公爵试图通过一些手段与与爱德华王子背后的西摩家族结成联盟。但是，由于他的长子兼继承人萨里伯爵的个人行径，他的努力还是化为了泡影。1546年12月12日公爵和长子萨里伯爵被逮捕并被送往伦敦塔。1547年1月12日，公爵承认他犯有叛国罪，包括向所有人隐瞒其长子擅自使用王室纹章的行为。
在对公爵审判的期间，与他分居的妻子、女儿玛丽（与里士满公爵分居的里士满公爵夫人），还有他的情妇伊丽莎白·霍兰，都提供了不利于他的证据。在证据面前，公爵能想到的只有不惜一切代价保住自己的性命。为了得到国王的原谅，公爵愿意把他的所有土地都送还给国王亨利八世。
不过，亨利八世为了替唯一的儿子爱德华王子铲除继位道路上的种种阻碍，于1547年1月19日将萨里伯爵判处死刑并斩首。几天后的27日，诺福克公爵在不受到审判的情况下也被判处了刑罚。垂死的亨利八利最终同意诺福克公爵被处死，有传言说他将在第二天被处决。
当亨利八世于1月28日死后，诺福克公爵被国王的死救了下来。因为议会认为，应该以不流血事件来开创新的国王统治。在爱德华六世统治时期，诺福克公爵的城堡庄园被王室没收，自己也一直被关押在伦敦塔中。直到1553年玛丽女王继位后才得被释放并赦免其罪行。
在玛丽女王的第一次议会(1553年10月至12月间)中，他重新得到了公爵爵位及每年可以获得1626英镑收益的土地的一部分补偿。后来，公爵又被任命为枢密院成员，在8月18日审理诺森伯兰公爵时担任高级审判人员，并于1553年10月1日恢复元帅的职务，在玛丽的加冕典礼上担任元帅。
当诺福克公爵三世被关押在伦敦塔内，长子及继承人萨里伯爵被处死后。无依无靠的萨里夫人弗朗西丝·霍华德想到了北方的好伙伴里普利女子爵伊莎贝尔·沃尔顿，她打算把萨里伯爵的几个孩子送到伊莎贝尔的庄园内抚养。
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时间回到1546年的12月，依然生活在北方的里士满公爵在收到凯瑟琳王后写来的信后，派人把里普利女子爵领至自己的书房内。当公爵把王后的信给女子爵过目后，用充满忧伤的眼神地注视着对方，“伊莎贝尔，陛下…陛下快要死了。”
伊莎贝尔等待这一天已等待了很长的时间，现在她应该感到高兴才对。不过，当她看到写满里士满公爵脸庞的那种失去亲人的忧伤时，她的心情也变得有些沉重起来。将王后陛下的信轻轻地放在公爵的面前，缓缓地说道：“亨利，我可以陪伴你去伦敦城觐见陛下。”