这次爪哇危机中最大的输家自然是荷兰，而这次失败也促使荷兰政fu痛下决心，大力的发展海军，加强战斗力，以保护自己的海外利益。
不过这些都是以后的事情了，虽然签定了巴达维亚条约，但人民军并没有马上离开爪哇，因为现在还有许多善后的事情需要处理，因此双方约定，人民军将还在爪哇停留一个月的时间，处理其他的事情。
首先当然是荷兰殖政fu的赔款，650万英磅也不是一个小数字，即使是荷兰殖民政fu，也不是一下子就能拿出来的，因此还需要一段时间来筹集。而且殖民军队的俘虏还被人民军收押着，赔款不‘交’付是不会轻易释放的。
不仅是殖民军队的俘虏，人民军还俘虏了约2500各土著士兵，而对这些俘虏的处理，穿越者和张秩君等爪哇华人代表协商之后，决定通知各部落，可以将这些俘虏赎回去，当然爪哇的土著部落也都不富裕，拿不出多少钱来，但可以用物品来‘交’换，爪哇还是有不少土特产，都可以在中国国内买出好价钱。
不过就是这样，除了少数在部落中有一定地位的人之外，还是有2000多俘虏都没有被各部落赎走，结果最后人民军决定，将这一批俘虏都被安排在张家的农场里干活，为期为10年，工钱要比正常人工低一半，并直接‘交’给华东政fu的爪哇办事处。
除了这些之外，还有就是成立华东政fu的爪哇办事处，商行等，当然还有爪哇的华人工会组建，以及在殖民政fu里工作的华人如果推选。实际上爪哇华人对此没有多少经验，基本都是由穿越者设计各种组织运行制度，因为是刚刚成立，因此第一批工会的管理人员基本都是由华东政fu直接指定，为期为一年，等一切运行都顺利之后，再通过制定的程序产生，而张秩君也十分自然的被华东政fu指定为工会主席。
而还有一个最重要的事情，就是农场护卫队的处理。农场护卫队做为人民军的辅助力量，在爪哇的战斗中也发挥了重要的作用，前后共计招募了1275人，而在历次的战斗中，己阵亡了253人，剩下的1000多人应该怎样安置，有人就主张将农场护卫队解散，各人各归自家。
但穿越者却坚决反对解散农场护卫队，而是应该保留下来，作为爪哇华人能够掌控的一支武装力量，因为只有掌握武装力量，而且农场护卫队是经历过战争的历练，有相当的实战经验，既使穿越者不在爪哇，对殖民政fu仍然可以保持一定的威摄力，当然在名议上仍然可以使用农场护卫队的名称，毕竟在爪哇各农场都会有自己的护卫队，而且人民军可以提供武器、训练和指挥。
张秩君对穿越者的建议表示了绝对支持，并且表示张家可以以开垦农场的名议，来安置这支农场护卫队，并且提供训练场所和经费，以及农场护卫队成员的薪酬等。不过穿越者还是决定，对现在农场护卫队的成员，还是采用自愿原则，原意留下来的可以留下，不原留下的也可以退出，而缺额可以另外再招募。
而最终选择留下来的约有800余人，因为在战争期间，农场护卫队的成员不仅接受军事训练，还也受到一些的思想教育训练，因此思想觉悟有一定的提高，更明白枪杆子的作用，只有手里有枪，才不怕被荷兰人或土著的欺负。而且人民军是相当重视强调军人的荣誉感，这种情绪也影响了农场护卫队的成员，他们也都以当军人为荣，这也是绝大多数成员愿意留下来的主要原因。
穿越者也对农场护卫队也进行了重新编制，认为规模可以保持在千人左右，同时任命张国平担任大队长，而护卫队将分成两部份，一部份聚集在一处进行训练，并且还预备给他们装备掷弹筒和60迫击炮，由人民军派人来对他们进行教导和指挥，当然也包括政治教育；另一部份则分散驻扎其他各农场，但只配备步枪和手枪，并且带领着其他农场的护卫队一起进行训练，然后定期进行轮换，这样到了需要的时候，可以在短时间内聚集起2-3000的军队来，足可以支持一阵。而且这并不限于张家的农场，其他华人的农场如果愿意，也可以加入进来，不过要担负驻农场的护卫队的费用。