元代十三科为：大方脉、杂医、小方脉、风、产、眼、口齿、咽喉、正骨、金疮肿、针灸、祝由、禁。
明代十三科为：大方脉、小方脉、妇人、疮疡、针灸、眼、口齿、咽喉、伤寒、接骨、金镞、按摩、祝由。
1571年，明代的十三科改为十一科，增设了痘疹科，改疮疡为外科，接骨为正骨，去金镞、祝由与按摩等科。
在具体的医疗实践中，每一种科目各有侧重：
1、大方脉：专门治疗成年人疾病。大体相当于现在的内科。宋代十三科中即有此科，后沿用至清。
2、小方脉：专门治疗小儿疾病。相当于现代的小儿科。宋、元、明、清代的太医院均设小方脉。
3、正骨：元代十三科之一，明代时更名为接骨科。为专门治疗骨关节外伤性疾患的临床分科。
4、风科：宋代始设风科，元代医学分为十三科，风科是其中之一，专门诊治各种风病，实际上是大方脉的一个分支。宋、元强调风邪在治病诸因素中的重要性，因而独立设科。
5、口齿科：唐代包括于耳目口齿科内，宋代十一科中有口齿咽喉科，元明医学十三科中口齿科独立为一科。
6、产科：元代十三科之一，专门治疗妇女疾病，相当于现在的妇产科。
7、杂医科：元代十三科之一，专门治疗杂病的学科。
8、眼科：唐以前眼科包括于耳目口齿科中，宋代始设眼科。其后元、明、清均沿此设立眼科。
9、咽喉科：唐宋及以前均混入耳目口齿科，元代医学“十三科“始独立设有咽喉科，明代亦沿此独立设科。
10、金疮肿科：多属战伤救治的专门学科。周代称金疡，为疡医科治疗内容之一。宋代设金镞兼书禁科。元代始设金疮肿科，明代设金镞科。由于其治疗对象多为箭、剑、刀等武器的创伤，故名。
11、针灸科：针灸疗法由来已久，隋唐始设为专门的科目，宋有针兼灸科，元、明代均设有针灸科。
12、祝由科：用符咒禳病者为“祝由科”。
13、禁科：自唐代始设医学各科起，便设有禁科。此后历朝历代医学分科多有增、减变化，大多均设禁科或并入金镞书禁科。直至清中叶改十一科为九科时方取消禁科。禁科系以咒禁、画符、祝由等各种非医学方式以期治疗疾病的一类方法。
14、妇人科：明太医院十三科之一，专门治疗妇女疾病的学科，相当于现代妇产科。
15、疮疡科：明代设立的太医院十三科之一。专门治疗肿疡、溃疡、金刃所伤等外科疾患。相当于现代医学中外科及皮肤科的治疗范围。
16、伤寒科：明代太医院共设十三科，伤寒为其中之一，是专门治疗外感疾患的，类似于现代内科中设置的某些专科。
17、按摩科：明代设立的太医院十三科之一。此后按摩一直独立设科，作为一种重要的医疗保健手段沿用至今。
由此可见，中医是一个多么庞大而系统的综合学科，自古以来就是非常讲究群体优势，而不是现代人心目中那种私人小医馆式的小诊所，也不是那些挂羊头卖狗肉的中西医结合中医院。
中医守护华夏数千年，从一枝独秀，到身陷困境的蜕变。中医的历史，要从远古时期讲起。，祖先们在寻找食物的过程中，逐渐发现了一些能消除病痛的食物。