小徐仗着老段的信任，在国务院一手遮天是人所皆知，偏偏遇到孙洪伊也是眼高手低的朋友，他的为人争强好胜，而且政治能量也不小，用当时人的话来说，这两位在一起，几乎就是“riri在火并之中”。
老孙是直隶人，年纪比小徐大十岁，哪里看得惯小徐这个嚣张劲。两人的ri常口角就不消说了，这里说几次大的冲突。第一次冲突是徐树铮擅自以国务院的名义发布调令、命广东、福建、江西、湖南四省军队会剿护法军李烈钧部的事情引起。本来这事已经在国务会议上讨论过，决议是去电调解，而小徐却私自拟了一个讨伐的命令拿给黎总统盖印，结果被拒绝了。小徐一怒之下竟然擅自以国务院的名义将讨伐之令发出，结果引起其他内阁成员的一片哗然，孙洪伊当面指责小徐违法越权，而小徐也不甘示弱，两人就此结下梁子。
紧接着，在8月下旬的时候，众议院将湖南议员提出的一个议案转给了国务院，其中对现任福建省长的胡瑞霖提出查办要求，理由是其在任湖南财政厅长时有贪污等劣迹。胡瑞霖是皖系的人，徐树铮接到议案后擅自以国务院的名义为胡瑞霖辩护，并将议案驳回。
孙洪伊得知后十分恼怒，他怒气冲冲的找到老段说：“对民政长官的处分问题属于内务部的职权，我自己分管的事情，我竟然一点都不知道，这算哪门子王法？如果秘书长可以包办一切，那我这个内务总长还做它作甚？”黎总统得知此事后，也召见并慰留孙洪伊说：“就是啊，现在哪里是责任内阁制，简直就是责任秘书长制嘛！”
被这么一闹，老段也觉得这事做得荒唐，随即命小徐将咨文追回，徐树铮表面上答应，实际上却不了了之。由此，孙洪伊又和老段卯上了。
中国的事情，就是千万不要轻视了小人物的作用，千里之堤溃于蚁穴，从古至今，有多少大人物是被小人物给拖下水并一蹶不振的！徐树铮和孙洪伊两人在前台斗法，两位后台老板免不了在私下里抱怨，段祺瑞说：“这孙总长也太不象话了！”黎元洪则说：“徐秘书长未免欺人太甚！”
一个月后，孙洪伊为整顿内务部，裁减了部里的三十多名职员。由于这些被裁者大都和北洋系的头头脑脑有着这样或那样的关系，他们岂能善罢甘休，而徐树铮也想利用他们来把孙洪伊给搞下去，于是便怂恿他们向平政院上诉。结果，平政院裁定撤销内务部原令，被解职的那些人仍旧回去上班。
平政院是袁世凯时期设立的一个政治仲裁结构，孙洪伊不但不接受这样的裁定，反认为平政院是一个非法机构，随后他拟将此案提交国会审议。徐树铮害怕国会接受孙洪伊的意见，于是决定先下手为强，他在经过老段的同意后拟定了一道执行平政院裁决的命令，准备交总统府批准。
徐树铮的这道命令，不但内务总长孙洪伊拒绝副署，黎总统也拒绝盖印，府、院之间反复争执，酿成。老段自上次就对孙洪伊十分不满，于是暗地里给孙传话，让他辞职算了。但是，孙洪伊非但认为自己没有错，而且口气十分强硬，拒不辞职。
老段这回真动怒了，他在十月中旬下了一道将孙洪伊免职的命令，让小徐拿给黎总统盖印。黎总统见后十分震惊，坚决不肯用印。徐树铮为这事来回跑了四趟，黎总统连拒四次，丝毫不肯让步。最后一次，徐树铮威胁黎元洪说：“总统不肯盖印也无妨，以后我们不准孙洪伊参加国务会议！”黎总统大怒：“你说的这是什么话？！”徐树铮冷笑道：“什么话？这是段总理的原话！”
过了几天，很少到总统府的段总理突然气呼呼的出现在黎总统的面前，他拿着将孙洪伊免职的命令交给黎元洪，说：“总统要是不肯免孙洪伊的职，那就把我免职了吧！”
老段下了最后通牒，黎总统也只好退让，不过他还想给双方留点余地，也给自己争回点面子，于是他建议：“免职令还是不下的好，让他自动辞职吧！我来给他做做工作！”
偏偏孙洪伊这位也是个死硬派，他死活不肯主动辞职，还大声嚷嚷道：“什么官我都可以不做，只要维持我的人格！我不辞职，不出洋，不外调！”
黎总统也说服不了他，这下事情闹僵了。一方面，要是不把孙洪伊赶出内阁的话，段总理的面子没地方放，以后也就没了威信；另一方面，孙总长坚持自己没有错，主动辞职就是失却人格。双方都不肯妥协，把黎总统夹在中间，左右为难，束手无策。
最后，黎元洪只好把北洋系的大佬徐世昌给请出来，希望他来调解这个纠纷。徐世昌是个老官僚，见多识广，他一眼就看出了其中的问题所在。于是，徐世昌提出一个方案，那就是将孙洪伊和徐树铮同时免职，原总统府的秘书长张国淦出任国务院的秘书长。张国淦与府院之间的关系都不错，由他出任国务院秘书长的话，双方的沟通就相对好很多了。
老段用人，从来就是“用人不疑、疑人不用”，他对部下的袒护是出了名的。对于徐世昌的提议，老段开始不同意，因为他并不希望徐树铮被免职。直到后来国会要弹劾徐树铮，老段才不情愿的同意了这个方案，但又加了一条，那就是将总统府秘书长、号称黎元洪“四大金刚”之一的丁世铎也一并免职。
11月下旬，孙洪伊、徐树铮、丁世铎三人先后被免职。老段这次以一换二，而且徐树铮仍旧是陆军次长，勉强占了上风。至于被免职的孙洪伊，他转身又回到了国会，仍旧对老段不停的发难。
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