天正四年（1576年）七月，织田方的真锅主马兵卫及沼野伊贺守率河内水军军船三百只与毛利方运送军粮的浦兵部率领的三岛水军军船九百余只在大坂湾上激战。这就是难波冲海野。织田方以数量处于劣势的笨重的大型军船为中心，完全不是以灵巧的小船为主使用焙烙火矢的毛利水军的对手。最终，真锅主马兵卫等织田方船手大将战死，封锁大坂湾的军船大部分被烧毁。
信长得到难波冲海战失利后开始反思。本来他是抱着革新的想法，但在没有海战实际经验的情况下，光靠这种主观的侥幸心理是不行的。信长想到难波冲海战败北的原因是因为毛利水军的火攻，决定建造耐火的铁船。信长马上找来了九鬼嘉隆，命他督造铁船。
嘉隆从纪州熊野调来造船用的木材，在居城鸟羽开始建造铁船。嘉隆从以前的军船和明船等外国船身上吸取它们的长处，作成了崭新的军船。船幅七间（约12m），全长十二间（约21m），用坚固的木材组成船体后再覆盖上铁板作为装甲，被后世称为“铁甲船”。船上配备的火器是当时极为罕见的大炮三门和大量大铁炮。
“日本国中最大、最华丽的船，和王国（指葡萄牙）的船相似。”
这是当时来日本的基督教宣教师オルガンチノ在接触到铁甲船后，给故乡葡萄牙アビス的教会写的信中的话。王国的船是指葡萄牙的ガレー船。ガレー船不能进行远洋航海，从来没有到达过日本，嘉隆的构想居然与西欧的船不谋而合。但在船的外面覆盖上装甲，在当时的世界上来说，却是划世纪的。装甲舰第一次出现在西欧战场上是在十九世纪的露土战争中，比日本的装甲舰要晚三百年以上。
铁甲船出现在战场上是在难波冲海战二年后的天正六年（1578年）四月。嘉隆指挥建造好的铁甲船六只，从鸟羽大凑绕过纪州冲前往封锁大坂湾。途中轻易的击退了杂贺谷轮的门徒众所率的船队的攻击，七月十七日在堺的津靠岸。
九月二十七日，九鬼舰队接受信长的检阅。信长在参观后对铁甲船极为满意，赐给嘉隆黄金二十枚及九人扶持。
十一月六日，毛利水军兵船六百只前往救援石山，与海上封锁的九鬼舰队交战。这就是木津川冲海战，毛利方对铁甲船发起勇猛果敢的进攻，但被铁甲船上的大炮击毁了大将船，毛利水军败走。
织田水军完胜。木津川冲海战的胜利确立了石山合战中织田军的优势。嘉隆因此战功得到伊势志摩两国内三万五千石的领地。这是九鬼嘉隆一生中最辉煌的时刻。
信长身死本能寺后，嘉隆受到羽柴秀吉的重用。嘉隆这个海贼大名掌握着从纪伊水道到伊势湾一带的广阔水域。朝鲜出兵时，嘉隆建造了巨船“日本丸”，担任日本水军的先锋。但最终惨败在名将李舜臣率领的朝鲜水军的手下，因此在庆长二年受到秀吉的责罚，嘉隆被命隐居。鸟羽城由嫡子守隆继承，嘉隆领隐居料五千石。嘉隆引退后，在庆长四年（1599年）与稻叶道通发生争执，嘉隆对德川家康的裁决极为不满。
庆长五年（1600年），关原合战勃发。合战之际，九鬼家一分为二，即嘉隆加入西军，守隆从属东军。这是为了九鬼家的存续而作出的决定。家康虽然曾经联络过隐居中的嘉隆，但是嘉隆因为对家康个人的遗恨而加入了西军。
嘉隆乘守隆跟随家康的会津征伐军出阵之时，夺取了九鬼家的本城鸟羽城。但是，关原合战以东军的胜利而告终，嘉隆逃往答志岛的和具。
与此同时，守隆击破了西军进攻伊势桑名城的主将氏家纯利，并将首级送往了家康处。这是东军最早的捷报。战后处理时，守隆得到了鸟羽的安堵。守隆向家康请求，愿意用自己的战功换得父亲嘉隆的性命，并得到家康的同意。守隆马上派出使者前往嘉隆处。
但是，使者到达的时候已经晚了。嘉隆因战败之责，在答志岛自刃，这是使者赶到前几天的事情。守隆的家老某为了九鬼家的存续逼迫嘉隆自刃。也有说是使者虽然赶到，但嘉隆厌恶家康之世，从容切腹。庆长五年十月十五日，九鬼嘉隆的人生帷幕落下。享年五十九岁。
嘉隆死后，守隆任德川氏的船手大将出阵大坂。在冬之阵中击破大坂方水军，显示出与他父亲同样优秀的才能。然而，守隆在宽永九年（1632年）病死，三男隆季和末子久隆为家督的继承问题发生争执。当时正力图削减外样大名势力的德川幕府乘机将久隆作为九鬼家的嫡流转封到摄津三田三万六千石，隆季为分家转封丹波绫部二万石。幕府祖父三代都对拥有强力水军力量的九鬼氏保持警惕，借相续问题把水军封入了山国。三田九鬼家在转封后依然在城下河中训练水军，操练船战，在他们的身上还可以依稀看到当年率领铁甲船舰队的九鬼水军的影子。
提出铁甲船的信长和将它实现后投入实战的嘉隆，在革新、直率以及毁灭性的人生各方面有着许多相同点。九鬼嘉隆因信长而发光，在秀吉之世懒散的生存，厌恶家康之世而结束了自己五十九年的一生。
从水军转进为大名的九鬼氏，从他的一生经历来看，最适合九鬼嘉隆的称号莫过于“海贼大名”了。
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