（e.coli）和它邪恶的双胞胎兄弟肠出血性大肠杆菌（ehec）属于同科，它们之间的差别小到几乎可以忽略不计，但是影响却有天壤之别：大肠杆菌是无害的肠道居民，而肠出血性大肠杆菌却会造成严重的腹泻和便血。所以如果想知道每个细菌具体有什么用的话，光研究细菌的大类远远不够。
细菌的遗传基因
基因代表着可能性，基因是信息。基因可以给一个人强加上某些特征，或者也赋予他才能。不过在一个基因被转录翻译前，它们都只是一份染色体信息，就像计划在被实施前也就只是计划而已。
有的基因我们没法避免，就像是决定我们是一个人还是一个细菌的基因；有些会很久以后才会兑现，比如更年期或者老年斑；而有些也许虽然存在但永远都不会被激活，比如**（我也表示很遗憾）。
把肠子里所有的细菌加在一起，它们的基因总和差不多是人类基因的150多倍。这个庞大的基因总和叫作人体微生物生态组。
如果你可以任意挑选150种不同生物的特殊基因组，你会挑什么？是狮子的力量、鸟的翅膀、蝙蝠的听力，还是蜗牛温馨的房车？
当然科学完全没发展到这步，我也就随便问问。这么多肠菌基因我们现在根本没能力全都看过来，但是如果是有目的地找某个单个的基因，那我们还是可以做到的。
现在我们起码已经知道了：婴儿比成人拥有更多的消化母乳的肠菌基因，这个基因在断奶后就会慢慢消失；胖子体内有更多分解碳水化合物的肠菌基因；老年人体内抗压的肠菌基因会减少；在东京能找到消化海苔的肠菌基因，但在柏林就没有。
不仅如此，肠菌基因有时候还决定了你能干什么、不能干什么。比如镇痛药扑热息痛有些人就不能吃，因为他们的肠菌产物会影响到肝脏代谢扑热息痛，结果镇痛药没法被代谢掉，留在体内反而成了毒药。所以头疼时能不能吞镇痛药，就是由你的肚子决定的。
再比如说吃黄豆这件事。基本上科学已经证明了吃黄豆的多种好处，像是在前列腺癌、血管疾病或者骨质问题上都有预防保护作用。豆制品带来的保健效果在亚洲人身上超过50%，而在西方人身上只有25%~30%。
这个差异并不是人种间的不同基因造成的，而是肠菌——亚洲人的肠道里有一种特殊的细菌，它们可以从各种豆制品中有效提取出最健康的精华部分。
对于科学家来说，找到这些影响健康的单个肠菌已经是一大进步了，对于之前的问题——“肠道菌群对于健康有什么样的影响？”也算是回答了一半。但是这还远远不够，我们还想知道所有肠菌在一起的综合效应是什么，在整体菌群的影响下，单个肠菌的作用到底还有多少。
答案就是，根本没有什么单枪匹马的英雄，每个人体微生物生态组里光是负责分解碳水化合物、蛋白质或者生产维生素的就有很多很多不同的基因。
一般来说，一个细菌有几千个基因组，而每个人肚子里都有几千亿个细菌。要是对所有的这些基因组合进行数据分析，出来的图表可不是简洁的柱状图，那根本就是一幅现代艺术画。
对于人体微生物生态组，科学家面临的问题和百度面临的问题是一样的：提一个问题有几百万个信息来源同时蹦出来！你总不能对细菌说:“请你们一个一个慢慢讲。”所以科学家们必须对数据合理地打包、分类，找出重要的数据模型。
2011年的时候总算有了重大突破，科学家们发现了三种肠道型（enterotype）。
当时海德堡的科研人员用最新的技术把肠道微生物的组成情况扫描了一遍，本来还以为出来的又是一幅现代画——所有细菌乱七八糟混成一堆，外加一堆不认识的新细菌。结果却让人大跌眼镜，纷繁复杂的信息背后竟然有规律可循，所有检测的微生物生态组都大致可以分为三大类。三个细菌家族中的一个占有细菌王国的多数。突然间这幅庞大的细菌现代画让人看出了点门道。
三种肠道型
你属于三种肠道型的哪一种，取决于你肚子里到底哪个细菌家族占统治地位，这三种肠道型也自然就由这个统治家族的名称冠名。
它们是大名鼎鼎的拟杆菌型（bacteroides）、普氏菌型（prevotella）和瘤胃球菌型（ruminococcus）。
这种分类方式无关你是亚洲人、美洲人还是欧洲人，无关你年轻还是年纪大，也无关你是男人还是女人，通通都适用。肠道型的发现也许将来可以帮我们回答一系列的问题，比如对豆制品的消化吸收、神经的抗压力程度，或者某一特定疾病的发病率。
2011年的时候，中国的中医学者正好拜访了海德堡大学，他们看到了把中国古老的传统理论与现代医学相结合的可能性。在传统的中医里，人体可以被分为三类，主要根据每个人对草药的不同反应而定，比如对生姜的反应。人体内的细菌也有着不同的特性，它们分解食物的方式不一样，代谢出的产物不一样，解毒的功效也不一样。此外，它们对肠道菌群的影响也不一样，因为它们对其他细菌的喜好和厌恶各不相同，自然就决定了菌群不同的组成方式。
拟杆菌型
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