魔幻位面的大明1644年四月25日，崇祯十七年，李自成进攻北京，此时，崇祯皇帝命后宫嫔妃尽皆自杀，就在他打算亲砍杀自己的两个女儿时，玄清从天而降。
“既然不能扶持永历皇帝，那我就扶持另一个世界的崇祯皇帝！”永历皇帝死后，玄清病没有放弃扶龙庭，改天的打算，反而是将另一个时空的崇祯皇帝给拐带回了蜀山。
蜀山世界，玄清再次将崇祯皇帝给放了出来，与此同时，还有崇祯皇帝的一位贵妃。
崇祯皇帝的贵妃为袁贵妃！
原来，李自成攻打北京的时候，崇祯皇帝命皇后自裁，周皇后领旨，回到房间内自缢身亡。然后崇祯对袁贵妃说到：“你也随皇后去吧！”袁贵妃哭着领命拜别，回宫悬梁自尽。不过就在袁贵妃自缢时，绳索突然断裂，袁贵妃坠地昏迷了过去。崇祯见状，便拔剑对她一阵乱砍，袁贵妃倒在了血泊之中。之后，崇祯皇帝又用剑将其他几位妃子全部砍杀。
值得一提的是，袁贵妃虽然被崇祯砍了好几剑，但却只是昏死了过去，玄清顺便也就讲这袁贵妃一起给带了过来，一颗丹药下去，那袁贵妃恢复如初。
此外，还有崇祯皇帝的一双女儿，分别为长平公主和昭仁公主，两人也被玄清一并带了过来。
崇祯皇帝共有六个女儿，其中有四个女儿早逝。所以在李自成的军队攻入北京时，崇祯身边只有长平公主和昭仁公主两个女儿。
此时，长平公主只有十五岁，而昭仁公主则年仅五岁。
最后，被玄清一同带到蜀山世界的，还有崇祯皇帝的三个皇子，即皇太子朱慈烺、皇三子朱慈炯、皇四子朱慈炤，以及太监王承恩。
玄清并没有否认自己的身份，而是大大方方的显露了自己仙人的身份，彻底将崇祯皇帝震慑住，随后，玄清交给了崇祯皇帝一个任务，就是报仇雪恨，推翻满清。
为了这个目标，玄清更是不惜召出上古天宫中九殿中的屠灵卫和伏魔卫各一千人，分别交由李宁和周琅统领。
一切安排妥当之后，玄清并没有离开，而是亲自坐镇新的大明朝廷。
随后，大明朝廷再次举起反清的旗帜，以‘驱除鞑虏，恢复中华’和‘反清复明’为口号，开始了轰轰烈烈的收复失地的战争。
以李宁和周琅率领的屠灵卫和伏魔卫为先锋，大明军队迅速平定云南，斩杀大汉奸吴三桂，占领云南全境。
大明军队占领云南之后并没有停下扩张的脚步，而是继续的收复失地，一连几个月的时间，大明军队便迅速的占领长江以南，与满清王朝暂时划江而治，南北对立。
年关将近，大明王朝忙着安抚民众，稳定后方，以免根基不稳，所以暂时停止了北伐战争。
战争暂停之后，大明王朝做的第一件事就是迁都南京，改组政府。
而玄清也是得了一个国师的名号！
新年夜的南京城，玄清留在国师府过了一个喜庆的新年。
玄清身为大明国师，却是没有贪图人间的享受，拒绝了崇祯皇帝安排宫女进国师府伺候玄清的要求，玄清之所以要扶持崇祯皇帝重新建立大明，为了不使享乐，而是为了改变天。
但崇祯为了拉拢玄清，却是在新年夜将长平公主送到了国师府，美其名曰照顾玄清的起居，玄清转念一想却是没有拒绝，而是将长平公主留了下来，将她交给鹿鼎记世界的阿珂和大小双儿。
鹿鼎记世界，九难师太的原型正是长平公主，而阿珂则是九难的弟子，如今，进入蜀山世界，长平公主再次遇到阿珂又是一番怎样的场景，想想玄清就感觉蛮有意思的。
新年过后，大明军队再次挥师北伐，继续推翻满清的统治战争，而玄清却是在国师府闭关，无他，此时，玄清正在炼制自己的第二具第二元神。
上古天宫的龙府之中，留有一枚龙灵珠，此珠在玄清接受龙府之后便到了玄清的上。
玄清将上古天宫整个搬迁到自己的混沌珠世界之后，龙府府主的位置交给了斗破世界的太虚古龙朱坤，而朱坤则是将太虚古龙一族的化龙池都给搬到了龙府之中。
玄清的那枚龙灵珠就一直放在太虚古龙的化龙池之中温阳。
玄清扶龙庭之后，因为雪魄珠炼制的第二元神要坐镇紫云宫，分身乏术，一直都是亲自坐镇，所以，一直考虑着再炼制一个第二元神，于是，却是将注意打在了那枚龙灵珠之上。
龙灵珠，一颗约莫人头大小的水晶光珠。光珠圆润。散发着柔和的光芒，在那光珠内，似乎是有着一条白龙蜿蜒盘踞，隐隐间，有着一股浩瀚的灵力波动散发出来。
如法炮制，玄清却是顺利的将龙灵珠炼制成了自己的有一具第二元神，更是在炼制的过程中，融合进去了一部分气运金龙的气运。