占领塞浦路斯之后，奥斯曼土耳其人几乎已经完全控制了地中海东部，尽管克里特还在威尼斯控制下。然而马耳他战役的失败和勒班陀的灾难打破了奥斯曼帝国进军罗马的希望。突尼斯被土耳其收复后，西班牙清楚地认识到，北非已经稳稳当当地成了奥斯曼帝国的一部分，查理五世的征服君士坦丁堡的梦想早已是昨日黄花。
代表两大宗教的两个海军强国至此打成了僵局。
奥斯曼只是没有赢罢了，但也谈不上什么损失，可假如基督教世界没能赢得勒班陀战役，就必然会把整个地中海都输掉。
战役结束一年之后，年迈的堂加西亚·德·托莱多，还在为勒班陀战役的巨大风险而面色煞白；堂·胡安在那场战役中着实是孤注一掷；堂·加西亚知道，假如战役失败，将给基督教地中海的海岸地区带来灾难，尽管战役的结局很辉煌，但胜利实在是侥幸所致。
如果战役失败，又没了可供防御作战的舰队，地中海的所有主要岛屿——马耳他、克里特、巴利阿里群岛都将迅速落入敌手，这些岛屿是威尼斯的最后一道防线；然后土耳其人就能够以这些岛屿为跳板，进攻意大利腹地，一直打到罗马，也就是苏莱曼的最终目标。
如果舒鲁奇·穆罕默德成功地消灭了威尼斯那一翼；如果重武装的加莱赛战船没能打乱阿里帕夏的中军；如果还乌卢奇·阿里能够早一个小时穿透多里亚的战线……整个南欧的版图将与今天大相径庭。
马耳他战役对奥斯曼人的遏制和勒班陀的胜利，阻断了奥斯曼帝国在地中海中心的扩张。
而对拿下君士坦丁堡再也不抱希望的西班牙殖民帝国，却将目光转向了东方。
在不久的将来，西班牙与葡萄牙两大先驱级殖民帝国就将共戴一君，联合向东方掀起新一轮的扩张，而这正是高务实将来“走向蓝海”所必须面对的挑战。
当然，这还只是勒班陀战役在政治意义上的影响，在单纯的军事意义上，它也有同样至关重要的影响：勒班陀战役是世界战争史上，排桨战船的最后一次大规模使用。
在勒班陀战役后，人们不再争论风帆战舰和排桨战舰的优劣，开始完全以风帆战舰作为舰队主力出战。人们已经确信以风作为动力的船只更具战斗性能。此外，人们也确信了火器在海战中的重要性。这使欧洲舰队开展出了以火炮为主力的战术，影响了海战发展。
唯一的好消息是，西班牙由于毕竟赢得了勒班陀战役的胜利，对于舰载火炮——尤其是远程重炮的重视依然不够，这在很大程度上导致了后来无敌舰队惨败给英格兰的悲剧。
但是，这对于大明而言倒是个好消息，至少高务实认为，最起码自己到时候不必直面最强大状态的西班牙。
英格兰的童贞女王陛下，你可别让我失望……把西班牙和葡萄牙打得更惨一点吧！