五天之后消息传到东京，宿太尉得知之后，立即派人去江南侦查，不过为了防止反贼做大，他还是立刻上书皇帝，把自己的情报说了出来，赵佶并没有重视，只是让各路官府抓捕嫌疑犯，发布悬赏捉拿方腊。
赵佶之所以不重视，也是因为宿太尉这次借题发挥，把方腊意图谋反跟花石纲事件跟六贼等等都牵扯到一起，顺便弹劾了蔡京等人，所以一场好好地提前准备处置变乱的行动变成了一次党争，所以赵佶看着双方相互攀咬本来就很头疼了，自然没有心思管什么方腊作乱了，毕竟这大宋朝哪年没有几个人作乱的。
江南那边得到命令之后，立刻组织人手准备抓捕，但是因为摩尼教在江南势力庞大，所以朝廷的军队还没有准备好，方腊那边就已经知道了消息，八月底，方腊究极了三千多人正式在歙县七贤村起义，方腊喊出口号‘杀朱得太平’。
江南苦于花石纲和各种苛捐杂税，见有人举世事，立刻大量的底层失地百姓还有地痞无赖，山贼土匪聚集在方腊的旗下，七贤村十多天就聚集了一万多人，官府一时不敢进兵。
两浙路本来就没有多少驻军，禁军除了少数守城的之外更是全部北上，现在一万多农民军无人能治，无奈之下两浙府纠集了厢军和各地乡兵五千多人在兵马都监察颜坦的带领下前往七贤村围剿方腊。
事情朝着不可预料的方向发展，史进眼看着方腊起义，眼看着对方一步步做大，现在朝廷更是派了这么一支杂牌军前去围剿，史进不得不牙疼的发现，这次怕是要完蛋了。
果然这次朝廷的五千军队，到了清溪县，被对方牵着鼻子转一圈之后引到一处洼地然后伏兵尽出，五千人迅速溃败，兵马都监察颜坦被杀，方腊声势大振之下，立刻占领了清溪县城，然后向着周围扩散开来。
朝廷接到消息之后已经过去半个多月，对方已经占领了歙州、睦州、姿州的数个州县，人数也迅速膨胀到了十多万人，朝廷一帮大佬一时间又吵成了一片，接着方腊竟然兵围杭州，朝廷这才派出了西军一部，宋江并且命令史进也派军协助。
史进得到消息之后，立刻命令红娘子占领，杭州码头，那边提前调派的早已经准备好的五千陆军士卒，开进杭州城，方腊势力立刻被梁山迎头痛击，宋江军南下之后，史进也派出了两万军队南下，顺便占领了宿迁附近的运河码头，阮小二带着三千内河舰队南下协助朝廷剿匪。
方腊攻打杭州不成，转而北上攻打湖州，宁国军，半个月的时间连下数城，方腊也正式称帝，称帝之后的方腊派出军队四面出击，往北攻打苏州嘉兴等地，往南攻打衡州和处州，东南攻打绍兴宁波等地，往西攻打池州江州等地。
一时间形势非常严峻，九月中旬宋江军到达嘉兴，史进派出的军队再林冲的带领下到达苏州，朝廷的大军在童贯的带领下也到达池州等地，经过几场小规模的战斗之后，方腊军发觉不是对手，立刻转身防御，不过方腊造反看着闹得声势浩大，但是被朝廷十多万军队围困之后，立刻显出了疲态。
仅仅一个月不到，方腊军连续丢掉了歙州，宁国军等几个战略要地，势力被赶到杭州以南的山里，到了十二月的时候，基本上大局已定，方腊一家老小也被抓获，送到东京处死，方腊起义进入收尾阶段，各军继续追剿流传的乱军。