紧接着，尼奥被按在审讯桌上，史密斯特工拿出一只电子虫，虫子很快就钻进了尼奥的肚子里，让观众们更不明白史密斯在做什么，这实在是有一些诡异。
紧接着画面切换，尼奥从梦中惊醒，似乎刚刚发生的只是一场梦，只是接下来尼奥和崔妮蒂再次见面时，崔妮蒂用杀虫器从尼奥身上吸出了那只电子虫，证明了史密斯特工所动的手脚，并不是尼奥的梦境。
不过此时观众开始疑惑史密斯这么做到底是为了什么，而且影片许多的情节充满了诡异的感觉，仿佛这个世界隐藏着什么。
悬念牢牢吸引住观众的心思，他们都想知道这究竟怎么一回事，只有少数看过的影迷，此时带着一些优越感看了看满脸疑惑的其他观众，好不容易才忍住了剧透的想法。
接下来尼奥终于还是见到了墨菲斯，在两个人的对话中，这个世界的本质开始展现冰山一角。
这个时候的墨菲斯仿佛就像是一个神棍，他的话也让人充满了探知的欲望。
“这个世界是一个没有知觉的牢狱？母体无处不在！如果你想脱离梦魇，去真实世界看看……”
尼奥最终没有忍住心中的好奇，决定去看看墨菲斯所说的真相，而吞下药丸后，尼奥发现这个世界似乎变得扭曲了起来。
这个时候，观众们都知道了，尼奥他们所在的世界是梦魇，是牢狱，另一个真实的世界在等着他们！
接下来，画面转换，观众看到了完全不一样的世界，在类似培养槽的设施中，一个人挣扎的爬了起来，他身上插满了管槽！
虽然光头光身，但观众还是一眼认了出来那是尼奥。
画面随着尼奥的视角转动，周围是无数类似培养槽的设施，除了偶尔亮起的闪电，从地面到半空再到高空，都是一片漆黑，其中还能看到飘动的厚厚的乌云和尘埃，完全是一副末日般的景象。
“欢迎来到真实世界！”墨菲斯说出了这句话，而且伴随着影片情节的推动，尼奥回到了真实的世界，渐渐恢复了正常，一个真正的世界随着墨菲斯的诉说展现在了人们的面前。
母体！电子信号！真实的世界！矩阵世界……一个个答案从在墨菲斯口中说了出来，让许多的观众恍然大悟的同时都忍不住吃惊，同时心中冒出来了这样的一个念头：如果这就是真实的世界，那真实就实在太过残酷了，那些生活在矩阵中的人，跟行尸走肉有什么区别？
这个时候，不少的观众目光扫向手中的可乐和爆米花，忍不住冒出来了这样的想法：“我们看到的，喝到的这些……不会也都是电子信号吧？”
然而此时一些读过的观众却忍不住露出神秘的笑容，因为他们知道，目前这些让观众大吃一惊的“真相”，其背后的一切更为惊人，整个《黑客帝国》反转每一次让人大吃一惊的同时，又会让许多人觉得在情理之中。
当然，后面的这些保罗也不会在第一部抛出来，此时观众们的注意力，也很快就被影片转移了，《黑客帝国》的卖点在真实和虚幻的思考上，其中甚至还有大量的故弄玄虚的哲学和神秘学的探讨，而电影却绝对不是，它的目的是带给观众一场无与伦比的视听盛宴。