不过也正是因为这两战打赢了，才让葡萄牙人逐渐放弃了武力侵略中国的野心，他们藉囗航船触礁下沉，进贡物品被浸湿，申请借地晾晒，同时贿赂广东海道吏汪柏，获得了澳门的居住权。（请注意，是居住权，不是割让澳门）
相比狡猾的葡萄牙人，荷兰人对中国的野心更加赤果果，他们在1604年就不请自来，趁明军换防之际，占据了马公岛（澎湖岛），后来被沈有容给斥退不得不撤走，但在原本的历史时空，他们在1622年又会卷土重来，再次占据澎湖，还直接用军舰封锁了漳州的出海口，让福建水师无法出动，而福建水师也知道打不过船坚炮利的荷兰人，一直避而不战，甚至不惜让步想把东蕃（台湾）给荷兰人，让他们离开澎湖列岛，而尝到甜头的荷兰人居然嫌弃东蕃（台湾）条件不好，仍然占据澎湖列岛不肯离开！
在这样的情况下，明朝朝廷才忍无可忍，撤掉了不作为的陈子贞，下令让接任的福建巡抚南居益把荷兰人从澎湖赶走，南居益也知道凭福建水师的实力打不过船坚炮利的荷兰人，所以招安了此时已开始崭露头角的海盗郑芝龙（郑成功他爹）来帮忙。
郑芝龙向南居益献计，让他一边秘密屯集兵力，一边先向荷兰人示弱，以谈判的名义摆下鸿门宴，荷兰人的指挥官弗朗斯过于自大，果然中计只带着2艘单杆小船赴厦门与南居益谈判，结果在宴会上，弗朗斯和所有荷兰使团成员都被南居益下药灌醉后扣留。接着南居益又让埋伏好的50艘火船按计划攻击了2艘荷兰小船，结果依然让其中的一艘逃之夭夭。
天启四年(1624年)2月，福建巡抚南居益亲自乘船到金门，下令明军(总兵力达1万人、兵船2百艘)渡海出击收复澎湖，澎湖海战打响！福建总兵俞咨皋（名将俞大猷之子）、守备王梦熊，率领兵船至澎湖，登陆白沙岛，与荷军接战。但荷兰军队依仗坚固的工事与战舰顽抗，澎湖久攻不下。
随后明军三次增兵，而荷兰人因为缺少给养，在与明军交战七个月后，实在支持不住，终于被明军赶出了澎湖，荷兰人带着残兵逃往东蕃（台湾），继续在大员盘踞。
澎湖海战虽然是明军打赢了，但赢得着实不怎么光彩，先是用计抓了人家的指挥官，后来又在占据绝对兵力优势下打了整整七个月才把荷兰人赶走，此战明军共动用兵船二百多艘，兵力一万多人，耗军费达十七万七千余两，还不能将荷兰人全歼，这样的胜利实在难以自傲，所以荷兰人仍然不死心，在十年后（1633年）又爆发了著名的明荷料罗湾海战！