另外还设有六个直属机构，直属机构负责人均为军委候补委员
军委办公室，主任是襄阳舰副政委吴凯，主要职责是负责军委的日常行政管理保障工作，
纪律监察处，处长是岳阳舰政委蔡宁，主要职责是负责对军队的纪律、作风、行动、执行任务等进行监督、检查，推进依法治军、从严治军，防范和查处军队违法犯罪活动，并向军委各机关部门和战区、军区分别派驻监察人员，挥监督监察作用。
军工技术研究室，主任是太湖舰政委丁兴华，主要职责是加强国防科技战略管理、研究，推动国防科技自主创新，协调推进科技领域的军民融合展。
审计署，主任是怀化舰政委邬煜晖，主要职责是履行军队的财务审计监督职能，组织指导全军审计工作。
机关事务管理总局，主任是襄阳舰政委李，主要职责是统一负责军委机关及有关直、附属单位管理保障工作，加强资源的统筹管理和使用，减少保障机构和人员，提高管理和保障效益。
军事情报处，主任三亚舰政委夏杰，主要职责是收集其他各国的军事情报，武器装备，军事动向，为军委决策提任情报依据。
从总体来看，各部门机构的负责人有两个特点，一是以出身海军的负责人居多，只有6军部的负责人诸亚平是6军，这也符合穿越军队的情况，严格来说穿越军队全部都是海军，没有6军；二是以政工干部居多，12个部门机构中，除了总参谋部、海军部、6军部、后勤保障部，其余8个部门机构全部都是由各军舰的政委、副政委担任负责人，这主要是因为各军舰的舰长、副舰长都要储备起来，担任未来的军舰或者是舰队的指挥官。
而6大职能部门，6个直属机构的成立，让军事委员会的结构、职能、组织趋于完整，职权责任分工明确，也更有利于以后人民军的建设。当然，这一次完善的只是军委的內部组织构成，而外部如6军各军区、战区，集团军；海军各舰队、分舰队、支舰队等现在还没有规划确定，不过军委的基本构架到是完全搭建起来，因此以后可以慢慢的进一步完善。
随后军事委员会又下达了三个军委令。
一、要求全军加强对部队的日常纪律管理和战斗战术训练，由其不能放松细节管理，还要加强本土士兵的思想和文化教育工作，提高士兵的综合素质，从中现培养可造之材，同时各团级领导需要加强对部队的监督检查，一定要严格要求，不能流于形式，而且军委也会不定期对各团展开抽查。在今年年底，军委将举行一次全军大比武，以检查各部队的训练成果。
二、是成立军官培训班和政工干部培训班，对排、连、营级军官和政工干部进行岗位、工作的培训教育。军官培训班和政工干部培训班不仅是面对穿越战士，同时也对本土的军人开放，因为目前排一级的军官已经全由本土军人担任，少数表现优秀的本土军人己经晋升到连级军官，因此对他们的培养也不能轻视。
三、是在一、二、三团试推行士兵委员会制度。因为这三个团是成立较早，老兵居多，士兵的素质和思想也都有一定的基础，另外这三个团里的连级军官己经开始由本土士兵担任，而穿越战士要么晋升到营级军官，要么转到新部队的任职，不在对基层进直接控制，因此在这三个团里施行士兵委员会制度，一来是加强军队基层的管理，并且看一看本土士兵的自我管理能力；二来也是为施行士兵委员会制度积累经验，以后可以推扩到全军。
按照军委的规定，士兵委员会以连为单位，由每个班各推选出一人（非军官）为士兵委员，组成连士兵委员会，并选出连士兵执委一人，副执委一人，并参加营士兵委员会。一但士兵委员升任军官，将自动取消其士兵委员的资格，另在班中选其他人增齐。而营士兵委员会不设专职执委，是由各连士兵执委轮流担任。
士兵委员会的责任是：一、参加军队的日常管理，二、维持军队纪律，三、监督军队的经济情况，四、作群众运动，五、协助政工干部作士兵政治教育；各连、营士兵委员会有定期开会的自由，并有监督批评军官的权利，各级军官均不得干扰士兵委员会会议。士兵委员现部队中有违反纪律者，无论士兵还是军官，均可以在连、营士兵委员会上报告，并由连、营士兵执委汇集向团部报告。
不过为了防止军队中出现极端民主化和平均主义思想，因此士兵委员会只有监督权而没有执行权，对违反纪律者只能举报，处罚决定则应由相应部门执行；士兵委员会无权讨论军委的决定，以及部队的训练、军事行动等重大问题；在战争期间，团部可下令暂时停止士兵委员会活动。