至于世界的运行方式，虽然我是赞成司法组织，但确实拥有了“改号”这么高的权限，并不是司法组织能够做到的。当然也没有用“米德历”这样的明显突出第一世界的行为，临时政府也是一个不错的想法（虽然现在看来管理局的“施政”都只体现在次元犯罪及遗失物管理一则）
还有一个也许各位会觉得不合理的可能，就是管理局实质上只掌握武装力量，具体的民生施政还有各管理世界的政府进行，也就是管理局只管大棒，胡萝卜有独立的行政方。这里管理局总局仅在跨次元犯罪上行动，地上本部则执行该世界的秩序管理。当然这样的执行者是很不讨好的，实际上多数世界也确实安定了下来，才让管理局的体制维持到现在，其实也是如履薄冰的存在吧。
但是再容我引用一点现实世界，日本国民对自己的警察体系是充分信任的，虽然侦探片老拿警察的iq开涮，但总体来说并不质疑警察在面临案件生时的处事态度。撇除剧集主角光环后警察就更是受到国民尊重的存在。
ssx提及也有管理局无力介入的内乱世界，按总局武装力来说其实没有问题的，结合雷吉亚斯中将对地上本部力量不足，有实力的人都集中总局的不满，可以推测管理局体制建立时，对于地上本部的武装力量、总局的介入条件都给予了严格的限制，sts总局公开武力介入也是涉及到太古遗产摇篮启动。要是管理局随意突破这个尺度，那么被管理世界抵制也不奇怪。在这个角度看来和“秘银”还真的有点相似。
因为要继续故事而扩大设定，但始终有着理想化的一面，可以说这是都筑现在的考虑？当然随着故事不断的展，至少在事件中死去的人是越来越多了……
<.bsp;某个意义上，“世界”比起现实中的“国家”，更像是“城市、乡村或地貌群”级别的感觉。就这两话世界穿梭，再联系a‘s等动画场景，“世界”经常被以“地貌”来给读者留下印象，这即使是用现实来说也只有中小面积国家才可以。也许是交通技术已经到了次元级别之后，“地球村”的概念的具象化吧（扯远了）
以下是个人感情的一言，要是魔炮追求机构设定的“现实性”，也许会进一步削弱而不是增强其自身的独立存在的，虽然现在也有点不断的削弱的感觉就是……
圣王教会是否“假借”名义这一点目前也无法考究，毕竟创建圣王教会的人已经不存在了。然后你提到的信仰主体是教义，这一点似乎不太附合宗教的逻辑，宗教一般都是因为信奉某一个（或多个）神体，从而去遵守教义的，要说教会如何能得到那么多贝尔卡后裔的认同，这个恐怕也不尽其然，目前我们所知道的人数仅仅只有登场人物的寥寥，即使教会里许多工作人员也未必都是古代贝尔卡的后裔，所以在那个战乱时代究竟有多少人支持圣王教会，目前是很难确定的。同时，圣王很有可能是当时相对势力比较大的一个邦国，因此愿意追随圣王，以及后来圣王教会的人会比较多也是有可能的，而且正文中我还提到，教会极有可能是在圣王死后创立的，假设说圣王之死也代表着贝尔卡战乱时期的结束，那其他国家的势力很有可能被消灭得七七八八了，因此圣王教会能够独树一枝，成为古代贝尔卡残存的“唯一”大规模宗教团体。
当然，这一点也只存在于一个假设上，不过这里是有一个目前无法解释的疑点就是，圣王统一战争的主要矛盾是哪几方？如果说现在已经登场的圣王、冥王、霸王三家是参与了当年的对立的话，那现在他们之间的关系似乎太不合理了（当然这是剧情的需要），即使他们知道薇薇欧只是克隆体，这样的反应也相当地不合理。退一步来说，即使当时他们之间互相有从属国关系（假定另两国是圣王的从属国好了），但战争中的同盟关系很难真正地升华到这样的高度。在这一点上，我能想到的只有“不但薇薇欧是克隆体，另两个恐怕也并不是当年的王，而是后裔”。这或许也能解释伊克斯与艾茵哈特的年龄问题吧。
另外，我仍然还是对圣王在世时会有一个教会将圣王本人进行供奉这点表示怀疑，毕竟宗教这种东西拿一个活生生的人作为神明来供奉，只是增加操作的难度吧。至于地面总部，雷吉亚斯应该就是典型的鹰派代表人吧，也许他的那三个后台就是当年斗争的失败者（笑。
