在《毛诗》学方面，郑玄先学今文《韩诗》，后师从马融研究《毛诗》。其《诗》学直接来源于马融，他在《毛诗笺》以及《毛诗谱》，兼采了今文三家《诗》尤其是《韩诗》。他首次提出《毛诗》作者有大、小毛公之别，《毛诗谱》谓鲁人“大毛公为《故训传》于其家，河间献王得而献之，以小毛公为博士。”此新说有何依据，不得而知。郑玄还独创了“笺”的名称。就郑玄《毛诗》“笺”注内容而言，也是多以《礼》解释《诗》，强调礼制的作用，宣扬封建伦理的功效。此外，郑玄首次提示了《诗》之《大序》为子夏所撰，《小序》则为子夏、毛公合作。
在“三礼”学方面，郑玄《周官注》来源于马融；而注《礼》经（《仪礼》），是校读“古经”的成果；注《礼记》，则是独创的新说。从前，三种礼学经典分别相传，而郑玄“通为《三礼》”，开始才有所谓“三礼”之学。“三礼”学是郑玄“通学”最精彩的内容，他全面注释“三礼”，融会贯通，自然地解决了许多疑难的问题。皮瑞锡指出：“郑学最精者三礼。”（《经学通论·<易经>·论郑荀虞三家之义郑据礼以证易学者可以推补不必推补爻辰》）
在《春秋》“三传”方面，郑玄先学《公羊春秋》，后习《左氏春秋》，此外又懂《梁春秋》。他曾指出：“《左氏》善于礼，《公羊》善于谶，《梁》善于经。”（《六艺论》）郑玄综合融通，重点落在“善于礼”的《左氏传》上。《后汉书》本传及《儒林列传》均未提及郑玄注过《左氏传》，但《世说新语·文学》篇中记：郑玄曾注《左氏传》，一次与服虔相遇，听服虔谈注《左氏传》的内容，觉得与己见相同，就说：“吾久欲注，尚未了。听君向言而有信，多与吾同，今当尽以所注与君。”遂为《服氏注》。如果故事可靠，郑玄似有尚未完稿的注《左氏传》的专著。
“六艺”概论方面。随汉代经学发展，必然产生“五经”、“六艺”概论的专著，刘向校理秘府经籍，撰编了《五经通义》和《五经要义》。刘歆《七略》中之《辑略》，实际包含了“六艺”的总论；东汉，曹褒、张遐等均著有《五经通义》；尤其是许慎的《五经异义》，从礼制上评述“五经”的各种意义，缩论今、古文家之说，但师法界限并不严格。对此，郑玄撰《驳五经异义，混合今文与古文之义，加以辩驳，并才有《六艺论》，次论《易》、《书》、《礼》、《乐》、《春秋》六经，叙述六艺特征及其传授的渊源。
综上所述，郑玄“括囊大典，网罗众说”，其业绩无疑是经学史上一座丰碑。他遍注的群经，可惜大多已佚。至今完整的留存于《十三经注疏》中的《毛诗笺》和“三礼”注，以大量篇幅考订名物度，训诂精湛，校严密，为中国文化史研究提供了丰富而重要的资料。
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