高拱当场质疑徐阶不负责任的行为，发出异议：“不能开这个‘恭请圣裁’的先例。在先朝遇事不决请上裁，是因为先帝经久执政，通达国体；而今上即位这才几天，怎么可能知道群臣谁贤谁不肖？让皇上自己裁定，皇上却该如何判断？恐怕只能询问身边的人。长此以往，天下大事就可能会被宵小劫持了。”
徐阶立刻黑了脸，认为高拱纯粹无理取闹，凡事非要与自己对着干才高兴。在言官们的支持下，徐阶再一次胜利，最终还是请了“上裁”。而高拱和徐阶的矛盾，也更加地公开化，朝廷上下无人不晓。由于徐阶的威望和影响力，再加上他不得罪人，而高拱则一门心思维护自己皇帝学生的，因此舆论都倾向于指责高拱擅权，破坏内阁秩序。
像这样的矛盾在高拱当初第一次入阁的近一年时间里，在徐、高二人之间几乎不间断地上演。只是由于新朝初始的不稳定状态，使得这些事情所牵动的气氛愈发微妙。时人黄景昉有评论说：“高拱任怨，徐阶专任恩，二者的倾轧皆由此而起。”该评价可谓中肯。
徐阶的圆滑与高拱的直率，形成了鲜明的对比，且都是些不可调和的矛盾。二人对国事的用心程度，也完全不在一个层次上。徐阶兼顾各方利益，尤其小心谨慎，首要目的是明哲保身，在圆滑处理事件的基础上始终先让自己立于不败之地；而高拱则往往就事论事，心无旁骛，为此甚至不在乎与任何人结怨。
说到底，徐阶在乎的是官位名利，高拱在乎的是天下大业。
后来因为京察，连带着爆发了胡应嘉案，一番龙争虎斗之后，“满朝倒拱”，高拱狼狈下野，而徐阶最终也失去圣心，致仕归乡。
而高拱此番起复，首先就推翻了“恤录先朝建言诸臣”。当初徐阶在草拟的《嘉靖遗诏》中，对嘉靖在位四十五年间因敢于直言而被革职、充军、下狱和论死的大臣平反昭雪，这里头牵涉到的是一大批人，得不得民心不好说，但肯定是一件极得官心的大好事。
但高拱一回京，立刻就将此推翻了。高拱的理由是这些臣子的“罪”，都是先帝嘉靖定的。先帝定的案能翻吗？不能，因为如果这些人都平反昭雪，那不就明摆着是先帝错了吗？这还得了！
一句话，你徐阶的这个做法“有妨于圣德”，同时评价徐阶“不以忠孝事君，务行私臆”、“归过先帝”。这一招当然十分凶狠，在张居正看来，属于是欲置徐阶于死地。幸好隆庆这次颇有主见，只是同意了对获罪诸臣不可“不加甄别，尽行恤录”，而没有直接动徐阶。
但旨意虽然这么说，实际上还是推翻了《遗诏》，对建言获罪的大臣们平反昭雪之事，也就随之无疾而终，有望重见天日的几百户家庭，又入苦海。这里头还牵连到一个人，这个人是大文豪王世贞的父亲。结果嘛……历史上王世贞写《嘉靖以来首辅传》，其中肆意诋毁和丑化高拱，但凡高拱有功之处，要么一笔带过，要么“乌足道也”，而只要曾有对高拱不利的传言，却一条条清晰记录并大加阐发。
因为王世贞在文坛的历史地位，这《首辅传》偏偏成为后世研究这段历史的重要资料！高拱的名声在后世之所以坏了那么多年，直到差不多改革开放之后才被一些学者慢慢翻案，原因就出在这里。
冯保眼见得张居正面沉如水，目光中甚至不自觉地流露出一丝杀机，心中暗暗得意，再次补刀：“太岳相公，前些日子高胡子放出风来，说什么与华亭公当年不过是一点小小的私人过节，这话你是当事人，总不会相信吧？而且据我手底下的番子打探，前几日，他还在家中夜会了在京的学生们，其中四位科道官……你猜他高胡子是想做什么？”