与此同时，忍界还谣传着另一个消息。那就是千手柱间与宇智波斑大战一场之后元气大伤，战力已经不复从前，甚至身体状态也是每况愈下，罹患重病。
其实，千手柱间在对决后的第三日就醒了过来。极光探望过后，发现师父表现并未如传言所说的那样虚弱，至少他的一切表现都与常人无异。也许确实留下了什么隐患，也许那些都是出于某些“政治需要”才散布的假消息。
直到不久后，师母漩涡水户将真正的原因说出。原来长久以来，千手柱间都在肆无忌惮的挥霍自愈能力，造成他的身体出现严重问题。因为自愈伤口是需要细胞分裂的，而每个人者一生之中细胞分裂次数是有限制的，大约是50到70次。如果超过了这个次数，将会产生非常可怕的后果。对于普通人而言，无非就是细胞衰竭，提前老死。
但千手柱间不同，他的细胞非常特殊。当它超越了普通人限定的细胞分裂次数，不但不会因此衰竭，反而会变得更有攻击性，或者说是具有强大的吞噬能力！就像癌细胞一样，不断的吞噬人体自身生命，无限制的自我复制。如果一直恶化下去，又没有足够力量压制的话，变异细胞甚至会吞噬千手柱间本人！
对此，千手柱间却是非常乐观。按他的说法就是，情况没有大家想的那么糟糕。一切都是修炼仙术的后遗症罢了，自然能量的过多摄入使得他的细胞会自行产生木遁效果。
那段时间，火影与弟弟千手扉间发生过几次十分激烈的争吵。千手柱间希望亲自去往各国，真诚的沟通并消解种种误会。而千手扉间却说大哥太过天真，坚决反对他的想法。正是因为他之前的种种错误决定，包括庇护宇智波斑叛逃这个消息，这才造成了四大忍村的严重变故。千手柱间思考过后，陷入了深深的自责。
这天，他来到了火影岩刻有自己雕像的上方……
“大哥！你还在为昨天的事情生气吗？”千手扉间瞬身来到火影身旁，见他一动不动望着远方，继续道：“很抱歉，是我这个做弟弟的说话语气太重，没有顾及大哥你的面子。其实……”
“其实我不是一个合格的火影呢……”千手柱间抢先接话道：“或者说，我是时候应该退下这个位置了。”
“大哥，你……”
“不用劝我了……”千手柱间摆手打断道：“就算以我的身体状况，也无法再在那个位置上守护大家了。相比于我这个大哥，扉间你倒更适合成为一个优秀的领袖。更何况我也明白，我的退位，其实更符合现在各忍村形势上的平衡，对吧？”
千手扉间默然不语，的确，现在各大忍村现在都由二代继承影的名号，唯独木叶还有初代活着并且在位。这种形式下，二代影们很可能一同将木叶作为忌惮对象。之前宣布的千手柱间实力严重受损的消息，就是为了平衡他们这种心态。
“不过在我退位之前，还有最后一个命令想要下达，希望你能帮我劝服村子各个高层答应，就当是我的一个请求吧！”千手柱间转头看着弟弟。
“大哥你说……”
“我还记得木叶刚成立的时候，我曾许诺过宇智波斑……”千手柱间指着脚下自己的头像说道：“希望由他成为首任火影，作为背后的影子守护村子。木叶将会把他的样子刻在脚下这片岩石上，供后人敬仰和学习。呵，当时我还开玩笑说，他的样子太凶，必须做些调整才能雕刻出来呢……”
“大哥！请你不要忘记，宇智波斑背叛了木叶！”千手扉间提醒道。
“是啊！虽然最后是他背叛了我们的梦想，但我也……”千手柱间点头：
“我也违背了当初的诺言……也许当初是他成为火影，受到大家的拥护和爱戴，感受到那份责任还有温暖，也许会是另一个结果吧。不过，这些都是过往了……我希望能在终结之谷雕刻出他和我的样子，以此算完成对斑未曾实现的诺言吧！”
“大哥，其实……”千手扉间很想说出斑可能只是冰封而非死去的消息。但在思考过后，还是打消了这个年头，他改口道：“好吧，既然大哥坚持这样，我会尽量劝服那些人答应下来的。”
也就在这不久之后，千手柱间正式向火之国的大名请辞，正式卸任火影。理由包括两点：一是对于宇智波斑叛逃的隐瞒负有不可推卸的责任，甚至造成某些无辜忍者的死亡。二是他也承认自己身体出现问题，已经无法作为忍者继续战斗。
这种形势之下，木叶宣布开始重新甄选新的火影。千手扉间众望所归，因为强大的战力和处理政务能力的出色表现，被木叶各家族还有平民一致推举为二代火影。