不过杨育新虽然走了，但刘澜涛却还不能休息，虽然杨育新是安全保卫专项工作组的负责人之一，但他只是做决策事务，而俱体的工作安排，都是刘澜涛负责。
从现在的情况看，抓捕马芮成基本己经十拿九稳了，但并不是只抓住了马芮成就万事大吉了，因为马芮成还有大量的同伴，一但他们知道马芮成被捕，有两种可能性，一是陷入混乱，不知所措；二是马上发动袭击，不管能不能成功。但刘澜涛必须要做最坏的打算，因此一但抓捕了马芮成，就必须马上对他的同伴实施抓捕。那么就要做后期抓捕的计划。
另外尽管刘澜涛也认为抓捕马芮成基本稳操胜券，但凡事没有出结果之前就不能做万无一失的打算，如果后天马芮成不来参加会议怎么办？必须要做相应的预案。
上海办事处的人员首先确定，一但马芮成不来参加会议，要么是说明马芮成已对华东政府起了疑心；要么是马芮成即将实施行动，因此就立刻对马芮成实施强行抓捕，不惜动武，而且也顾不上是否会造成恶劣影响了。
增加的一个营到位以后，现在上海新区的守备军队达到3个营，共计约2000人左右，刘澜涛本来是军人出身，虽然是海军，但毕竞也是专业人员，对行军布置还是有些经验的，他对这3个营的安排是，一个营守卫上海新区的5个入口，以防止在上海老城潜伏的敌人攻入上海新区；一个营负责保卫上海新区的行政官员和穿越者的安全，行政官员的安全，是确保在发生袭击事件之后，维持上海新区正常运行的关建，而保护穿越者的安全，则是重大的政治正确问题。而重点保护的就是行政大楼和宿舍区。
上海新区的行政大楼其实是一个建筑群，包括有3栋主楼和1座发电房、1座给水房，再加上绿化和院子，总面积约有18亩左右，不过修建了三米多高，60厘米厚的围墙，因此有一定的防护力；现在上海新区长期居住的穿越者有300余人，上海新区专门兴建了供穿越者的宿舍区，目前占地面积达32亩，共建有12栋公寓楼，60间连体别墅，24间独体别墅，宿舍区也修建了围墙，实施的是全封闭管理，但只允许穿越者及配偶在宿舍区内居住，也禁止穿越者或配偶带其他无关人员进入，服务人员是由政府统一组织分配，如果有人来访，将会受到严格的盘查。平时行政区和宿舍区各有一个连守卫，另一个连则是做为轮换部队。
而剩下的一营也就是新増加的兵力，刘澜涛将其做为预备部队，平时则负责上海新区内的巡逻任务。
另外上海新区内还有约400余警察人员，主要负责維护治安等工作，还有上海办事处带来的60余人，因此从总体来看，上海新区的防备力量并不差。
马芮成在上海新区内有一所住宅，占地约1千平米，建筑用地600平米，其余是庭院、天井、回廓等部份，另外还有两间商铺，面积都有100平米左右，每间商铺的人员在10人左右。
刘澜涛预计，再包围马芮成的住宅，需要1个营的兵力才行，因此预备部队将全部投入包围马芮成的住宅行动，而对两间商铺，刘澜涛决定从另两个营中各抽调一个连的兵力就足够了。而上海新区的400余警力则可以做为辅助力量，上海办事处带来的60余人则负责应对紧急情况。另外还可以从另两个营中各安排一个连，做为应急兵力使用。因为这次是华东政府主动出击，可以打对手一个措手不及，因此在兵力的调配上也就从容多了。
而且刘澜涛手里有上海新区的详细地图，也就可以从容的布置分配兵力，扼守要路，以确保万无一失。将兵力布置好之后，刘澜涛又计算了一下，这次行动会牵连到约50间房屋，影响的人数在400人左右，总体来看对上海新区的影响并不大。
最后确定的是出击的时间，定在后天上午8点钟，因为开会的时间是在上午9点，因此在这个时候，所有兵力、警力都可以布置到位，而上海新区的警戒期开始以后，街上巡逻的军队、警员都明显增加，军队的布置也不会引人注意。而一但成功抓捕了马芮成，或者是确定马芮成不参加会议，军队都将立刻展开行动。