另外清廷也有自己的打算，袁世凯练成北洋新军之后，就一直成为清廷的一块心病，到也不完全是担心袁世凯拥兵自重，而是谁有兵权都会成为朝廷的心腹之患，而且袁世凯在练兵时也刻意扩大自己在北洋新军中的影响力，北洋新军“只知袁官保，而不知有朝廷”也决不是一句虚言，何况北洋新军六个镇，除了第一镇之外，其他五个镇都是由袁世凯的心腹控制，清廷也不可能不对袁世凯有所顾忌，要求朝廷了袁世凯的军权的声音，在清廷一直都是有的。
在清廷进攻河南根据地的战斗中，北洋一镇遭到重创；三镇几乎全军覆没，在战争结束之后，清廷借恢复这两个镇的名议，终于将北洋第三镇也从袁世凯手里挖了过来，但袁世凯仍然控制着4个镇，清廷依然还是对他不能放心。这次趁着袁世凯去南方，在朝中就有不少人打算对北洋新军动手，虽然袁世凯要求带2个镇南下，但毕竞还是留下了两个镇，如果清廷能够将这两个镇也挖过来，这样朝廷就控制北洋新军的4个镇，也就彻底解除了袁世凯的兵权了。而袁世凯要求从湖北新军中抽调一部份兵力，清廷也同意将湖北新军的1个协调给袁世凯部，也算是答应了袁世凯的要求。
其实清廷的这些打算，袁世凯心里都清楚，他要求带2个镇南下，也是经过了认真的计算，再要多了清廷也不会批，而自己一走，清廷也肯定会对下来的两个镇下手，不过袁世凯也另有自己的打算，尽管明面上只要了两个镇，但在出发的时候，袁世凯打算从剩下的两个镇中各抽调1个协，这样实际是带了3个镇的军队南下，再加上湖北新军的1个协，袁世凯手里掌握的兵力2个镇3个协，共计约4万余人，这样的兵力也是相当可观的。
另外袁世凯也计划好，一但到了南方，就以3个协为基础，招募新兵，再扩编成3个镇，这样最多也就是在1年之后，自己就可以再度掌握5个镇的军队，在南方来说，绝对是最强的军力。
而对袁世凯推荐徐世昌为军机大臣，清廷经过商议之后，决定晋升徐世昌为户部尚书，但没有选入军机处。原因是徐世昌的资历实在是太浅了，而且由侍郎入选军机，也未免太快，徐世昌虽然有些能力，但毕竟没有立下什么大功，即使入选军机，也难以服众，因此晋升为户部尚书，就算是看着袁世凯的面子了。
其实袁世凯也知道，清廷不可能任命徐世昌为军机大臣，之所以这样推荐，还是向清廷漫天要价，而户部尚书己经达到了他的预期，毕竞徐世昌确实是资历不足，就是被选入军机也起不了多大的作用，还不如先在户部尚书的位置上多历练几年，当然如果清廷能够撑到那个时候，而清廷撑不到那个时候，徐世昌大可以绕道南下，到两江来找自己，协助自己在南方开创新基业。
但袁世凯的要求中，只有钱的事情最难，到不是现在清廷没有钱，其实尽管现在华东**占据不少地方，但清廷这几年的财政收入还可以，每年都有8000万两白银以上的收入，算是十分可观的，一来是庚子国变，清廷并没有像旧时空那样赔了4亿多两白银，二来华东**注重发展经济，同时控制了天津、上海这两个最大的海关，使外国商品难以轻易进入中国，从而保护民族工业的发展，连带着清廷境内的民族工业也有受益，民族工业的发展，也带动了地方经济的繁荣，同时自然也增加了税收，这样清廷当然也有收入。
另外虽然现在华东**已和清廷式撕破了脸，但清廷的漕运却仍然还是由华东**负责，南方的税收、粮食都是由各地运到上海集中装船，运到天津上岸，再转由火车装运到北京，华东**的运需效率很高，价格也公道，清廷还可以省下大量的人力物力，一年可以省下几十万两银子。清廷到现在还不敢完全和华东**恶交，连华东**的北京办事处、驻军都不敢动，漕运被华东**控制了，也是一个重要的原因。不过这也成了一个怪异的现像，一个国家的税收、粮食调运居然是靠敌人运输。
但不管怎么说，这几年清廷的财政还是比较宽松的，每年的开支之余，还能剩下不少，到现在至少也攒下了5、600万两银子，因此袁世凯开口讨要200万两银子南下救灾所用，尽管是漫天要价，但清廷也是完全拿得出来的。
不过现在清廷要用钱的地方太多，因为现在慈禧己做好了华东**进攻，再次逃难的打算，但由于有了庚子年间逃难的经验，因此这一次慈禧要预先做好充份的准备，可别向上次那么创促狼狈，一方面慈禧任命岑春煊为甘陕总督、吴怀为山西巡抚，实际就是在沿途接应自已，而另一方面还要修理沿途的道路，并且还要修建行宫，并且安排人员饮食更换车仗马匹等等。
而这些事项当然都是要用钱的，因此在这段时间己来，清廷的银子己像流水一样花出去，到现在己花费了200余万两，虽然这时清廷还有3、400万两白银的库存，但以后要花钱的地方还多去了，而且逃难时也要带一点钱，自然是能省则省，因此在5月间长江沿岸各省发大水灾时，清廷却没有救灾，这就是主要的原因。