最后你提到的关于片中对“世界”的视觉感受，这个在大多数作品中都是这样的，要设定一个不存在的世界或国家，唯有用地貌和环境最容易让人从印象中加以区别。比如“炎热”、“寒冷”、“密林”、“城市化”、“沙漠”、“沼泽”等，这种跨度极大的变化会比名字更加深观众的印象。
而“世界”究竟是个什么样的概念，这个目前仍然没办法找到太好的佐证。
我前面说人数少，是指相对于整个古代贝尔卡时期的人口的话，即使有数千信徒的话，也只是当时人口的九牛一毛。假设说如果圣王并不是当时唯一有统治权的王，这一实事可靠的话（即当时并不是帝国时代，而是邦国的话），那很难想象大部分人愿意追随教会，如果说幸存下来的“大部分”人都成了为教会的信徒的话，我只能相信那是因为圣王一方的人活下来更多而已。再反推上去，会有这样的结果也很可能当时圣王的实力是凌驾于其他各国的。
当然，这必须建立在其他假设成立的前提下。而且我也认为应该还存在着与圣王及圣王教会站在反对面的古贝尔卡后裔存在的，比如说风云骑士，从现在来看他们和圣王应该并没有太大联系，而且他们现在在一定程度上为教会工作，也是因为教会更多地象征着贝尔卡，而不是圣王，薇薇欧的出现只是偶然，这一点我也是认同的。
“圣王女”的身份，我更倾向于她就是圣王本人，如果是王储的话称呼应该有所不同，而艾茵哈特是不是克隆体这个目前还不好说，所以这个问题我没有正式拿来研究，但我猜测应该不是，毕竟有两个克隆体的话似乎很没新意。
说到宗教的源的问题，其实你举的例子和我的观点并没有太大矛盾，圣王教会是怎么起源的这点不是很清楚，也有可能在圣王在世的时候已经有这样一个组织，但是真正意义上转化为供奉圣王，并将其神格化一定是在圣王死后；同时也有可能是圣王死后才有人起意创立圣王教会的，这两者都有可能，而且都有一个共同点就是正式地成形肯定是在圣王死后。
至于最高评议会，如果说他们是坚决拥护管理局宪章，以魔法力量维护管理世界秩序的话，那促使他们转而愿意使用质量兵器必然会有一个原因，是因为管理局的人事调整使得地面总部的防卫力量不够吗？这个似乎没有足够的说服力，如果说没有一个足够让他们转变的理由的话，那只能认为他们并没有转变，他们从一开始就是主张不放弃质量兵器的。
他们在起初愿意尝试魔法力量，但同时没有坚决的反对质量兵器。现在看见魔法力量没有足够的彻底改变世界，就又考虑回质量兵器，也可能是两种力量都想使用。
也可能艾茵哈特是霸王王族遗裔，这就与圣王冥王都不同了，虽然是最自然的可能之一
圣王教会一点，先我并没有争论在仍存在古代贝尔卡时期圣王教会大不大也许仅有支持圣王派的人参与。
幸存下来的人是不是大部分支持圣王，这也已经不重要了，因为当时没有被吞并的国家都已经放弃了古代贝尔卡的名号，也就是说除非刻意去考证各世界政权的起源，这些世界的贝尔卡后裔已经不将自己视为贝尔卡世界的血缘者，仅仅是生活在这个新的世界的住民。所以现在除非正式提出“不支持圣王又坚持贝尔卡正统地位”的“组织”，暂时不会考虑这个可能。
而且圣王族灭亡时，也存在其他长期被抵制的“异教徒”趁机消灭失去主要战斗力的圣王信仰者的可能性，毕竟已经灭亡了几百年的王族，再怎么纯靠教会骑士团的武力也不足以应付大局的。因为圣王曾经强盛过，现在的信徒就必然渊源于当时的信徒而比较多也不是绝对的。
这样说吧，十字军当年也有一些不好的历史，但现在天主教的强盛也不能完全说是当时的武力的直接后果。圣王教会也曾经可能是政治工具，但现在的声望仅靠圣王存在时期那段历史是办不到的。
风云骑士的诞生时间远早于圣王统一战争，于是根本没有对立不对立什么的问题
至于反教会也好反管理局也好，这将是走向战争路线的设定，可能性总是有的，这方面不说什么了，兴趣不同