当秦始皇要求彻查的时候，李斯就知道时机来了。
但他并没有急着动手，他知道此时还不是最佳时机。
而同为法家的韩非子对于李斯主张再缓一缓，很是不满，气愤地道：“这是多么难得的机会啊，为何不给予儒门致命一击？”
李斯不紧不慢地道：“师弟，稍安勿躁。此时对准儒门，也只是让儒门名声有损而已。况且儒门也有理可讲，徐福等方士本来就非是儒门之人，他们事实上是阴阳学派的。”
韩非子哼了一声道：“阴阳学派，谁不知道阴阳学派现在只相当于儒门的旁支？再说了，咱们说他是儒门之人，难道陛下还会核实不成？”
李斯劝道：“这不是核实不核实的问题，而是此事却很难定罪于儒门。难道说陛下被一个方士骗了？”
韩非子不再言语了。
李斯道：“我们不是不动儒门，虽然此时不动儒门，但在陛下那里已然对儒门没有了好印象，此后有烧上一把火，陛下再想到徐福之事，到时就可以小事化大，光明正大地将儒门烧个干干净净。”
很快，李斯就找到了机会。
此时的秦王朝，秦始皇推行的是“郡县制”。
而在韩非子等法家之人的鼓动下，有儒学信奉者博士齐人淳于越就上书反对“郡县制”，要求遵古制，分封皇子功臣为诸侯。
“郡县制”乃是秦始皇亲自推行的国策，淳于越竟然反对，这让本来因为徐福一中就对儒门不满的秦始皇心中极为不悦。
丞相李斯乘机向秦始皇进言道：“儒生不师今而学古，各尊私学，诽谤朝政，惑乱民心，建议禁私学。”
办法是除了史官所藏秦国史记以外，别国史记一概烧毁；除了博士官所藏图书，私人所藏儒家经典和诸子书一概送官府烧毁。
下今后三十天不送所藏私书到官府，罚筑长城四年。聚谈诗书的人斩首，是古非今的人灭族，只有医药、占卜、农作书不禁。
民间求学以吏为师，禁止私学。
秦始皇听从了李斯的建议，实行了焚书法令。
儒门虽强，却也不好与官家相斗，况且焚书法令焚的也并非儒家一家之书籍，更无法反对，只好妥协。
这其中对于儒门影响最大的就是禁止私学一项，如果时间长了，没有了生源和弟子，儒门的发展势必会受到影响。
不过，儒门本身实力强大，在普通民众中影响力极大，儒门相信自己还是有办法可想的，也就默认了此事。
儒门想息事宁人，可是他们没有想到此事并非是偶然事件，乃是李斯等法家的精心策划，就是儒门想息事宁人也是做不到的。
很快，就有不知从哪里冒出来的方士侯生和卢生借为秦始皇求仙丹灵药为名，背地里诽谤讥讽秦始皇，被始皇察觉后亡命而去。
秦始皇大怒，下令在京城搜查审讯诸生，抓获460术士并全部活埋。
此事就是在玄黄世界都十分有名的焚书坑儒。
不过，说是坑儒就是有些过了，虽然李斯很难抓捕儒门之人，可惜儒门之人也是见机得早，重要弟子早就撤离了咸阳。
活埋的大都是一些如阴阳学派等其他学派的弟子方士而已。
秦始皇这样做很是不得人心的，包括始皇长子扶苏都谏道：“天下初定，远方黔首未集，诸生皆诵法孔子，今上皆重法绳之，臣恐天下不安。唯上察之。”
始皇大怒，将扶苏派遣到边疆去监军去了。
对于李斯的算计，儒门会知晓吗？儒门能够善罢甘休吗？
当然不，儒门自然有手段对付李斯等法家学派，甚至秦王朝。