在宇智波未来离开的这三个多月的时间里，木叶发生了许多大事，忍界也是如此。首先是忍界，因为木叶的原因，雷之国与土之国讨不到好处，不知道什么原因，双方爆发了战争。
但很快就陷入了漫长的僵持期，雷之国按耐不住大规模进攻，结果被土之国包围，损失惨重。最后再三代雷影留下来断后，才撤下来，最终三代雷影与一万岩忍鏖战一天一夜，最终力竭而亡，土之国也损失巨大。
自此雷之国陷入了雷影之争，土之国损失也很大，两国不的不签署了停战协定，双方撤兵边界。
而木叶这边则是被爆出三代火影的弟子，三忍之一的大蛇丸在木叶进行活体实验，而且用的都是木叶失踪的人口。
还研究了被二代火影禁止了的柱间细胞活体实验，一开始三代火影并不相信，最终在团藏的指引下，三代火影找到大蛇丸的实验室。并且把他堵在实验室中，证据确凿，大蛇丸也无从辩解，战斗一番之后大蛇丸得以逃脱，最后叛出木叶，成了木叶的s级叛忍。
同时从大蛇丸的实验室发现了一例柱间细胞人体实验的幸存者，最终被志村团藏带回根部教导，代号天藏。
由于大蛇丸判出木叶，自动退出火影之争，因为大蛇丸的原因，三代火影心力憔悴，不得不加快下一任火影的选拔。波风水门，宇智波富岳还有志村团藏三人，但很快志村团藏就因为其他原因被三代火影否决了。
波风水门与宇智波富岳，一个平民出身，一个木叶豪门族长。最终还是波风水门因为三战出尽了风头，名声与实力传遍各国，而宇智波富岳因为宇智波在木叶风平问题，最终败给了波风水门。
最终三代火影退位，波风水门在木叶众多平民与忍者的见证下继任了火影，成为四代目，也就是四代目火影。
不久四代火影波风水门迎娶了九尾人柱力漩涡玖辛奈，自此，一切都随着宇智波未来记忆中的火影走去，不会因为谁或者某一个人而改变什么。
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