郭致远当然不知道费丽莎还有这样的心思，搞定这三大西方海上强国之后，他就开始整顿南部沿海海贸秩序了，他一方面派东蕃海军扫荡沿海盘踞的海盗和倭寇势力，一方面制定新的海贸规定，要求所有从事海贸生意的海商必须获得巡海道的贸易许可证才能从事海上贸易，禁止走私和私下交易，而且交易价格必须遵守市舶司定期公布的外贸货物价格指导价，不得扰乱价格市场，一经发现不仅将吊销其贸易许可证，还会处以高额罚金！
郭致远还要求所有出海贸易的商船和来中国沿海的外国商船必须悬挂由巡海道颁发的“令旗”，方便管理和盘查，同时也为悬挂了巡海道颁发“令旗”的合法商船提供保护，任何攻击悬挂了巡海道颁发“令旗”的合法商船的行为都将视为对东蕃海军宣战，将遭到东蕃海军的严厉打击！
同时郭致远也鼓励海商们自主联合开辟新的贸易航线，开辟新的贸易航线不仅能够得到税收优惠，带回大明没有的新物种或者新工艺还能得到重金奖励！
除此之外，郭致远还宣布开放福州、厦门、泉州、莆田、宁德为五大自由贸易港，划定自由贸易区，由市舶司统一管理，享有税收优惠和政策扶持。
在郭致远一系列举措下，福建沿海的海贸产业空前繁荣，海贸秩序空前安定，海贸规模不到一年时间扩大了十倍还不止！通商范围广及大泥、浡尼、占城、吕宋、魍港、北港、大员、平户、长崎、孟买、万丹、旧港、巴达维亚、麻六甲、柬埔寨、暹罗等地，在东洋和南洋各地港口悬挂着“福建巡海道郭”令旗的中国商船随处可见！
海贸产业的空前繁荣也大大带动了福建沿海乃至整个南部沿海地区的经济发展，百姓生活水平明显提高，官府的税收也大大提高，以前常常为上缴朝廷赋税发愁的地方官如今都不用发愁了，郭致远也因此在南部沿海地区树立了极高的声望，百姓亲切地称郭致远为“郭海道”，“南闽以郭海道为长城，方得大治”之说也在民间盛传！也正因为有这样的声望，才使得郭致远一系列的举措得以顺利推行！
木秀于林，风必催之，郭致远的声望越高，嫉恨他的人也就越多，朝堂上弹劾郭致远的奏折又多了起来，其中少不了有说郭致远利用海道副使的权力中饱私囊的，“海舶不得郭致远令旗，不能往来。每—舶例入三千金，岁入千万计，郭致远以此中饱私囊，富可敌国！”，还有更诛心的，“南闽百姓只知有郭致远，而不知有朝廷，长此以往，必成大祸！”