就连曾习舜也控制不住这一切，直至武装广场上大教堂的钟声响起，西班牙人才终于组织起有效防守，并指派各个小队深入街巷营救被困各处的西班牙人。
那些疯狂的原住民不管明军，他们有自己的行动目标，有些人趁此时机仇杀报复，在抢夺中捞上一笔，这些人不敢攻击明军、明军也不去理会他们，狭路相逢他们便向明军尚未去到过的地方躲避，进行下一次报复。
但在印第安人聚集的地方，他们有各自的首领，甚至拥有极为清晰的主张。
在墨西哥城久负盛名的西班牙王室丝绸厂，超过四千名原住民织工杀死西班牙管理者，从他身上扒下中国丝绸衫做成旗帜，高呼着末代皇帝瓜特穆斯之名向大教堂进军，他们要向每一个西班牙人复仇。
但更多人不像他们这么勇敢，尽管都受尽了欺压，绝大多数原住民还是会关闭房门观望，并向羽蛇神与耶稣祈祷这场混乱不要影响他们的生命。
没有清晰主张，即使数量庞大也只是一群乌合之众，在这一点上即使西班牙人比他们少得多，还是占有巨大优势。
大教堂外的武装广场上，留守西班牙军士长集结兵力组成方阵，步兵军团这种在旧大陆替代封建马下骑士的新组织形式在面对这种情况时拥有几乎完美的抗压能力，任何一个西班牙人只要端起长矛拿起火枪，就是很好的方阵兵。
再加上一部分懵懵懂懂在混乱中不知该做什么的混血士兵天然臣服，若没有外力介入，即使再壮大的反叛队伍也无法取得最终的胜利。
可西班牙军团之前高举大旗发号施令的军士长在曾习舜率部接近大教堂时便被杀将铳从二百步外集火射击打成筛子，然后是接替大旗的方阵长、首席教士、连队长官。
每一个想要去举起那面新西班牙大旗的人都将在举起旗帜时被火枪杀死，当最后一名披着胸甲的修士死在旗下，由普通市民组成的方阵亦摇摇欲坠，从第一名士兵丢下长矛逃走开始只用了不到五分钟的时间，整个方阵分崩离析。
自墨西哥城逃亡东海岸的西班牙人被原住民追杀，争抢湖上的独木舟与桨帆战舰，被淹死的不知多少，最终只有数百人成功逃出湖心巨城，但这座宏伟城市的乱局并未因西班牙人的离开而重归平静。
赶走殖民者的原住民又将恶意的目光盯上仍旧留在城内的明军与自己人，仅仅渡过一个令人疲惫的夜晚，他们开始在明军休息的大教堂纵火、在关于食物的事情上抢夺，并试图偷走抢夺明军的火器。
与原住民比起来，曾习舜的部下太少，根本不足以镇压这座杀红眼没有丝毫理智的城市，尽管原住民对他们的恶意并未形成高烈度的战斗，但这种情况很明确地透露给曾习舜一个危险的讯号。
如果继续留在这，他们将无法活着走出这座城市。
这些人的做法让曾习舜非常明显地感觉到他们的想法，就好像赶走城里的西班牙人后再赶走城里的明朝人，这座城市就能永远属于他们一样。
曾习舜带着巨大的防备在攻占墨西哥城后的第三天夜里退出这座城市，而就在他离开的第二天，一支来自东海岸的西班牙守军部队兵临墨西哥城下。
与此同时，旧大陆的阿尔瓦公爵率其强大舰队登上东海岸。